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m6A RNA修饰测序（m6A MeRIP-Seq）技术
m6A MeRIP-Seq 产品列表：
技术简介：
m6A甲基化修饰，即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰(N6-methyladenosine，m6A)是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰，m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。
m6A MeRIP-Seq（Methylated RNA Immunoprecipitation，MeRIP）是研究转录组表观修饰的关键技术，基于m6A修饰抗体特异性识别并结合m6A修饰RNA的原理，以免疫共沉淀方法富集RNA片段，并配合高通量测序技术，实现转录组范围内甲基化的RNA区域的检测。MeRIP测序技术技术成熟、适用于各类分子(mRNA,LncRNA,circRNA,pri-miRNA等)。云序生物通过添加Spike-In实现更加准确的m6A检测。 常规的MeRIP实验通过修饰抗体富集修饰RNA，众所周知，抗体特异性的强弱是决定MeRIP实验是否成功的关键，没有spike in，将难以确定实验是否成功、有效RNA是否富集，也难以确定RNA甲基化修饰的丰度和变化，那么就无法保证测序结果真实可靠、质量达标。
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案例分析
案例1：拟南芥花叶根组织m6A RNA甲基化谱
原文：Transcriptome-wide high-throughput deep m6 A-seq reveals unique differential m6 A methylation patterns between three organs in Arabidopsis thaliana
期刊：Genome Biology 影响因子：13.21
西北农林科技大学联合中科院和普渡大学，借助m6A RNA甲基化测序技术，对比拟南芥花，叶，根组织中（每种组织有两个生物学重复）m6A RNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6A RNA甲基化修饰程度比人类高10%左右，占转录组的83%。
图1. 比较拟南芥花，叶，根组织中m6A RNA甲基化情况
案例2: 不 同品系拟南芥m6A RNA甲基化谱
原文：Unique features of the m6A methylome in Arabidopsis thaliana
期刊：Nature communications 影响因子：12.12
芝加哥大学联合北大，利用m6A RNA甲基化测序对比和品系拟南芥根组织中m6A RNA甲基化谱，发现的分布在两个品种间高度保守。与人类m6A RNA甲基化位点分布情况相比，拟南芥甲基化位点在起始翻译区特异性高表达。
图2. 不同品系，同一基因上甲基化
案例3：m6A RNA去甲基化酶ALKBH5通过结合lncRNA促进胶质瘤细胞
原文：m6A Demethylase ALKBH5 Maintains Tumorigenicity of Glioblastoma Stem-like Cells by Sustaining FOXM1 Expression and Cell Proliferation Program
期刊：Cancer Cell 影响因子：27.43
世界卫生组织将胶质瘤分为四级，其中恶性胶质瘤(GBM)属于极危险的第四级，手术治疗和化疗都难以避免其高复发率。近年来，m6A RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域前沿研究之一，不断有高影响因子文章问世。m6A RNA修饰的催化、去除以及识别的分子机理研究越来越清晰，此时人们更关心m6A RNA修饰与重大疾病之间的相关性。近期Cancer Cell报道了m6A RNA去甲基化酶ALKBH5在神经胶质瘤中具有生理作用。在本研究中，去甲基化酶ALKBH5在恶性胶质瘤干性样细胞表达上调，而ALKBH5高表达的胶质细胞瘤患者预后生存率更差。通过敲低ALKBH5，meRIP鉴定m6A RNA甲基化修饰模式，基因芯片检测差异表达>2倍的基因，终筛选到与细胞周期调控相关的FOXM1基因，其在GSCs的自我修复和肿 瘤形成中起到关键作用。ALKBH5促使ai基因FOXM1转录本去甲基化，增加FOXM1表达。随后作者发现FOXM1反义长链非编码RNA——FOXM1-AS(LOC100507424)，与FOXM1 mRNA外显子有457个核苷酸互补。结果证实ALKBH5和FOXM1-AS可与FOXM1协同作用，发挥促进恶性胶质瘤肿 瘤形成作用。
图3. ALKBH5和FOXM1-AS可与FOXM1协同作用，促进恶性胶质瘤肿 瘤形成m6A
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云序技术优势：
1.MeRIP实验质控金标准 Spike-In
云序生物m6A MeRIP-Seq(Spike-In Plus)测序在实验过程中加入两类人工合成的spike in，分别为阳性Spike-In（带m6A修饰的序列）和阴性Spike-In（不带修饰的序列），与样品一起进行MeRIP-Seq实验，根据spike in的检测信号对MeRIP实验进行质控，来确保实验流程的准确性、重复性及抗体的特异性。
2.超微量MeRIP-seq
云序生物超微量RNA甲基化测序（超微量MeRIP-seq）对免疫共沉淀和高通量测序步骤进行优化，克服常规抗体富集至少需要100μg总RNA的难题，低量仅需500ng总RNA既可实验。并适用于检测微量样本如血清、血浆和外泌体。
云序数据分析（有※表示个性化分析）
1.甲基化基因识别与注释
使用MACS检测样本信号，根据IP和Input的信号比值，识别基因甲基化区域。
基因注释信息
峰的显著性分析
chr
Start
End
Peak ID
score
Peak
Length
Transcript
id
Gene
Name
…
fold
enrichment
P value
chr1
566503
566752
MACS peak 96
129.03
306
NM 000527
LDLR
…
107.83
0.0018
chr1
567149
567648
MACS peak 97
129.03
90
ENST00000252444
LDLR
…
107.83
0.0087
2.差异甲基化基因识别
使用diffReps软件进行差异甲基化位点的识别
差异甲基化峰的信息
差异峰的显著性分析
基因注释信息
chrom
Start
End
Peak ID
score
Peak Length
Fold change
P-value
Gene ID
Synonyms
…
chr1
681697
681845
diffreps peak 2705
14.88
148
461
1.33E-15
122183
PRR20
…
chr16
2289221
2289442
diffreps peak 1767
13.32
221
411
4.73E-14
41139
SPI-B
…
3.差异甲基化基因GO分析
4.差异甲基化基因KEGG分析
5.venn图
6.修饰区域Motif分析
7.修饰区域位点分布
8.修饰位点甲基化密度图
9.修饰位点可视化
10.四象限图※
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
ꁕ
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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