案例分析

案例1：BID-seq定量测序法揭示哺乳动物mRNA中存在丰富的假尿苷

原文：Quantitative sequencing using BID-seq uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution

期刊：Nature Biotechnology                       影响因子：47

美国芝加哥大学何川教授团队提出并开发了对mRNA上Ψ修饰进行单碱基分辨率、定量测序的测序方法，简称BID-seq。BID-seq以高精度测序谱图揭示了在人类细胞系和动物组织的mRNA上数以千计的显著性Ψ位点（>10%修饰化程度，modification fraction），以及大量的高修饰Ψ位点（>50%修饰化程度）。

本研究中用10-20 ng的RNA 就能在多个人类细胞系和 12 种不同的小鼠组织中检测到丰富的Ψ位点，并提供其化学计量信息。该研究进一步鉴定了mRNA上Ψ修饰的“writer”蛋白，发现高修饰Ψ位点对mRNA代谢的影响，并证明哺乳动物mRNA的终止密码子上存在天然存在的Ψ修饰。BID-seq（云序生物可提供）为研究mRNA上Ψ修饰在诸多生理或病理过程中的位点分布、修饰化程度动态变化、生物学功能等，奠定了技术基础，攻克了Ψ定量测序技术瓶颈，将引领RNA表观转录组领域步入新的阶段。

 BID-seq以单碱基分辨率检测人类mRNA中的Ψ位点，以及对单个Ψ位点修饰酶的表征

小鼠组织mRNA中含有大量的Ψ修饰

Ψ影响mRNA的稳定性

Ψ修饰促进体内终止密码子通读

云序技术优势：

单碱基分辨：

与传统的CeU-seq等方法不同，BID-seq能够将Ψ修饰完全转化为Ψ-BS复合物，使反转录酶在反转录过程中在Ψ-BS复合物位点处跳跃读取下一位碱基，构成在Ψ-BS位点处的碱基缺失信号，从而实现了Ψ修饰的单碱基分辨率测序。

微量样本检测：

BID-seq不依赖于任何抗体，可实现对微量RNA样本（10~20 ng RNA）中的Ψ位点进行测序，在单碱基分辨率追踪Ψ修饰化程度的动态变化。

保留RNA片段复杂性：

与传统的bisulfite反应不同，BID-seq的化学反应条件只针对于Ψ修饰，并不产生任何C到U的转化，完全保留了RNA片段在测序中的序列复杂度。

一站式服务：

客户只需提供组织、细胞、全血样品或RNA，云序生物为您完成m5C BS-Seq全套实验服务。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。