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  • 糖基化RNA测序(GlycoRNA-Seq)技术

     

     

    GlycoRNA-seq 产品列表:

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    技术简介:

     

    GlycoRNA-seq是一项创新的测序技术,专门用于分析糖基化RNA(GlycoRNA),这是一种在细胞表面发现的新型RNA修饰。GlycoRNA的发现归功于斯坦福大学的Bertozzi和Flynn教授团队,他们在2021年揭示了这一科学现象。GlycoRNA包含多种非编码小RNA分子,例如YRNA、snRNA、snoRNA、tRNA和rRNA等,它们携带特定的糖分子,并在免疫调控等关键生物学过程中发挥作用。

    GlycoRNA-seq技术在研究GlycoRNA在不同物种、组织和细胞类型中的表达模式、功能差异以及修饰特征中具有广阔的应用前景。此外,GlycoRNA-seq技术还可以探索GlycoRNA的调控机制,包括它们与其他分子的相互作用,以更好地理解其在生物学过程中的作用。值得注意的是,GlycoRNA-seq技术的应用有助于识别与疾病相关的GlycoRNA生物标志物,这可能为开发新的治疗策略提供线索。另外,GlycoRNA-seq技术的应用有利于研究药物对GlycoRNA表达和修饰的影响,对开发出基于GlycoRNA的新型治疗药物提供了研究手段,为医学领域带来了新的突破。

     

    GlycoRNA-seq流程:

    为了揭示GlycoRNA的生物学功能和调控机制,为疾病标志物发现和药物研发提供数据支持,云序生物提供最全面、最专业的GlycoRNA注释和分析等服务。云序生物基于边合成边测序(SBS)技术利用高通量测序平台对建库后的GlycoRNA样本进行GlycoRNA-seq从而获取糖基化RNA的详细信息,包括分类,长度和表达差异,并通过聚类分析和可视化图表,直观展示糖基化RNA的特征。GlycoRNA-seq采用基于氧化和醛基标记的rPAL 法对抽提的RNA进行标记,用高碘酸盐将GlycoRNA糖链末端的“尾巴”氧化成醛基,醛基会和生物素反应,把生物素连接到GlycoRNA上,用磁珠抓取生物素标记的GlycoRNA,从而实现GlycoRNA的标记。生物素标记的RNA一部分直接用于构建Input RNA文库,另一部分用亲和素磁珠富集后再用GenSeq® Small RNA Library Prep Kit试剂盒构建Glyco-RNA文库。

     

     

     

     

     

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  • 案例分析

     

    案例

     

    原文:Cell surface RNAs control neutrophil recruitment

     

    期刊:CELL                        影响因子:45.5

     

    本研究报道了细胞表面RNA对中性粒细胞募集至关重要,并且GlycoRNA的表达需要Sid-1 RNA转运体的哺乳动物同源物。在小鼠中性粒细胞中可以很容易地检测到细胞表面RNA,并且这种RNA的消除大大削弱了中性粒细胞在体内向炎症部位的募集,并减少了中性粒细胞对内皮细胞的粘附和迁移。中性粒细胞GlycoRNA主要位于细胞表面,对中性粒细胞与内皮细胞的相互作用很重要,而且可以被p选择素(Selp)识别。另外,小鼠Sidt基因的敲低会消除中性粒细胞GlycoRNA,并在功能上模仿细胞表面RNA的丢失。本研究的结果强调了细胞表面GlycoRNAs在调控中性粒细胞与内皮细胞相互作用以及在炎症反应中的关键作用,并指出了Sidt基因在这一过程中的重要性。简言之,这项研究揭示了细胞表面RNA在免疫细胞招募和炎症反应中的新作用;阐明了RNA糖基化在调控细胞间相互作用中的生物学重要性。同时,该研究为理解RNA在细胞表面的功能以及开发潜在的治疗策略提供了新的视角。

  • 云序技术优势:

    1.能检测低丰度的GlycoRNA,提供全面、精细的GlycoRNA图谱。

    2.同时获取多类型的、带有特殊糖修饰的sncRNA。

    3.测序数据可以进行精确的定量分析,比较不同样本间GlycoRNA表达水平的差异。

    4.分析信息丰富,包括序列信息、各类sncRNA表达差异分析和糖基化位点等。也可结合质谱分析,推测GlycoRNA上聚糖的类型和结构、不同样本间聚糖组成的差异等

     

     

  • 样本要求:

     

    1.细胞:≥2×10^6个细胞

     

    2.总RNA样本:≥25 μg;RIN(RNA完整性数)≥6。

     

    3.组织> 100 mg;体液:全血> 5 ml

     

    4.RNA样本的保存和运输:

    RNA样本需要在-80℃条件下保存,并使用干冰进行运输。如果样本在送样前已经自行质检,需要提供样本浓度、体积、总量、所用溶剂等相关信息,并说明样本检测所用方法或设备。

     

    5.其他注意事项:

    (1)确保样本在运输过程中不会因为温度变化而影响质量,因此干冰的量需要足够,运输时间最好不要超过72小时。

    (2)如果样本不是保存于1.5 mL或2mL EP管,可能需要在接收后进行转管处理

     

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