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DRIPc-Seq技术
技术简介：
SLAM-seq（thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA）可以理解为
细胞中存在一类被称作R-loop的特殊三链核酸结构，由DNA-RNA杂交体和相关的非模板单链DNA组成。哺乳动物细胞中约有5%的区域会形成R-loop，多数集中在转录起始区和转录终止区，由RNA Pol I，II与III转录的RNA均可与DNA形成R-loop，表明其可来源于几乎所有类型的RNA。R-loop可以在细菌到人类等生物体细胞内频繁的形成，进而影响转录并导致基因组的不稳定性，异常R-loop的形成和积累与许多疾病的发生发展具有密切关系，解析R-loop的分布和调控基因表达的机制十分重要。
DRIPc-seq可以应用于任何细胞类型，只要可以收集足够的起始材料，都可以准确绘制R-loop在各种细胞系和不同条件下的分布。在全基因组范围内提供可重复的、高分辨率的、链特异性的R-loop图谱。
实验原理
DRIPc-seq是一种高分辨率和链特异性的方法，可以精确地绘制全基因组的R环。简单地说，经过温和的DNA提取和限制性内切酶酶切片段化后，用S9.6抗体对R环结构进行免疫沉淀实验（该抗体对RNA-DNA杂交物显示出亚纳摩尔亲和力，对双链DNA几乎没有亲和力）。杂交体的RNA链通过DNase I处理释放，并用dUTP进行逆转录合成第二条链。随后用尿嘧啶- N -糖基酶（UNG）处理，确保了文库仅由一条链构建。然后在满足质量控制后对cDNA进行扩增和测序。
DRIPc-seq流程图
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案例分析
案例
原文：High-resolution, strand-specific R-loop mapping via S9.6-based DNA–RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing
期刊：NATURE PROTOCOLS 影 响因子：14.8
通过DRIP-seq和DRIPc-seq进行R环定位，能够测量任何感兴趣的基因组中r环结构的稳态分布。更重要的是，这些方法可用于由遗传扰动（基因敲除或敲低）或化学处理（药物，激素）引起的R环分布或动力学的全局变化。已发表的例子包括人乳腺癌细胞对雌激素转录诱导的反应或沉默人HEK293细胞中DNA拓扑异构酶1的后果。利用DRIPc-seq在小鼠细胞和酵母中成功地检测到了R-loop谱。
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云序技术优势：
灵敏度高：能够得到全基因组范围内的R-loop图谱
特异性好：背景噪音低，所需测序深度少
链特异性：采用链特异性建库，保留链的信息
实验重复性好：实验重复结果一致性好
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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