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新生转录本测序（Slam-Seq）技术
技术简介：
SLAM-seq（thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA）可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”，通过核苷类似物(S4U) 标记和高通量测序方法，实现对新生RNA与原有RNA的定量和识别。SLAM-seq技术有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化，鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化，以及揭示mRNA稳定性的决定性因素。SLAM-seq是研究基因动态表达的首选，云序生物提供SLAM-seq测序服务，助力客户深入研究基于转录调控的相关机制。
SLAM-seq技术原理
SLAM-seq技术是在培养的细胞中加入4-thiouridine (S4U)核酸类似物，转录时S4U可以与DNA序列上的A碱基互补配对，从而进入新合成的RNA链中。抽提总RNA，加入碘乙酰胺（IAA）使其发生化学修饰。在逆转录过程中发生修饰的S4U与G碱基发生错配生成cDNA单链，导致最终检测结果里原本的T变成了C。通过分析检测 T→C 的转变比例，即可得到新生RNA的信息。
实验流程简述如下：
1）S4U标记：培养的细胞中加入S4U，得到带有S4U标记的新生RNA；
2）加化学修饰：抽提纯化RNA，并加入碘乙酰胺（IAA）诱导S4U发生化学修饰；
3）构建文库：逆转录时S4U与G发生错配，后续PCR中G又与C配对；
4）上机测序：最终测序结果中本来该为T的位点被识别为C；
5）生物信息学分析：检测 T→C 的转变比例，即可得到新生RNA。
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SLAM-seq测序流程图
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案例分析
案例1：SLAm-seq可对转录本稳定性进行检测
原文：Thiol-linked alkylation of RNA to assess expression dynamics
期刊：Nature Methods
高通量测序的基因表达谱揭示了稳定状态下RNA种类的定性和定量变化，但模糊了RNA转录、加工和衰变的细胞内动力学。本研究中作者开发了用于RNA代谢测序的SLAM-seq，SLAM-seq能够快速获取总RNA背景下RNA聚合酶II依赖的基因表达动态。在小鼠胚胎干细胞中验证了该方法，为了直接测量mRNA转录的稳定性，将mESCs进行S4U代谢RNA标记24小时，并在各个时间点制备总RNA。然后对总RNA进行烷基化和定量测序。最终通过mRNA的半衰期测量结果显示，在mESCs中，mRNA的稳定性与mRNA的半衰期测量结果总体上具有良好的相关性。
图1：mESCs中多聚腺苷酸转录本的丰度水平
图2：mESCs中全局和转录特异性mRNA的稳定性
案例2：通过SLAM-seq定义了BRD4-MYC轴的直接基因调控功能
原文：SLAM-seq defines direct gene-regulatory functions of the BRD4-MYC axis
期刊：Science
作者通过将SLAM-seq与药理学和化学遗传扰动相结合，以确定癌症中BRD4和MYC两个转录因子的调节功能。发现BRD4作为RNA聚合酶II依赖性转录的共激活因子，在高剂量BETis药物治疗时被广泛抑制。在触发白血病选择性效应的剂量下，BETis解除了包括MYC在内的一小部分超敏感靶点的调控。与BRD4相反，MYC主要作为选择性转录激活因子控制代谢过程，如核糖体生物发生和新生嘌呤合成。该研究建立了一个简单和可扩展的策略，以确定任何基因或途径的直接转录目标。
图1：BRD4的全局转录调控 BRD4的全局转录调控
图2：剂量依赖性和对BETis反应的决定因素
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云序技术优势：
优势1：操作简单
对于常规的新生RNA检测技术，一般需要复杂的标准化方案或者加入spike-in，而SLAM-seq无需繁琐且技术要求苛刻的免疫共沉淀或生物素分离等操作，操作简单。
优势2：RNA用量少
后续分析中只需要检测 T→C 转变比例，即可知道新合成的RNA情况，大大减少了RNA的用量。
优势3：灵敏度高
SLAM-seq可以通过区分已有的RNAs以及新合成的RNAs来扣除背景信号，对新合成的RNAs进行差异分析，提高基因差异表达检测的灵敏度。
优势4：应用方向广
SLAM-seq技术除了可对新合成的转录本进行定量，还有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化，评估增强子的活性，鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化，以及揭示mRNA稳定性的决定性因素等。
优势5：一站式服务
客户只需提供细胞，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析的整套服务流程。
优势6：专业的生物信息学分析
云序生物拥有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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