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  • RNA Pull-down技术

     

     

     

    技术简介:

     

    用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用,质谱实验检测特定的RNA结合蛋白鉴定蛋白质类型。

    云序RNA pull down实验流程

     

     云序RNA pull down实验流程

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  • 案例分析

     

    案例1:RNA pull down检测lncRNA与蛋白质相互作用 

     

    近年来,大量的研究表明长链非编码RNA(LncRNA)与多种cancer的发生息息相关,这篇文章中作者研究了在非小细胞肺ai(NSCLCs)中起重要调控作用的lncRNA-linc00630。作者通过RNA pull down等实验发现,linc00630主要通过结合组蛋白去乙酰化酶I(HDAC1)以及DEAD-box解旋酶23(DDX23)来发挥其功能机制。

    长链非编码RNA-Linc00630表达验证及功能表征

    图1. 长链非编码RNA-Linc00630表达验证及功能表征

     

     

     

    案例2:RNA pull down检测circRNA与蛋白质相互作用

     

    环状RNA是近年来受到关注一类非编码RNA,目前主要认为环状RNA通过miRNA海绵机制调控基因表达,但是对于其更全 面的分子功能知之甚少。这篇文章中作者发现在不同cancer细胞中circ-Foxo3持续少量表达,而在cancer细胞凋亡的过程中,circ-Foxo3表达量明显增加。circ-Foxo3可以促进MDM2介导p53进入素化途径降解,使p53含量下降,同时circ-Foxo3又可以通过阻止MDM2介导Foxo3泛素化而提高Foxo3的表达量。

    circ-Foxo3癌细胞中表达情况

    图2. circ-Foxo3cancer细胞中表达情况

  • 云序技术优势:

     

    低丰度富集:
    富集检测低丰度目的蛋白-RNA复合物


    具有成熟蛋白质组学平台:
    提供RNApull-down 产物WesternBlot及质谱鉴定。


    专业的生信信息分析:
    提供SCI发表级别的图表。

     

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