高分文章案例

 

案例一：LINC02273通过表观遗传激活AGR2转录促进乳腺癌转移

原文：LINC02273 drives breast cancer metastasis by epigenetically increasing AGR2 transcription

发表时间：2019/12/19

发表期刊：Molecular Cancer

影响因子：33.9

发表单位：复旦大学上海医学院

大多数乳腺癌患者死于转移而非原发肿瘤，然而调控癌症转移的分子机制尚不明确。长非编码RNA（lncRNA）已被证明可调节癌症的发生和发展，但在癌症患者中驱动转移的lncRNA及其潜在机制还不清楚。该研究通过ChIRP-seq、RNA-seq、ChIP-seq和荧光素酶报告基因实验揭示hnRNPL-LINC02273对AGR2的调控作用。研究发现hnRNPL-LINC02273复合物形成并激活AGR2转录，进而促进癌症转移。hnRNPL-LINC02273复合物招募到AGR2启动子区域，通过增加局部H3K4me3和H3K27ac水平表观遗传地上调AGR2表达。此外，数据表明，靶向LINC02273的反义寡核苷酸（ASO）显著抑制了乳腺癌的体内转移。该研究揭示了LINC02273-hnRNPL-AGR2在乳腺癌转移中的关键作用，并为转移性乳腺癌的干预提供了潜在的新治疗靶点。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1. LINC02273通过转录激活调控AGR2表达

 

 

 

 

案例二：核肌动蛋白依赖的Meg3表达通过调节组蛋白H3K27高乙酰化位点的染色质结构，抑制代谢相关基因的表达

原文：Nuclear actin-dependent Meg3 expression suppresses metabolic genes by affecting the chromatin architecture at sites of elevated H3K27 acetylation levels

发表时间：2025/4/10

发表期刊：Nucleic Acids Research

影响因子：13.1

发表单位：New York University Abu Dhabi (NYUAD)

核肌动蛋白在染色质拓扑域水平介导增强子依赖的转录调控，对三维基因组组织至关重要。β-actin耗尽细胞中H3K27乙酰化增强，影响增强子依赖转录调控及染色质拓扑域切换时的基因表达。该研究发现长链非编码RNA Meg3参与调控这些机制。ChIRP-seq、ChIRP-MS和fRIP-qPCR结果显示，在β-actin敲除细胞中，Meg3在基因调控区域富集并与H3K27乙酰化位点结合。整合RNA-seq、H3K27乙酰化ChIP-seq、ATAC-seq和HiC-seq数据经ABC分析发现，Meg3结合破坏β-actin敲除细胞启动子-增强子互作。该研究提出Meg3通过影响启动子及其与增强子的相互作用，干扰基因表达和关键代谢通路，从而引发转录阻滞。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2. 野生型（WT）与基因敲除型（KO）ChIRP的数据分析

 

云序优势：

1.严格的质控：

云序生物在ChIRP实验中设置了严谨的阳性对照与阴性对照体系。通过特异性探针的精心设计与严格验证，确保了实验过程中探针对目标RNA的特异性识别与结合，最大程度减少了非特异性信号的干扰，确保客户得到优质、真实的数据。

2.“分组探针”设计，精确捕捉结合位点：

云序生物针对RNA序列每隔100bp设计一段引物，引物覆盖分子全长，不受RNA复杂结构影响。同时将所有探针位置按照按照5’-3’方向进行编号，以奇数组为一组（odd组），偶数组为一组（even组），分别进行后续下拉实验。选取两组共同检测信号为真实检测数据。

3.广泛的适用性，不受RNA二级结构限制：

云序生物针对目标RNA的全长序列进行多段探针的设计。这种设计策略的优势在于，只需知晓RNA分子的序列长度，而无需深入探究其复杂的二级结构以及功能域信息。这意味着ChIRP技术能够广泛应用于各种lncRNA和circRNA的研究。

4.一站式服务：

客户只需提供细胞或组织，云序生物为您完成从样品准备、紫外交联、免疫沉淀、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

 

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

以下数据分析以ChIRP-seq为例。

一、分析内容

1.原始数据整理，过滤和质量评估，去除低质量reads

2.奇数探针组Peak识别和注释

3.偶数探针组Peak识别和注释

4.奇/偶探针组共有Peak识别和注释

5.共有peak相关基因GO功能富集分析

6.共有peak相关基因KEGG通路分析

7.Motif分析

8.韦恩图

9.差异Peak识别和注释（多样本分析）

10.差异Peak相关基因GO功能富集分析（多样本分析）

11.差异Peak相关基因KEGG通路分析（多样本分析）

12.按照客户需求个性化数据分析

 

二、部分数据分析结果示例

1. 奇数/偶数探针组Peak识别和注释

云序生物使用MACS（Model-based Analysis of ChIRP-Seq）软件分析ChIRP-Seq数据，获得显著富集峰，以进行下游分析。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2. 奇/偶探针组共有Peak识别和注释

云序生物使用MACS软件进行共有富集峰的识别。再通过自有程序挑选出与蛋白编码基因的exon重叠的部分。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3. 共有peak相关基因GO功能富集分析

基因本体论（Gene Ontology，GO）计划分成3个部分：分子功能（Molecular Function，MF）、细胞组分（Cell Component，CC）、生物过程（Biological Process，BP）。云序生物对共有peak相关基因进行GO分析。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4. 共有peak相关基因KEGG通路分析

云序生物利用差异结合位点对应的基因进行通路分析，以注释并推测这些共有peak相关基因可能参与的通路。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5. 蛋白结合Motif分析

用于展示各个分组中结合位点的序列Motif。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6.韦恩图

以两组样品的富集峰信息为作图数据，用于展示富集峰在各个分组总体分布情况及关系。

 

 

样本要求：

 

样本类型：

细胞、组织；其它类型样品请电询。

样品量：

细胞：≥1×10^8（要求细胞活率≥90%）

动物组织：≥500mg

植物组织：≥5g

样品收集与保存：

样品收集：ChIRP样品需要终浓度为1%甲醛交联，以保留RNA-染色质相互作用（具体见云序生物送样指南）。

样品保存：ChIRP测序需要保持一定的活细胞数量，因此在细胞采集时需要程序性降温冻存，具体流程参照云序生物样品采集、保存及运输指南。