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假尿嘧啶RNA修饰测序（Ψ-RIP-Seq）技术
Ψ-RIP-Seq 产品列表：
假尿嘧啶修饰（Pseudouridine, Ψ）是最早发现并且丰度最高的 RNA 修饰，它广泛分布于 rRNA，tRNA，snRNA 和 snoRNA上，并且在不同物种之间高度保守。Ψ修饰由假尿苷合酶（PUS）催化尿嘧啶发生异构化而形成，在哺乳动物 mRNA 上，定量质谱显示Ψ的含量仅次于 m6A 修饰。近些年研究发现，Ψ参与稳定性、翻译、剪接、蛋白质-RNA 相互作用等过程，可以影响不同生物学功能。作为哺乳动物mRNA上丰度第二高的修饰，Ψ在RNA中是否发挥着重要的调控功能目前尚不完全清楚。
技术简介：
云序生物提供Ψ-RIP-seq服务，在不同RNA分子中鉴定Ψ修饰水平。技术原理如下：将Ψ特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育，抓取有Ψ修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本为未进行IP反应的RNA片段。对照样本用于消除非特异性抓取Ψ修饰片段的背景。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将Ψ修饰位点定位到转录组上，计算样本中Ψ程度。同时，对不同组的样品进行差异修饰分析，研究RNA上Ψ修饰在诸多生理或病理过程中的分布情况、修饰化程度动态变化、生物学功能等。
Ψ-RIP-seq方法主要包括以下四个步骤：
（1）RNA片段化
（2）抗体抓取Ψ修饰片段
（3）构建RNA文库并测序
（4）生物信息学分析，鉴定修饰RNA
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案例分析
案例1：结直肠癌中 DKC1 通过假尿苷修饰调控核糖体蛋白 mRNA 稳定性
原文：Dual Inhibition of DKC1 and MEK1/2 Synergistically Restrains the Growth of Colorectal Cancer Cells
期刊：Advanced Science 影响因子：12.8
结直肠癌是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一。近年来，随着我国人民生活水平的提高、膳食结构改变，结直肠癌发病率呈上升趋势，严重危害人民健康。发现新的治疗靶标将为抗肿瘤新药开发提供重要的理论依据。
DKC1属于假尿嘧啶合成酶家族，催化RNA发生假尿嘧啶（Ψ）修饰。DKC1同时也是端粒酶复合物的亚基，其基因突变会导致先天性角化不良，但其在肿瘤治疗中的潜在价值目前尚未知晓。
中山大学肿瘤防治中心陈帅教授团队发现DKC1的表达水平在结直肠癌组织中异常升高，且其高表达与患者的不良预后显著相关。功能研究表明，DKC1能够结合包括RPS3在内的多个核糖体蛋白的mRNA，延长这些mRNA的半衰期，从而升高RPS3等蛋白在细胞内的表达量，促进肿瘤细胞的恶性增殖。相反，DKC1的抑制剂pyrazofurin则显著抑制RPS3等核糖体蛋白的表达，具有抗肿瘤活性。这些研究表明DKC1是一个结直肠癌治疗的候选新靶标。
DKC 1促进结直肠癌细胞增殖的模型及联合治疗模式图
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云序技术优势：
一站式服务：
客户只需提供组织、细胞或RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析的整套服务流程。
严格的质控：
云序生物对Ψ-RIP-seq实验每一步骤均设有关键质控，保证客户得到优质数据。
专业的生物信息学分析：云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
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技术服务
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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