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- 单碱基m5C RNA修饰测序（Bis-Seq）
- 单碱基m1A RNA修饰测序（m1A-MAP-Seq）
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单细胞转录组测序技术
单细胞转录组测序产品列表：
技术简介：
单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）是指在单个细胞水平上，对转录组进行高通量测序分析的一项新技术，它能够弥补传统高通量测序的局限性，揭示单个细胞的转录组信息，从细胞水平上提供基因差异信息，比较各类细胞转录组之间的差异反映细胞间的异质性。云序生物的单细胞转录组测序服务能够提供全面高通量单细胞研究方案，涵盖从单细胞测序文库构建到个性化数据分析的全流程。可广泛应用于多项课题中，如肿瘤研究中对于肿瘤异质性及免疫微环境的研究、免疫中关于细胞分型、感染&自身免疫病的研究、神经科学中神经系统疾病和细胞通讯的研究以及发育生物学中的图谱构建和细胞发育轨迹研究等等。
单细胞测序的基本流程包括单细胞分离、mRNA提取与逆转录、cDNA扩增、文库构建、然后测序。与Bulk RNA-seq的基本流程相似，主要区别就在于单细胞分离获取。云序生物单细胞测序建库系统基于液滴微流控技术，采用突破性的微球-分子标签技术，携带千万级别的分子标签，能够快速高效地构建高质量的单细胞测序文库。
单细胞转录组测序流程图
云序生物针对细胞、组织、体液样本为您选择性提供3'单细胞转录组测序和5'单细胞转录组测序，从名字可以看出3'端转录组测序在建库时捕获的是转录本的3'端，而5'端转录组测序捕获的是转录本的5'端。二者主要区别在于：在3'端建库中，微球上的探针序列中使用poly(dT)引物，在5'端建库中，使用的是TSO序列（即模板转换引物）；3'端建库适用于大多数基因表达分析，而5'端建库更适用于免疫组库分析。无论是5'转录组还是3'转录组，其探针序列Read1的5’端均为细胞标签barcode序列（长度在20bp左右）和UMI序列（长度在10bp左右）； Read2的3’端为插入片段序列（用于基因比对）。采用双端测序 ，R1方向：用于测序细胞的DNA或RNA片段，通过特定的引物结合目标序列，进行PCR扩增和测序。R2方向：该方向用于测序引物和目标序列的结合区域，有助于后续数据的拼接和组装。
3'端转录组测序和5'端转录组测序探针序列
单细胞转录组测序数据分析流程
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案例分析
案例1：EVB感染的造血干细胞驱动CAEBV
原文：EBV-infected hematopoietic stem cells drive CAEBV
期刊：Blood 影 响因子：20.3
慢性活动性eb病毒(EBV)病(CAEBV)是一种因持续感染EBV而致死性综合征。当诊断为CAEBV时，可以在多个造血谱系中观察到EBV感染，但其病因尚不清楚。该研究通过对5例CAEBV患者、1例ebv相关噬血细胞淋巴组织细胞增多症患者和2例健康对照者的骨髓和外周血细胞进行分析。采用多种检测方法鉴定和表征ebv感染细胞。基于scRNA-seq数据，分析了CAEBV患者与对照组、感染细胞与未感染细胞之间特定细胞类型基因表达的变化。1例CAEBV患者接受同种异体造血干细胞移植(HSCT)治疗，并在HSCT后6个月再次分析该患者的样本。EBV感染全谱造血系统，包括淋巴系和髓系，以及CAEBV患者的造血干细胞(hsc)。EBV感染的造血干细胞向下游谱系分化率更高，EBV感染对先天免疫和适应性免疫均有影响，导致炎症症状。造血干细胞移植后，ebv感染的细胞被彻底从造血系统中清除。综上所述，本研究中提出的多条证据表明，CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞，这可能会导致CAEBV的创新治疗策略。
案例2：TCF 4依赖的基因调控网络赋予黑色素瘤免疫治疗的抗性
原文：A TCF4-dependent gene regulatory network confers resistance to immunotherapy in melanoma
期刊：Cell 影 响因子：64.5
为了更好地理解免疫检查点阻断（ICB）的内在抗性，作者建立了治疗初期黑色素瘤生态系统的细胞结构的全面视图，并研究了其在ICB下的进化。利用单细胞测序、空间多组学测序，发现肿瘤微环境促进了复杂黑色素瘤转录组学景观的出现。黑色素瘤细胞具有间充质样（mesenchymal-样，MES）状态，这是一种已知对靶向治疗产生耐药性的细胞，在早期治疗活检中，对ICB无反应的黑色素瘤细胞显著富集。TCF4是MES信号的主要调控因子，也是黑素细胞和抗原呈递转录程序的抑制因子，是这一景观的中心。通过基因或药物靶向TCF4，使用溴域抑制剂，增加MES细胞对ICB和靶向治疗的免疫原性和敏感性。因此，发现了一个依赖TCF-4的调控网络，该网络协调了多个转录程序，并有助于黑色素瘤对靶向治疗和ICB的耐药性。
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云序技术优势：
1.捕获率较高，达到80%；
2.检测细胞数量多，可以发现更多的细胞分群；
3.稳定性高：批次间差异小，重复性好
4.高灵敏度，超高通量；细胞捕获数最高可达到百万级；
5.双胞率低：双胞率＜5% / 10000个细胞
数据分析：
1.数据质控
2.聚类分析
对细胞过滤后的表达谱，进行下游分析，以得到细胞的聚类和降维结果。
3.细胞主要类型注释
4.细胞标记基因分析
5.细胞标记基因GO和KEGG分析
6.拟时轨迹分析
7.细胞通讯
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样品要求：
技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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