高分文章案例

案例1：小 肠腺ai的特异性甲基化组图谱

原文：DNA-methylome analysis of mouse intestinal adenoma identifies a tumour-specific signature that is partly conserved in human colon cancer.

本文通过MeDIP测序研究了小鼠模型小肠腺ai起始过程中的甲基化变化，发现了13,000多个与小肠腺ai发生相关的差异甲基化区（DMRs）。进一步分析发现：组蛋白修饰复合物PRC2的靶基因在高甲基化DMRs中明显富集，说明组蛋白修饰与DNA甲基化密切相关。此外，在不同类型细胞中，通过重亚硫 酸盐焦磷酸测序证实：这些DMRs是腺ai细胞中全新形成的，而不是通过小肠干细胞或未分化隐窝细胞中已有甲基化模式的扩展形成的。更为有趣的是，作者发现了一些核 心DMRs，它们在小鼠腺ai和人类结肠ai间是保守的，并因此找到了一些在结肠ai中受表观遗传修饰的基因，揭示了甲基化修饰作为临床分子标志物的潜力。

图1   小肠腺癌中高甲基化DMR区域的图形化展示

案例2：良性和恶性外周神经鞘膜瘤的比较甲基化组分析

原文：Comparative methylome analysis of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors.

MeDIP测序可以对基因组中的甲基化区进行全 面、无偏差的分析，而不仅仅局限于基因启动子和CpG岛。本文通过MeDIP测序对恶性外周神经鞘膜瘤、良性神经纤维瘤和正常雪旺细胞中的甲基化组进行了比较分析，找到了101,466个ai症特异性差异甲基化区（cDMRs）。数据表明：这些cDMRs在两类卫星重复序列（SATR1 和ARL a）中明显富集；此外，高甲基化cDMRs在CpG岛岸、非CpG岛相关启动子中明显富集，而低甲基化cDMRs在SINE重复序列中明显富集。通过与基因表达数据的联合分析发现：与CpG岛岸cDMRs相关的基因的表达模式可以区分疾病表型。

图2   基因组不同区域中的甲基化状况统计

云序技术优势：

一站式服务：

客户只需提供细胞、组织或基因组DNA，云序生物为您完成从MeDIP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

优化的实验流程：
MeDIP的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物MeDIP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有高效率和特异性。

严格的质控：

云序生物对MeDIP实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优 质的数据。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

数据分析（仅供展示 详见demo报告）
1、DNA甲基化富集峰的识别
通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p <= 1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的甲基化区
注：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率

2、DNA甲基化区域富集峰的注释
 富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰

3、DNA甲基化富集峰区域的在基因中的分布

4、差异DNA甲基化区域的鉴定（DMRs）与注释 

 云序生物使用diffReps软件进行差异甲基化区（differentially methylated regions，DMRs）鉴定。默认p-value<0.0001，fold change >=2作为差异甲基化区的阈值

5、差异DNA甲基化区的GO（Gene Ontology）与信号通路分析
 目的：对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目

6、DNA甲基化可视化

样本要求：

样品类型： 细胞、组织、体液、总gDNA。其它类型样品请详询。

样品量：

a）细胞 2×10^7

b）组织 100 mg

c）gDNA 3μg

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。