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ChIRP-Seq技术
技术简介：
CHIRP(ChromatinIsolation by RNA Purification)是一种检测与RNA结合的DNA和蛋白质相互作用的方法，可同时分析lncRNA/circRNA 、蛋白及DNA三者互作关系。利用ChIRP-seq技术可用于在全基因范围内定位lncRNA/circRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子，是揭示lncRNA/circRNA 生物学机制的关键实验手段。
ChIRP-seq技术原理
ChIRP是通过针对目标RNA序列，以100nt长度为间隔设计长度为20-30nt的特异性反向互补生物素探针，并对所有探针位置按照按照5’-3’方向进行编号，以奇数组为一组（odd组），偶数组为一组（even组），分别进行后续实验。探针通过与目标RNA进行特异性结合，通过磁珠下拉，与其共同作用的DNA与蛋白质就会吸附在链霉亲和素磁珠上，一同被富集下来。对富集下来的DNA和蛋白质进行分离，通过测序来检测结合DNA序列，或通过质谱来检测结合蛋白。
实验流程简述为：①细胞交联并收集沉淀➡细胞裂解➡探针制备➡免疫沉淀➡RNA、DNA、蛋白洗脱➡测序/LC-MS检测
云序产品
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ChIRP-seq：检测与目标LncRNA/CircRNA结合的所有DNA/RNA
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ChIRP-MS：检测与目标LncRNA/CircRNA结合的所有蛋白质
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ChIRP-qPCR：验证目标DNA/RNA与目标LncRNA/CircRNA结合
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ChIRP-WB：验证目标蛋白质与目标LncRNA/CircRNA结合
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案例分析
案例1：通过ChIRP-seq发现LncRNA-FOXD2-AS1结合TRIB3启动子区，抑制其转录活性
原文：The long non-coding RNA FOXD2-AS1 promotes bladder cancer progression and recurrence through a positive feedback loop with Akt and E2F1
期刊：cell death & disease
作者通过ChIRP-seq对LncRNA-FOXD2-AS1结合DNA进行测序。发现FOXD2-AS1 与 TRIB3 的启动子形成 RNA-DNA 复合物，其转录活性随后受到抑制，并导致 Akt 的激活，从而进一步增加 E2F1 的表达，E2F1 是参与 G/S 转变的重要转录因子。E2F1可以与FOXD2-AS1启动子区域结合，并随后增强其转录活性，表明FOXD2-AS1/Akt/E2F1形成了反馈环。综上所述，这种正反馈的调控模式可能是治疗膀胱癌的新靶点，FOXD2-AS1有可能成为一种新的复发预测因子。
案例2：通过ChIRP-MS系统发现Xist RNA结合蛋白
原文：Systematic discovery of Xist RNA binding proteins
期刊：Cell
作者通过质谱（ChIRP-MS）对RNA结合蛋白的综合鉴定。对四种 ncRNA 进行 ChIRP-MS 分析捕获关键的香花作用蛋白质。揭示了Xist lncRNA以模块化和发育控制的方式与蛋白质结合，以协调染色质扩散和沉默。
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云序技术优势：
优势1：严格的质控，更可靠的实验结果
云序生物在实验中设置阳性对照与阴性对照，确保探针特异性以及实验结果准确性，确保客户得到优质、真实的数据。
优势2：适用于任何LncRNA/CircRNA，不受RNA二级结构影响
针对RNA全长序列设计多段探针，只需知道分子序列长度，无需了解其二级结构及功能域。
优势3：“分组探针”设计，精确捕捉结合位点
针对RNA序列每隔100bp设计一段引物，引物覆盖分子全长，不受RNA复杂结构影响。同时将所有探针位置按照按照5’-3’方向进行编号，以奇数组为一组（odd组），偶数组为一组（even组），分别进行后续下拉实验。选取两组共同检测信号为真实检测数据。
优势4：可同时研究多种分子互作机制
可同时研究LncRNA/CircRNA，蛋白质，DNA互作，也可以分别研究它们两两互作机制
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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