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m5C RNA修饰测序（m5C MeRIP-Seq）技术
m5C MeRIP-Seq 产品列表：
技术简介：
5-甲基胞嘧啶（m5C）已在各种物种的代表性生物mRNA、rRNA、tRNA和ncRNA中被发现。作为一种可逆的表观遗传修饰，RNA m5C修饰影响修饰后的RNA分子命运，并在各种生物过程中发挥重要作用，如RNA稳定性调控、蛋白结合、RNA剪接和核质穿梭，DNA损伤修复，扩散和迁移，干细胞发育、分化和重编程。此外，众多研究证据也表明RNA m5C在肿瘤发生中的作用，包括动脉硬化、自身免疫性疾病和癌症。
云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务，采用m5C MeRIP-seq方法，在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。技术原理如下：将m5C RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本为未进行IP反应的RAN片段。对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将m5C RNA甲基化修饰位点定位到转录组上，计算样本中m5C RNA甲基化程度。
云序生物m5C RNA甲基化测序流程
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案例分析
案例1
原文：RNA 5-Methylcytosine Modification Regulates Vegetative Development Associated with H3K27 Trimethylation in Arabidopsis
期刊：Advanced Science 影响因子：15.1
本文发现拟南芥中RNA 5-胞嘧啶甲基化(m5C)和组蛋白3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)之间的全基因组相关性。植物特异性PcG (Polycomb group)蛋白EMF1 (embryo FLOWER1)具有激活和抑制的双重作用。通过m5C MeRIP-seq结果显示，野生型和emf1突变体的m5C大多富集在缺乏H3K27me3的染色质区域。EMF1通过H3K4me3抑制m5C甲基转移酶TRM4B的表达，不依赖于PcG介导的H3K27me3机制。在emf1突变体中，m5C修饰水平增加，从而减少了光合作用和叶绿体基因的mRNA转录。此外，EMF1活性受损降低了PcG靶点(如淀粉基因)的H3K27me3水平，去除这些靶点在emf1突变体中的抑制作用。EMF1通过m5C和H3K27me3介导的基因活性的促进和抑制是正常营养生长所必需的。
图注：WT和emf1突变体的m5C修饰
案例2
原文：NSUN2-mediated M5 c methylation of IRF3 mRNA negatively regulates type I interferon responses during various viral infections
期刊：Emerging Microbes & Infections 影响因子：13.2
本文报道了典型的m5C甲基转移酶NSUN2在包括SARS-CoV-2在内的各种病毒感染期间负调控I型干扰素反应。NSUN2特异性介导IRF3 mRNA的m5C甲基化并加速其降解，减少IRF3和下游IFN-β的产生。敲除或敲除NSUN2增强I型干扰素和下游ISGs在各种病毒体外感染。在体内，Nsun2+/−小鼠的抗病毒先天反应比Nsun2+/+小鼠明显增强。发现IRF3 mRNA高度m5C甲基化，提高细胞IRF3 mRNA水平。此外，仙台病毒(SeV)、水疱性口炎病毒(VSV)、单纯疱疹病毒1 (HSV-1)或寨卡病毒(ZIKV)感染可导致内源性NSUN2水平降低。特别是SARS-CoV-2感染(WT株和BA.1组粒变异)也降低了COVID-19患者和K18-hACE2 KI小鼠内源性NSUN2水平，进一步增加I型干扰素和下游ISGs。总之，研究结果表明，NSUN2作为干扰素反应的负调节因子加速IRF3 mRNA的快速转换，而内源性NSUN2水平在SARS-CoV-2和各种病毒感染期间降低，以增强抗病毒反应，从而有效消除病毒。
图注：IRF3的m5C修饰水平
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云序技术优势：
一站式服务：
客户只需提供组织、细胞、全血样品或RNA，云序生物为您完成m5C BS-Seq全套实验服务。
超微量MeRIP-seq：
云序生物超微量RNA甲基化测序（超微量MeRIP-seq）对免疫共沉淀和高通量测序步骤进行优化，克服常规抗体富集至少需要100μg总RNA的难题，低量仅需500ng总RNA既可实验。并适用于检测微量样本如血清、血浆和外泌体。
专业的生物信息学分析：云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
数据分析
1、识别RNA甲基化位点
通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域。
2、RNA甲基化位点的注释
富集峰识别后，得到的是基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。
3、RNA甲基化位点在基因组中的分布
根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。
4、RNA甲基化位点Motif分析
RNA上甲基化的位点，可能包含某种序列 motif。RNA甲基化酶可能正是通过识别这些 motif 特异性进行甲基化修饰，从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的RNA上的甲基化位点后，获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些 motif，从而揭示 RNA甲基化修饰的机制。
5、差异RNA甲基化位点的识别与注释
云序生物使用diffReps软件识别两个/组样品间的差异甲基化位点，以P-value<=0.0001并且Foldchange>=2作为阈值，具体的以测序报告为准。 识别样本间的差异甲基化区，发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域。
6、差异RNA甲基化位点的GO与信号通路分析
对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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