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  • cfRNA测序技术

     

     

    cfRNA-seq 产品列表：

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    技术简介：

     

    cfRNA（Cell-free RNA）是位于细胞外的游离 RNA分子。cfRNA 由多种类型的 RNA 构成，根据分子长度的不同，cfRNA大致可以划分为两大类：长链RNAs和small RNAs。长链RNA的长度则往往可以达到数百到数千nt，主要包括mRNA、长非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）。小RNA长度约为 18-40 nt，最长不超过 200 nt，也被称为 sncRNA（Small Non-coding RNA）。cfRNA 当中的small RNA 包括微小RNA（miRNA）、piwi相互作用RNA（piRNA）、tRNA衍生的小RNA（tsRNA）几种主要亚型。这些分子在正常生理过程或病理条件下被细胞释放。除了血浆和血清以外，尿液、脑脊液、乳头溢液、玻璃体液等不含细胞结构的体液样品也可以作为 cfRNA 的来源。cfRNA已成为各种疾病当中极有前途的生物标志物，包括癌症、多种传染病、心血管疾病和神经系统疾病等等。

    云序生物全面检测样品的cfRNA转录组，并提供最全面、最专业的注释及分析，以帮助客户快速解析转录组，阐明分子功能及作用机制。cfRNA的检测基本包括四步：体液分离、RNA分离、文库构建及测序、生物信息分析。

     

    · cfRNA全转录组测序：针对cfRNA 全转录组测序共构建了长链RNAs 和small RNAs两个文库，能够同时检测cfRNA中mRNA，circRNA，lncRNA，miRNA，piRNA，tsRNA这六种分子。

    · cfRNA长链RNAs测序：针对样品中的长链cfRNAs （包括mRNA、circRNA、lncRNA），能够提供共同或单独检测长链分子的服务，如产品2，产品3，产品4。

    · cfRNA small RNAs测序：针对样品中的small cfRNAs （包括miRNA、piRNA、tsRNA），能够提供单独检测单类小分子的服务，如产品5，产品6，产品7。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    云序生物cfRNA测序流程示意图

     

     

     

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  • 案例分析

     

    案例：cfRNA作为分子标志物，用于检测高级别前列腺癌

     

    原文：A urine extracellular vesicle circRNA classifier for detection of high-grade prostate cancer in patients with prostate-specific antigen 2–10 ng/mL at initial biopsy

     

    期刊：Molecular Cancer                       影响因子：37.3  

                    

    研究者对 11 个高级别前列腺癌（high-grade prostate cancer）患者和 11 个轻度前列腺增生患者的尿液外泌体当中的 cfRNA 进行了测序，发现了 18 个 circRNA 在前列腺癌患者组当中显著上调。随后研究者扩大样本数量，在 72 个疾病组和 191 个对照组个体的尿液外泌体当中通过 ddPCR 定量确认了这 18 个 circRNA 在疾病组当中的上调。作者随后基于这些 circRNA 训练了多个分类模型，其中效果最好的一个分类模型（文中称为“Ccirc”）在训练集当中的 AUC 高达 0.820，拥有优秀的高级别前列腺癌区分能力。最后作者又在两个独立的验证集当中（数量分别高达 497 和 505）对训练出的分类模型进行了验证，结果发现 Ccirc 这个分类模型均拥有超过 0.8 的 AUC 值。相比于现行唯一临床可用的高级别前列腺癌生物标志物 PSA，该分类模型可以在更低浓度下进行检测，相当于仅需 2.0–10.0 ng/mL 浓度的 PSA 即可有效区分出高级别前列腺癌患者。

     

     

    图1. 差异表达的cfRNA circRNA

    图2. 检测高级别前列腺癌患者的性能症状

  • 云序技术优势：

     

    检测全部类型的RNA：

    常规的mRNA测序采用Oligo d(T)法纯化带Poly(A)尾巴的RNA分子。然而很多热门的RNA分子，如环状RNA和部分LncRNA，没有Poly(A)尾巴，因此在处理过程中会被丢失掉。云序生物拥有市面上针对不同物种的去rRNA试剂盒，能够保留全部类型的RNA信息。

     

    适用于降解样品：

    云序生物采用特有的，可适用于降解样品的试剂盒，能够极大程度的保留降解样品中的RNA信息。尤其适合于临床样品的转录组检测。

     

    链特异性检测：

    很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的反义cfRNA。常规的建库方法无法区分这些反义cfRNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义cfRNA，从而提供更全的转录组信息。

     

    一站式服务：

    客户只需提供体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

     

    专业化的生物信息分析：

    云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

     

    数据分析

    1. cfRNA注释表格

    测序后首先可以得到一个详尽的cfRNA注释表格，列出每个样品中检测到的每个cfRNA所在的染色体、坐标，长度，表达丰度，mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA、piRNA等分子还包括相关基因注释, GO注释，Pathway注释等。

    1. 差异cfRNA注释表格

    不同的样品分组间可以进行cfRNA丰度的差异比较，通过差异倍数、p值、关联基因筛选关键的cfRNA。

    1. 差异cfRNA所属基因的功能分析（mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA、piRNA）

    对cfRNA或差异cfRNA所属基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。

    1. 差异cfRNA聚类图、散点图、火山图

    展示不同样品分组间cfRNA的丰度差异。

     

    1. 组间共有和特有cfRNA

    对不同分组中共有和特有的cfRNA数目的统计和展示。

     

    *云序生物也可根据您的需求，提供其他个性化分析。

     

     

技术服务

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