上海云序生物科技有限公司-单碱基ac4C RNA修饰测序（Reda C:T-Seq）

单碱基ac4C RNA修饰测序（Reda C:T-Seq）技术

技术简介：

ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下，使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰（N4-acetylcytidine）。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上，导致Watson-Crick碱基配合鸟苷的热稳定性增加，调控蛋白合成中的编码准确性；近期研究发现ac4C广泛分布在人类转录组中，大多数位点出现在编码序列（CDS）内，并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前，ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰，是继m6A修饰之后又一表观转录组学热点和“超级潜力股”！

NAT10是唯一报道的真核生物中催化ac4C产生的酶。NAT10酶与甲基转移酶作用原理类似，需要辅因子提供乙酰基以产生ac4C。为了检测转录组中的胞苷乙酰化，云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段有两种：（1）acRIP-Seq技术；（2）ac4C RedaC:T-seq。其中化学还原法可以实现ac4C RNA乙酰化修饰的单碱基分辨检测。技术原理如下：对样品中的总RNA进行提取，去除核糖体后，一部分用NaBH4处理，将ac4C还原为四氢ac4C，但不影响未发生修饰的胞苷；剩下一部分不做处理，作为对照组。将处理后/不做处理的RNA进行纯化后，构建文库并加接头，进行上机测序。通过对比两组样本的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，还可根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。

ac4C RedaC:T-Seq 产品列表：

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案例分析

原文：Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine

期刊：Molecular Cell 影响因子：16.0

mRNA 修饰会影响mRNA代谢的各个方面，包括pre-mRNA剪接、mRNA结构、运输、稳定性和翻译。mRNA的功能受到典型核碱基修饰的影响。2022年6月8日，来自美国国立卫生研究院（NIH）的Shalini Oberdoerffer团队研究发现，ac4C以位置依赖的方式介导对mRNA翻译的影响。虽然蛋白质编码序列中的胞苷乙酰化（ac4C）可以促进翻译延伸，但在5`UTR内的ac4C修饰会影响蛋白质合成。5`UTR内的ac4C修饰通过增强上游序列的起始（upTIS），同时抑制aTIS。5’UTR ac4C强烈抑制了体外翻译，而ac4C对与非结构化5’UTR相关的翻译没有影响，提示核糖体扫描阻碍是一种潜在的机制，竞争性地限制了对下游最佳aTIS的访问。在Kozak序列中引入ac4C，将强烈抑制翻译起始。在AUG侧的Kozak序列中，ac4C将强烈抑制翻译起始。哺乳动物80S起始复合物的Cryo-EM显示，位于AUG起始密码子附近的ac4C破坏了C与起始tRNA核苷酸37处超修饰t6A之间的相互作用。这些发现在分子水平上证明了RNA修饰对核碱基功能的影响，并介绍了mRNA乙酰化作为一种以位置特异性方式调节翻译的因子。

云序技术优势：

一站式服务：

客户只需提供组织、细胞、体液样品或总RNA，云序生物为您完成从ac4C RNA富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

单碱基分辨：

可实现对ac4C乙酰化位点修饰的单碱基精确定位。

严格的质控：

云序生物对实验每一步骤均设有关键质控，全程监控实验质量，保证客户得到优质数据。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

RNA乙酰化测序与转录组联合应用：

可整合RNA乙酰化数据和转录组数据进行生物信息学关联分析，揭示RNA乙酰化对基因表达调控的影响，深入挖掘RNA乙酰化的功能。