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ssDRIP-Seq技术
技术简介：
R-loop是一种特殊的染色体结构，由一条RNA:DNA杂合链和一条单链DNA所组成。目前越来越多的证据发现这种独特的染色质结构在原核和真核生物中普遍存在，在很多关键的生物学过程中发挥重要功能，包括染色质修饰、转录调控、DNA损伤修复以及基因组稳定性等。
基于单链DNA建库的DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术（简称ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing）表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点，并且可获得DNA链特异性信息。
实验原理
首先经过温和的DNA提取和限制性内切酶酶切片段化，然后用S9.6抗体对R环结构进行免疫沉淀实验（该抗体对RNA-DNA杂交物显示出亚纳摩尔亲和力，对双链DNA几乎没有亲和力）。随后将Adp1连接到ssDNA的3 '端，后续生物信息学分析可以根据该接头区分DNA链，且文库构建步骤较少。随后，将Adp2连接到ssDNA的5 '端，进行扩增及测序。这种方法避免了基于随机引物的方法固有的偏差，因为它以序列独立的方式连接接头。
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案例分析
案例
原文：The R-loop is a common chromatin feature of the Arabidopsis genome
期刊：Nature Plants 影响因子：18
该研究以模式植物拟南芥为材料，在传统R-loop全基因组检测技术基础上开发出一种全新的检测方法：基于单链DNA建库的DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术（简称ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing）。与已报道的全基因组R-loop检测方法相比，ssDRIP-seq表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点，并且可获得DNA链特异性信息。基于ssDRIP-seq，该研究获得了拟南芥全基因组水平R-loop的精准分布特征，如R-loop在拟南芥基因组中分布广泛且相对稳定，与基因表达、DNA甲基化、染色质修饰、GC/AT skew等存在着紧密关系。不同于哺乳动物基因组，拟南芥中广泛存在一类反义长非编码RNA在正义链转录起始位点形成的R-loop，推测这类特别的R-loop在调节基因转录起始或控制基因转录过程中发挥重要作用。
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云序技术优势：
灵敏度高：能够得到全基因组范围内的R-loop图谱
特异性好：背景噪音低，所需测序深度少
链特异性：采用链特异性建库，保留链的信息
实验重复性好：实验重复结果一致性好
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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