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- 单碱基m5C RNA修饰测序（Bis-Seq）
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单碱基m5C RNA修饰测序（Bis-Seq）技术
m5C BS-Seq产品列表：
技术简介：
m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。5-甲基胞嘧啶（m5C）已在各种物种的代表性生物mRNA、rRNA、tRNA和ncRNA中被发现。作为一种可逆的表观遗传修饰，RNA m5C修饰影响修饰后的RNA分子命运，并在各种生物过程中发挥重要作用，如RNA稳定性调控、蛋白结合、RNA剪接和核质穿梭，DNA损伤修复，扩散和迁移，干细胞发育、分化和重编程。此外，众多研究证据也表明RNA m5C在肿瘤发生中的作用，包括动脉硬化、自身免疫性疾病和癌症。目前，利用高通量测序手段已经验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C的存在，但在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性的报道。
云序生物率先开展m5C-Bis-seq（Bisulfite Sequencing）测序服务，采用经典重亚硫酸盐处理的方式，在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。实验原理：重亚硫酸盐处理可以作用于未发生修饰的C碱基，使其在测序时发生C→U的转化，而发生修饰的m5C碱基不受影响，保持C→C，从而实现m5C单碱基的识别。同时，在实验中还会添加不带修饰的阴性spike in，进行重亚硫酸盐处理后碱基转化的比率（转化率高达99%以上），从而保证测序中检测的位点为m5C修饰位点。
云序生物m5C BiS-seq测序流程
此外，云序生物亦提供 m5C 甲基化免疫沉淀测序（m5C Methylation Immunoprecipitation Sequencing，简称 m5C MeRIP-seq）服务，助力 m5C 修饰研究。
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案例分析
案例1：m5C RNA甲基化调控mRNA出核新机制
原文：5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader
期刊：Cell Research 影响因子：15.60
中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNA m5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术，以此揭示mRNA m5C的分布规律，并绘制了精细的m5C修饰图谱，发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集，并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织，发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守，而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现，在小鼠睾丸发育过程中，动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能，提示m5C修饰参与生殖发育调控。
mRNA中m5C的分布规律及组织特异性表达
案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱
原文：Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain
期刊：Genome Biology 影响因子：13.21
近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞（ESC）和脑组织（n=3）作为实验样本，利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明，ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域（CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等）进行了关联分析。结果表明，总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中，3’-UTR区m5C的分布区别很大，这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。
m5C的基因组位置分布
案例3：拟南芥m5C RNA甲基化谱及TRM4B酶对根的影响
原文：Transcriptome-Wide Mapping of RNA 5-Methylcytosine in Arabidopsis mRNAs and Noncoding RNAs
期刊：The Plant Cell 影响因子：8.23
与上篇不同，本研究团队采用m5C RNA甲基化测序研究拟南芥中m5C甲基化谱，在种子，幼芽，根中发现了1000多个特异性的位点。敲低RNA m5C甲基转移酶TRM4B，造成tRNA稳定性的降低。研究人员还证实TRM4B突变体的初级根比野生型更短，同时对氧化的应激反应更敏感。
拟南芥种子、幼芽、根中m5C位点
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云序技术优势：
一站式服务：
客户只需提供组织、细胞、全血样品或RNA，云序生物为您完成m5C BS-Seq全套实验服务。
严格的质控：
云序生物对m5C BS-Seq实验每一步骤均设有关键质控，保证客户得到优质数据。
专业的生物信息学分析：云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
数据分析（仅供展示，详见demo报告）
1、RNA甲基化位点识别及注释
云序生物使用meRanCall软件识别出每个样本中的m5C甲基化位点，再通过自有程序挑选出与已知编码基因的exon重叠的m5C甲基化位点
2、RNA甲基化位点识别及注释
云序生物使用meRanCompare软件识别两组RNA Bis-seq样本中的差异甲基化位点。meRanCompare软件将差异甲基化位点（DMS）划分为各组特异性甲基化位点和两组皆发生甲基化但甲基化比例不同的位点。默认筛选标准为P value < 0.05（以报告为准）。
3、差异甲基化基因的GO/KEGG分析
4、Motif分析
5、Classification分析
6、Metagene分析
7、Venn图
8、IGV可视化
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RNA修饰组测序
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- 单碱基m7G修饰tRNA测序（TRAC-Seq）
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- 糖基化RNA测序（GlycoRNA-Seq）
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- m6A RNA修饰测序（m6A MeRIP-Seq）
- m5C RNA修饰测序（m5C MeRIP-Seq）
- m1A RNA修饰测序（m1A MeRIP-Seq）
- ac4C RNA修饰测序（acRIP-Seq）
- m7G RNA修饰测序（m7G MeRIP-Seq）
- 5hmC RNA修饰测序（hMeRIP-Seq）
- O8G RNA修饰测序（O8G-RIP-Seq）
- 假尿嘧啶RNA修饰测序（Ψ-RIP-Seq）
- DNA修饰组 ꁕ
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- 转录调控组和翻译组 ꁕ
- 分子互作组 ꁕ
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技术服务
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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