高分文章案例

案例1

原文：TRMT6/61A-dependent base methylation of tRNA-derived fragments regulates gene-silencing activity and the unfolded protein response in bladder cancer

期刊：Nature Communication                       影响因子：16.60

本文通过m1A-MeRIP-seq小RNA测序发现一组高度m1A修饰的特定小RNA，特别是，来自tRNAs的22个核苷酸长的3 '片段(tRF-3b)在其第四个位置富含m1A修饰，且这种修饰依赖于TRMT6/TRMT61A甲基转移酶复合物，但TRMT6/61A依赖性m1A负调控tRF-3s的基因沉默。在TRMT6/61A过表达的膀胱尿路上皮癌中，检测到tRF上较高的m1A修饰，且导致tRF靶向mRNA失调。TRMT6/61A调节参与未折叠蛋白反应的tRF-3靶点。

特定的tRNA片段高度m1A修饰

云序技术优势：

一站式服务：

客户只需提供组织、细胞、全血样品或RNA，云序生物为您完成m1A MeRIP-Seq全套实验服务。

超微量MeRIP-seq：

云序生物超微量RNA甲基化测序（超微量MeRIP-seq）对免疫共沉淀和高通量测序步骤进行优化，克服常规抗体富集至少需要100μg总RNA的难题，低量仅需500ng总RNA既可实验。并适用于检测微量样本如血清、血浆和外泌体。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

数据分析（仅供展示，详见demo报告）

1、识别RNA甲基化位点

通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域。

2、RNA甲基化位点的注释

富集峰识别后，得到的是基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

3、RNA甲基化位点在基因组中的分布

根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

4、RNA甲基化位点Motif分析※

RNA上甲基化的位点，可能包含某种序列 motif。RNA甲基化酶可能正是通过识别这些 motif 特异性进行甲基化修饰，从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的RNA上的甲基化位点后，获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些 motif，从而揭示 RNA甲基化修饰的机制。

6、差异RNA甲基化位点的识别与注释
云序生物使用diffReps软件识别两个/组样品间的差异甲基化位点，以P-value<=0.0001并且Foldchange>=2作为阈值，具体的以测序报告为准。 识别样本间的差异甲基化区，发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域。

7、差异RNA甲基化位点的GO与信号通路分析

对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。

样本要求：

样品类型： 血清、血浆、细胞、组织、外泌体、富集后的总RNA、石蜡切片，其他类型请电询；

物种： 人、大鼠、小鼠、猪、牛、兔、羊、狗等哺乳动物。

样品量：

a) 细胞：2×10^7 

b) 组织：>200 mg

c) RNA：2-300 μg（OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。