云序用户案例

 

案例一：抑制去泛素化酶 RPN11 改善非酒精性脂肪肝病

原文：Amelioration of nonalcoholic fatty liver disease by inhibiting the deubiquitylating enzyme RPN11

发表时间：2024/8/14

发表期刊：Cell Metabolism

影响因子：30.9

发表单位：上海交通大学附属第六人民医院

非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及非酒精性脂肪性肝炎（NASH）是全球公共卫生面临的重大挑战。该研究探索去泛素化酶RPN11在NAFLD和NASH中的作用。研究发现，特异性敲除肝细胞RPN11的小鼠可抵御饮食诱导的肝脏脂肪变性、胰岛素抵抗及脂肪性肝炎。通过CoIP-MS，研究人员发现了RPN11与METTL3的相互作用。机制上，RPN11通过去泛素化稳定METTL3，增强短链脂肪酰辅酶A合酶3（ACSS3）的m6A修饰与表达。ACSS3生成丙酰辅酶A，经组蛋白丙酰化上调脂质代谢基因。在NAFLD患者肝脏中，RPN11-METTL3-ACSS3-组蛋白丙酰化通路被激活。药物Capzimin抑制RPN11，可改善小鼠NAFLD、NASH及代谢紊乱，并降低2D及3D培养人肝细胞的脂质含量。研究显示RPN11是NAFLD/NASH的新调控因子，抑制RPN11具有治疗潜力。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1：RPN11作用机制示意图

 

 

案例二：肝脏因子ORM2通过抑制从头脂肪酸合成维持肝脏脂质稳态

原文：Orosomucoid 2 maintains hepatic lipid homeostasis through suppression of de novo lipogenesis

发表时间：2022/9/1

发表期刊：Nature Metabolism

影响因子：20.8

发表单位：复旦大学附属中山医院

该研究揭示了肝脏因子ORM2在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的关键作用。肥胖小鼠模型和NAFLD患者的肝脏及血液中ORM2水平显著降低。通过一系列功能丧失和功能获得实验，研究证实ORM2对维持肝脏及全身脂质稳态至关重要。通过CoIP-MS，成功筛选出与ORM2相互作用的潜在蛋白质。机制上，ORM2与1,4,5-三磷酸肌醇受体2结合，激活AMP激活的蛋白激酶信号通路，从而抑制甾醇调节元件结合蛋白1c介导的脂质生成基因程序。并且发现腹腔注射重组ORM2蛋白或稳定化的ORM2-FC融合蛋白显著改善了临床前小鼠模型的肝脏脂肪变性、脂肪性肝炎和动脉粥样硬化，且对体重和食物摄入无不良影响。这些发现表明ORM2有望成为NAFLD、非酒精性脂肪性肝炎及相关脂质紊乱治疗干预的潜在靶点。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2：ORM2互作蛋白的验证

 

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云序优势

1.低丰度富集

云序生物能够高效富集低丰度的蛋白-蛋白复合物，确保从复杂样品中精准检测到互作蛋白。

2.一站式服务

客户只需提供细胞、组织，云序生物为您完成CoIP整套服务流程。

3.具有成熟蛋白质组学平台

云序生物具备完善的蛋白质组学平台，为CoIP产物提供质谱鉴定服务，确保结果精准可靠，助力深入探索蛋白质-蛋白质相互作用。

4.专业的生物信息学分析

云序生物拥有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

 

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

一、分析内容

1.蛋白质谱分析

2.目标结合蛋白筛选

3.差异结合蛋白筛选

4.差异蛋白GO富集分析

5.差异蛋白的Pathway富集分析

6.聚类图

7.散点图

8.火山图

 

1. 差异结合蛋白筛选

云序生物通过Fold change以及p值作为标准筛选差异蛋白（具体阈值以报告为准）

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2. 差异蛋白GO功能富集分析

基因本体论（Gene Ontology，GO）计划分成3个部分：分子功能（Molecular Function，MF）、细胞组分（Cell Component，CC）、生物过程（Biological Process，BP）。云序生物对差异蛋白进行GO分析。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3. 差异蛋白的KEGG通路分析

云序生物利用差异蛋白进行通路分析，以注释并推测这些差异蛋白可能参与的通路。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4. 聚类分析

使用R中的heatmap2函数，以标准化信号进行差异蛋白质/多肽聚类，通常来讲，同组的样品能够聚在一个分枝中。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5. 散点图、火山图

散点图根据差异基因倍数变化直观的展示各个分组差异蛋白分布情况。 火山图用于展示各个分组总体蛋白分布情况（注：需要各处理样本重复数量三个以上才可以绘制火山图）。

 

 

样本要求：

样品类型： 细胞、组织、CoIP后蛋白

样品量：

a)细胞：≥5×10^7（要求细胞活率≥90%）

b)动物组织：≥300 mg

c)植物组织：≥1 g

d)CoIP后蛋白：≥100 µg

样品的运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：CoIP需要保持一定的活细胞数量，因此在细胞采集时需要程序性降温冻存，具体流程参照云序生物样品采集、保存及运输指南。