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DNA修饰定量PCR服务技术
DNA修饰定量PCR服务 产品列表：
技术简介：
DNA修饰作为表观遗传调控的核心机制，是指在DNA碱基或糖骨架发生化学修饰的过程，这些修饰不改变DNA序列本身，但能通过改变染色质结构或蛋白质结合特性来精确调控基因表达。目前已知的主要DNA修饰类型包括：5-甲基胞嘧啶（5mC）、5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）、N6-甲基腺嘌呤（6mA）以及8-氧代鸟嘌呤（O8G）等。这些修饰在基因表达调控、基因组稳定性维持以及细胞对环境刺激的应答等关键生物学过程中发挥着重要作用。
研究人员常通过免疫共沉淀方法富集发生修饰的DNA片段，对富集到的片段进行高通量测序，从而对基因组上发生修饰的DNA区域进行定位和修饰定量（如5mC DNA甲基化测序 MeDIP-seq）。但高通量测序数据量较大，分析识别过程可能会存在一定噪声和误差，或者存在一些非特异性信号，因此，我们还需要进行一些对应的低通量验证实验才能确保实验数据的真实性。
以5mC DNA甲基化为例，在DNA修饰研究中，MeDIP-qPCR是验证高通量筛选出的目标基因甲基化水平的金标准方法。该方法结合了MeDIP的特异性富集和qPCR的精准定量优势，可准确检测特定基因区域的甲基化修饰水平。
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案例分析
案例1:二甲双胍抑制子宫内膜癌的新机制，指出了DNA羟甲基化修饰在此过程中起的关键作用（本文DNA羟甲基化相关服务，由云序生物提供）。
原文：Metformin sensitizes endometrial cancer cells to chemotherapy through IDH1-induced Nrf2 expression via an epigenetic mechanism
期刊：Nature子刊《Oncogene》 影响因子：6.93
子宫内膜癌（Endometrial Cancer, EC）是常见的妇科恶性肿瘤，部分患者对化疗药物（如紫杉醇、顺铂等）产生耐药性，导致治疗效果不佳，而二甲双胍（Metformin）在子宫内膜癌中表现出对化疗的增敏作用。二甲双胍是一种广泛使用的2型糖尿病药物，近年研究发现其具有抗肿瘤效应，可能通过代谢重编程或表观遗传调控增强癌细胞对化疗的敏感性，但具体机制尚不明确。异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）在多种癌症中过表达，其催化产物ɑ-酮戊二酸（ɑ-KG）可激活TET1（一种依赖ɑ-KG的双加氧酶），进而通过DNA羟甲基化调控基因表达。转录因子Nrf2是抗氧化反应的关键调节因子，高表达Nrf2与多种癌症的化疗耐药性相关，但其在二甲双胍增敏中的作用未被阐明。
上海交通大学附属第一人民医院张箴波团队发现，在子宫内膜癌组织中，异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）及其下游介质（ɑ-KG-TET1-Nrf2）的异常表达导致IDH1信号通路的激活，从而产生化疗耐药。斑点印迹和hMeDIP测定显示二甲双胍阻断IDH1-KG-TET1介导的Nrf2羟甲基化水平的增强，消除了化学抗性。此外，Nrf2可结合IDH1启动子区的抗氧化反应元件（ARE），促进IDH1转录，形成“IDH1-ɑ-KG-TET1-Nrf2”正反馈环路，进一步维持化疗耐药性。二甲双胍通过阻断这一环路增强化疗效果。该研究提出二甲双胍作为化疗增敏剂的潜在应用，尤其适用于IDH1/Nrf2高表达的耐药性子宫内膜癌患者。揭示了表观遗传调控（羟甲基化）在化疗耐药中的关键作用，为联合治疗策略（二甲双胍+化疗）提供理论依据。
hMeDIP-qPCR作图示例 二甲双胍增强化疗敏感性的信号通路
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云序技术优势：
云序生物全新推出MeDIP-qPCR服务，为客户提供：
- 高特异性的甲基化DNA富集
- 精准的靶基因定量分析
- 专业的数据解读支持
该服务包含完整的实验流程：从MeDIP实验到后续的qPCR验证，一站式解决DNA甲基化研究的验证需求，助力客户发现关键修饰靶点，提升研究成果的可靠性，为发表高分文章提供坚实的数据支撑。
（*其他DNA修饰类型的qPCR验证服务均可提供）
云序生物MeDIP-qPCR服务流程：
1.MeDIP实验：
与MeDIP-seq或cfDNA甲基化测序中的步骤一致，MeDIP实验使用针对甲基化修饰的抗体，通过免疫共沉淀（IP），旨在富集带有甲基化修饰的DNA片段。另外每个样品保留部分未经IP的DNA片段作为Input对照。
MeDIP实验示意图
2.qPCR：
根据选定的基因上预测的甲基化区域设计引物，对每个样品的IP和Input组的DNA进行qPCR。IP和Input信号强度相除得到%（IP/Input），指示该样品中某基因区域的甲基化水平（可以理解为：同一样品中有很多条DNA，某基因的某一区域被修饰的有多少条？）,可用来进行组间的比较。
qPCR实验示意图
3.MeDIP-qPCR结果的计算：
MeDIP-qPCR结果计算公式如下表:
*其中Ct是qPCR得到的循环数，DF是稀释倍数。如最初用于IP和Input的DNA的比例为a：b，则在计算%(IP/Input)值时，需要乘以稀释倍数b/a（经过IP实验得到的DNA量一定少于不做IP实验的Input的DNA量，且qPCR的使用的IP和Input的模板量也不同，因此要在计算的时候将差异倍数考虑进去）。
*注：只有每组设置3个或以上生物学重复时才能计算P值，为了结果的准确性，建议每组至少设置3个生物学重复
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技术服务
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RNA修饰组测序
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