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单碱基m1A RNA修饰测序（m1A-MAP-seq）技术
m1A-MAP-Seq 产品列表：
技术简介：
m1A是一类新发现的RNA甲基化修饰，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上发生甲基化修饰（N1-methyladenosine，m1A）。m1A已经在tRNA、rRNA、mRNA和non-coding RNA上被发现。研究表明m1A可以调控翻译和延伸，以及rRNA的稳定性和正确折叠。m1A还广泛参与肿瘤发生和多种疾病，但其机制和潜在功能亟待发掘。
针对m1A修饰，云序生物采用m1A-MAP-seq（Misincorporation-assisted profiling of m1A）方法。该方法利用m1A修饰在反转录时会导致错配这一特性，实现单碱基分辨m1A修饰位点。该方法的实验流程为：将随机片段化的RNA样本用m1A特异性抗体进行富集，同时留一部分不做处理，作为对照（input）；然后再将富含m1A修饰的RNA片段分为两部分，一部分用去甲基化酶AlkB处理[demethylase(+)]，一部分不处理[demethylase(-)]。最后对获得的三个样本分别进行建库测序。对比去甲基化酶（-）和去甲基化酶（+）的结果，捕捉碱基突变的信号，来实现m1A甲基化修饰位点单碱基分辨率的鉴定。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将m1A RNA甲基化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-Seq数据，不仅计算出样本中m1A甲基化程度，同时还可以找到m1A甲基化修饰的具体位点信息。
云序生物m1A-MAP-seq实验流程
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案例分析
案例1：细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰
原文：Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts
期刊：Molecular Cell 影响因子：16
作者利用单碱基分辨率的m1A-MAP-seq方法鉴定了细胞核和线粒体的m1A甲基化位点。发现位于5’UTR，特别是转录本第一和第二位上的m1A，能够提高翻译效率，而位于编码区的m1A 可抑制翻译。小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A 修饰。此外，还发现m1A在线粒体编码的转录本中普遍存在。
m1A-MAP揭示核编码和线粒体编码转录本上不同类型的m1A甲基化谱
案例2: 肝细胞癌相关的m1A修饰介导的分子调控机制
原文：N1-methyladenosine methylation in tRNA drives liver tumourigenesis by regulating cholesterol metabolism
期刊：Nature Communications 影响因子：16.6
作者通过RNA-Seq、m1A-MAP-seq及Ribo-seq等技术方法发现在肝细胞癌(HCC)患者肿瘤组织中tRNA的m1A甲基化水平显著升高。TRMT6和TRMT61A形成m1A甲基转移酶复合物，在晚期HCC肿瘤中高度表达，并与HCC患者的生存率呈负相关。TRMT6/ TRMT61A介导的m1A甲基化是肝脏肿瘤发生所必需的。TRMT6/TRMT61A提高tRNA的m1A甲基化水平，从而提高PPARδ翻译，进而引起胆固醇合成，激活Hedgehog信号，最终驱动CSCs的自我更新和肿瘤发生。
tRNA m1A58 甲基化
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云序技术优势：
单碱基分辨：
m1A RNA甲基化单碱基测序方式，可对m1A甲基化修饰进行单碱基定位。
全分子覆盖：
可全面地对环状RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA和tRNA等多类RNA分子的m1A位点进行检测
一站式服务：
客户仅需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。
专业的生物信息学分析：云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
数据分析（下列有※表示个性化分析）
1.m1A甲基化分布图※
2.差异甲基化位点的聚类分析
3.m1A甲基化位点motif分析※
4.m1A甲基化位点可视图
5.差异甲基化区的GO和KEGG信号通路分析
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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