• m6Am 修饰测序（m6Am-Exo-Seq）技术

     

     

    m6Am-Exo-seq 产品列表：

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    技术简介：

     

    RNA 修饰在基因表达调控中扮演着重要的角色。m6A 修饰就是真核生物 mRNA 中广泛存在的一种修饰形式，得到了广泛的关注和研究。除此之外，还存在着一种分子结构上很相似的 RNA 修饰形式：m6Am——在 m6A 修饰的基础上，同一个腺苷酸残基的核糖的 2’ 羟基也被甲基化，产生 2’ 甲氧基结构（2’-O-CH3）。与 m6A 的广泛分布所不同的是，m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子结构下游的核苷酸残基上发生。该位点的 m6Am 修饰在进化上高度保守，无论是在斑马鱼、小鼠还是人类细胞中均有发现。

    研究还发现，m6Am 修饰是一个可逆的动态修饰，当细胞遭遇热激、低氧等应激性刺激时 m6Am 水平上升，说明 m6Am 可能在细胞应激反应中扮演了重要角色。PCIF1 催化 m6Am 修饰的形成（作为 m6Am “Writer”）；而 FTO 则可以催化 m6Am 修饰的消去（作为 m6Am “Eraser”）。近来也有研究发现，除了 mRNA 的首个编码核苷酸残基以外，在 snRNA 中的特定 motif 也存在内部 m6Am 修饰位点，以 METTL4 催化该甲基化反应（作为“内部 m6Am Writer”）。

    虽然 m6Am 修饰早在 1975 年就已经被人类发现，但由于检验手段的匮乏，科学家难以区分出 m6A 修饰与 m6A 修饰，因此直到近年来 m6Am 测序技术逐渐发展成熟，才为进一步深入研究 m6Am 这一重要的 RNA 修饰铺平了道路。

    云序生物在国内较早引入 m6Am-Exo-seq 测序服务，利用 5’ 核酸外切酶消除非目的性的 RNA 片段上 m6A 修饰的信号干扰，选择性地获取 mRNA（或者 lncRNA） 的 5’ 帽子结构下游 m6Am 修饰富集区域的序列信息。对选择性获取到的 m6Am 修饰的 RNA 片段进行反转录建库和高通量测序，可为后续的生物信息学分析提供丰富的数据，进而揭示差异性 m6Am 修饰位点的特征及其可能的生物学功能，为您的科研课题提供强劲的助力。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

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  • 高分文章案例

     

    案例1：m6Am 测序揭示了人类转录组中 m6Am 甲基化的动态性

     

    原文：m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome

     

    期刊：Nature Communication                       影响因子：13.78

     

    北京大学的研究人员开辟了一种新型的 m6Am 修饰 RNA 的测序方法，使用抗体拉取 5’ 帽子片段富集 m6Am 修饰的 RNA 区域，再在特定生化环境条件下使用 FTO 酶来区分 m6Am 与 m6A 修饰，进而可达到精细至单碱基水平的 m6Am RNA 测序。使用该方法对人类转录组测序的结果显示，m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子下游的翻译起始位点，并且多数具有 BCA 的序列 motif 特征（B=C/U/G）。对细胞施予热激、低氧等应激性刺激时，细胞转录组的 m6Am 水平有明显上升，说明 RNA 的 m6Am 动态修饰可能参与了细胞应激性反应。针对低氧环境刺激的进一步 GO 分析显示，m6Am 水平升高的基因与内质网应激调节的生物学过程有关。基于上述新发现，作者阐明了 m6Am 在人类 mRNA 上的分布特点，并揭示了 m6Am 修饰与细胞应激反应之间的关联关系。在本文的研究思路当中，精确到单碱基水平的 m6Am 测序是一个新颖的实验方法。

    低氧环境下，人类细胞 HEK293T 细胞的 m6Am 修饰变化的火山图

     

     

    案例2:  METTL4 催化 U2 snRNA 中的 m6Am 甲基化以调节 pre-mRNA 的剪接

     

    原文：METTL4 catalyzes m6Am methylation in U2 snRNA to regulate pre-mRNA splicing 

     

    期刊：Necleic Acids Research                  影响因子：16.48

     

    新加坡南洋理工大学的研究人员通过人类全转录组 RNA 甲基化测序，在 Mettl4 敲除组与野生型对照组之间寻找出 m6Am 相对甲基化水平的差异位点，其中 U2 snRNA 的第 30 位 RNA 残基有明显的 m6Am 修饰水平差异。进一步的 FLAG-tag 融合蛋白实验证明，METTL4 蛋白直接催化了 U2 snRNA 上的 m6Am 甲基化修饰的发生。METTL4 过表达实验发现，其催化的 RNA 内部 m6Am 修饰位点具有 HMAGKD 的序列 motif 特征（H=A/C/U, M=A/C, K=G/U, D=A/G/U）。 在 Mettl4 敲除的人类细胞中，因为 U2 snRNA 无法完成 m6Am 修饰，故而对 snRNA 的 pre-mRNA 剪接功能产生了诸多影响，例如 3’ 可变剪接位点的下调以及“外显子增加”（exon inclusion）的上调等。基于上述新发现，作者揭示了 mRNA 以外的 m6Am 修饰的存在及其生物学意义。在本文的研究思路当中，采用能够区分 m6Am 与 m6A 修饰的 RNA 测序方法是成功的基石。

    野生型组与 Mettl4-KO 组之间的相对 m6Am 甲基化水平散点图。其中，U2 snRNA 在野生型组中有明显较高的甲基化水平。

  • 云序技术优势：

     

    国内 RNA 修饰测序领域的先行者：

    云序生物较早在国内实现多类 RNA 修饰测序的商业化服务，拥有丰富的经验和可靠的实验和技术团队，助力客户发表 RNA 甲基化高分文章。

     

    一站式服务：

     

    客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从 m6Am RNA 富集、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。


    专业的生物信息学分析：

     

    云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

     

     

  • 样本要求：

     

    样品类型： 细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。

     

    样品量：

    组织：100 mg – 1 g

    细胞：2× 10^7 个以上

    RNA：30-300 μg （OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）

     

    样品运输及保存

    样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。 细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

     

     

技术服务

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