云序用户案例

 

案例1：环状RNA hsa_circ_0004872通过miR-224/Smad4/ADAR1调控回路抑制胃癌发展进程

原文：Circular RNA hsa_circ_0004872 inhibits gastric cancer progression via the miR-224/Smad4/ADAR1 successive regulatory circuit

发表时间：2020年11月10日

发表期刊：Molecular Cancer

影响因子：33.9

发表单位：山东大学基础医学院

 

胃癌（GC）是一种常见的消化系统恶性肿瘤，其死亡率居全球癌症死亡率第三位。环状RNA（circRNAs）是将线性RNA分子的5’端和3’端以共价键相连而形成的共价闭合的环形结构，其在组织细胞中表达丰富，且表达水平具有稳定性、保守性及时空特异性等特性，这些特性使其在肿瘤诊断方面具有独特优势。

云序用户山东大学基础医学院贾继辉教授团队利用全转录组测序，确定hsa_circ_0004872的来源、结构组成以及组织表达水平，发现hsa_circ_0004872在胃癌组织中表达下调，与相应的线性RNA相比具有更高的稳定性，过表达hsa_circ_0004872能显著抑制胃癌细胞增殖、侵袭和转移。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1 通过全转录组测序鉴定胃癌发生关键circRNA hsa_circ_0004872

 

 

案例2：CD40×HER2双特异性抗体克服HER2阳性胃癌CCL2诱导的曲妥珠单抗耐药性

原文：CD40×HER2 bispecific antibody overcomes the CCL2-induced trastuzumab resistance in HER2-positive gastric cancer

发表时间：2022年7月15日

发表期刊：Journal for ImmunoTherapy of Cancer

影响因子：10.6

发表单位：天津医科大学总医院

 

胃癌（GC）是一种复杂且异质性的疾病，由各种遗传、环境和宿主因素引起。近年来，包括下一代测序检测在内的高通量技术在识别强大的诊断、预后和治疗生物标志物以及发现GC分子亚型方面取得了重大进展。然而，只有少数生物标志物被转化为临床试验阶段，并且较少的分子靶向药物显着改善了GC患者的预后。

云序用户天津医科大学总医院付蔚华教授课题组通过全转录组测序，分析了HER2阴性和HER2阳性GC组织中的RNA表达谱，揭示了细胞因子-细胞因子受体相互作用途径，确定了关键基因CCL2，随后进一步研究发现HER2阳性GC中CCL2表达水平与TAM的浸润、浸润的TAM的极化状态、曲妥珠单抗耐药性和GC患者的生存结果相关。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2 通过全转录组测序确定胃癌发生的关键基因CCL2

 

云序优势：

UMI + Spike-in实现“真”绝对定量：

UMI通过对原始分子进行唯一标记，消除了PCR扩增偏好性，实现对原始分子的准确计数。Spike-in通过提供已知绝对量的外参，校正了样本间技术流程的效率差异。云序生物采用UMI + Spike-in结合应用，实现全转录组测序中基因表达的绝对定量结果，极大地提高了数据的准确性、可比性和生物学意义。

链特异性检测：

很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的反义RNA。常规的建库方法无法区分这些反义RNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义RNA，从而提供更全面的转录组信息。

适用于降解样品：

云序生物采用特有的，可适用于降解样品的试剂盒，能够极大程度的保留降解样品中的RNA信息。尤其适合于临床样品的转录组检测。

一站式服务：

客户只需提供细胞，组织，体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

生物信息分析：

云序生物具有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1.mRNA/LncRNA/circRNA的差异表达分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.对差异表达mRNA、差异表达LncRNA临近基因以及差异表达circRNA来源基因的GO和KEGG分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.circRNA-miRNA-mRNA共表达网络（高级分析※）

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4.LncRNA-miRNA-mRNA关联分析（高级分析※）

 

样本要求:

样品类型：

血清、血浆、细胞、组织、总RNA、其他类型请电询。

样品量：

a) 细胞：> 2×10^6

b) 组织：> 50 mg

c) RNA：总量 > 2 µg，浓度 > 50 ng/µL

样品运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮速冻后-80℃保存；RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中，-80℃保存，避免反复冻融。