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环状RNA测序技术
技术简介：
环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子，其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点，成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性，与组织发育、疾病的发生 发展密切相关。此外，环状RNA不易降解，能在血浆、唾液等体液中稳定存在，可以作为新型疾病分子标志物。当前，科研人员对这一功能性分子仍知之甚少，可见对其展开全 面深入的研究势在必行，一场科研的竞赛已悄然开始!
云序生物提供的环状RNA测序服务，采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit，去除样本中的线性mRNA和rRNA，保留纯化后的环状RNA，因此测序获得的环状RNA有效数据量是其他测序服务供应商远远无法企及的，帮助客户以较低的成本检测到更多的环状RNA。此外，Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎全部已知物种，对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。
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案例分析
案例1：环状RNA具有miRNA海绵功能
原文：Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency
期刊：Nature 影响因子：41.58
本文通过环状RNA测序在人和线虫中发现了大量环状RNA，其中环状RNA CDR1as在人和小鼠中是保守的；此外，通过生物信息学分析。在CDR1as序列上找到了大量miR-7结合位点，进一步的功能实验表明：CDR1as通过作为miRNA海绵吸附miR-7，在斑马鱼脑发育中发挥重要的调控作用。
图1. 人类细胞系和线虫中检测到的环状RNA的数目和类别
图2. CDR1as在不同物种中具有保守的miR-7结合位点
案例2：环状RNA功能具有结合调控蛋白功能
原文：Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency
期刊：Nature 影响因子：41.58
已有证据表明：CircRNA还可以通过结合蛋白分子，影响蛋白的定位和功能来发挥调控作用。CircRNA可以作为支架分子与多种蛋白结合;还可以通过序列互补与靶RNA/DNA结合，进而招募蛋白分子形成多分子复合物。
图3. CDR1as可以与AGO蛋白结合
案例3：人类ai症环状RNA表达谱研究
原文：CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification
期刊：Genome Biology 影响因子：13.21
本文通过环状RNA测序和严谨的生物信息学分析，在15种人类细胞系中鉴定出了近10万种环状RNA，其中绝大多数是新发现的。这些环状RNA的表达呈现出很强的细胞特异性，并在不同类型的ai症中表现出极大的表达差异。此外，相对于线性RNA，环状RNA更加稳定。这些现象都表明：环状RNA具有作为新型肿 瘤标志物的潜力。
图4. 不同类型环状RNA在不同细胞系中所占的比例
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云序技术优势：
适用于任何物种：
可以检测几乎任何动植物的环状RNA。
适用于降解样品：
可以检测部分降解的样品的环状RNA。
有效数据量高：
通过商业化kit富集环状RNA，极大地提高了有效数据比例。
性价比高：
能够以较低的成本检测更多的环状RNA。
一站式服务：
客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。
专业化的生物信息学分析：
云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。
数据分析（仅供展示 详见demo报告）
1、环状RNA的识别与注释
通过环状RNA高通量测序，采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定环状RNA，并根据他们在基因组上位置和数据库中来源进行注释。云序生物整合了来自文献、数据库的多个物种的环状RNAs，构成目前世界上较全的环状RNA数据库circDB，对环状RNA的来源进行了注释，并展示了环状RNA与疾病的关系，以节省耗时的文献查找和阅读。
2、差异环状RNA的筛选
按照预设的筛选标准(Fold Change≥2， P值≤ 0.05)筛选出差异表达的环状RNA。
注：Fold Change代 表差异倍数，P值代 表差异明显，筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整
3、差异环状RNA的聚类
4、差异环状RNA的来源基因的GO和信号通路分析
对差异环状RNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析，以便推断环状RNA的功能。
5、环状RNA-miRNA相互作用网络※
通过环状RNA-miRNA相互作用网络分析，可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。
6、环状RNA的可视化
图形化展示了环状RNA在基因组中的分布，以及与之相应的线性RNA的位置关系。
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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