案例分析

案例：前列腺癌的全转录组分析

原文：RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifis recurrent gene fusions,cancer-associated long noncoding RNAs and aberrantalternative splicings

期刊：Cell Research         影 响因子：15.6   

本文通过转录组测序分析了14对前列腺ai组织和相应的ai旁组织，发现在不同的前列腺ai样品中在基因融合，LncRNA表达，可变剪切和点突变等方面均存在着巨大的差异。在这14个前列腺ai样品中，有3个(21.4%)存在着TMPRSS2-ERG基因融合。通过扩大样品量，还发现了2个新的基因融合CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15。此外，通过表达分析发现了许多LncRNA在前列腺ai中差异表达。LncRNA和mRNA的表达相关性分析表明：LncRNA可能不仅仅在转录过程中发挥基因调控作用。

  图1. 三个前列腺ai样品中的TMPRSS2-ERG 基因融合

  图2. LncRNA与蛋白编码基因的表达相关性热图

  图3. 前列腺ai的基因组不同位置上的体突变分布

  图4. 14个前列腺ai样品中的可变剪切事件的基因组图谱

云序技术优势：

检测全部类型的RNA：

常规的转录组测序采用Oligo d(T)法纯化带Poly(A)尾巴的RNA分子。然而很多热门的RNA分子，如环状RNA和部分LncRNA，没有Poly(A)尾巴，因此在处理过程中会被丢失掉。云序生物拥有市面上针对不同物种的去rRNA试剂盒，能够保留全部类型的RNA信息。

适用于降解样品：

云序生物采用特有的，可适用于降解样品的试剂盒，能够极大程度的保留降解样品中的RNA信息。尤其适合于临床样品的转录组检测。

链特异性检测：

很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的反义RNA。常规的建库方法无法区分这些反义RNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义RNA，从而提供更全 面的转录组信息。

一站式服务：

客户只需提供细胞，组织，体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

专业化的生物信息分析：

云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1、差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA筛选

根据高通量测序结果，筛选出(Fold Change≥2，P值≤ 0.05)差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA。

注：Fold Change代 表差异程度，P值代 表差异的明显性，筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整。

2、差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA的聚类

3、差异表达mRNA/环状RNA/LncRNA的GO和信号通路分析

对差异mRNA/环状RNA/LncRNA的来源基因进行功能和信号通路富集分析，以便推断mRNA/环状RNA/LncRNA的功能。

4、LncRNA-mRNA共表达网络(CNC网络)构建※

利用LncRNA与mRNA的共表达关系，构建LncRNA-mRNA共表达网络图，帮助发现LncRNA的靶基因，并推断LncRNA的功能。

5、竞争性内源RNA(ceRNA)分析※

通过circRNA-miRNA相互作用网络分析，可以帮助解析作为miRNA海绵发挥作用的环状RNA的功能以及作用机制。

6、circRNA/LncRNA-miRNA-mRNA网络构建※

一些circRNA/LncRNA可以通过与miRNA结合，调节miRNA靶基因的表达。通过circRNA/LncRNA-miRNA-mRNA关联分析，可以帮助推断作为miRNA海绵发挥作用的circRNA/LncRNA以及作用机制。