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- 单碱基m6A RNA修饰测序（GLORI）
- 单碱基m5C RNA修饰测序（Bis-Seq）
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- 单碱基ac4C RNA修饰测序（Reda C:T-Seq）
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- 单碱基2’-O甲基化修饰测序（NM-Seq）
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翻译组测序（Ribo-Seq）技术
技术简介：
核糖体印迹测序又称Ribosome profiling，或Ribo-seq，是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA，分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA（大约30nt），进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息，使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况，并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程，在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。
实验流程图
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案例分析
案例1：特异性tRNAs的表达调控驱动基因表达和癌症进展
原文：Modulated Expression of Specific tRNAs Drives Gene Expression and Cancer Progression
期刊：Cell （2016） 影响因子：36.216
作者通过在5种细胞系中进行tRNA测序研究和Ribo-seq研究发现，在人类乳腺癌中特异性tRNAs：tRNAGluUUC 和tRNAArgCCG表达上调，可使癌细胞获得转移能力。研究者通过Ribo-seq检测这些特殊tRNAs增多后转录本上的核糖体结合情况，结果显示富集这些tRNA同源密码子的转录本更加稳定，核糖体结合更多。特别是tRNAGluUUC通过直接增强EXOSC2表达与增强GRIPAP1来构成一条受tRNA驱使的“可诱导”通路，从而促进癌症转移。 因此，该研究说明tRNA是基因表达的动态调节因子，RNA调节是细胞实现特定转录物和蛋白质表达改变的一种机制。
tRNAs的表达调控基因表达和癌症进程
案例2： 人心脏的翻译组学研究
原文： The Translational Landscape of the Human Heart
期刊：Cell （2019） 影响因子：36.216
基因在人体组织中的表达的研究主要集中在转录水平上，而翻译调控常被忽视。本研究对65例扩张性心肌病（DCM）患者左心室心肌组织和15例正常对照组的左心室心肌组织进行mRNA测序（mRNA-seq）和核糖体印迹测序（Ribo-seq），分析了DCM与健康对照组中RNA分子翻译效率的总体情况，结合先前研究的心脏组织蛋白质组学的数据，系统分析了左心室心肌组织中被翻译的ORF以及对应的蛋白或多肽的总体信息。分析后发现在1090个uORF、 22335个传统的ORF还包括了来自于169个lncRNA 的339个sORF。本文通过分析Ribo-seq数据鉴定出了169个lncRNA和40种环状RNA (circRNAs)编码的新的微蛋白，这表明这些微蛋白在人体中的生物学功能尚未被发现。而本研究中的这一发现可能为研究其他人类组织翻译组学提供依据。
心脏翻译组学研究概览
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云序技术优势：
数据分析（仅供展示 详见demo报告）
1、基因的识别和注释
2、差异基因的筛选
使用edgeR或DESeq2对原始count进行标准化并计算两组样品间的倍数变化（fold chang）。如下表：
差异表达mRNA（例子）
3、差异基因 GO功能富集分析
4、差异基因KEGG通路分析
5、聚类图
聚类图可以用于衡量样本或基因之间表达的相似性，通常来讲，同组的样品能够聚在一个分支中。
差异表达基因聚类（例子）
6、散点图
散点图（例子）
7、火山图
当两组样品比较时，利用倍数变化和P-value绘制火山图，火山图可以反映总体基因的表达情况。
注：两个样品比较不画火山图
火山图（例子）
8、差异TE基因筛选（同时进行mRNA-seq提供以下部分）
翻译效率的改变是基因翻译水平调控的主要形式，直接影响蛋白质的产量。翻译效率（TE）：TE代表样本中某个基因正在翻译的mRNA的数量占总mRNA的比例，计算公式为：TE＝Norm data in Ribo-seq / Norm data in RNA-seq。
计算两组样品间的所有差异TE基因。以倍数变化（fold chang）>=2筛选差异TE基因。如下表：
9、差异TE基因散点图
散点图可直观展示每个分组比较的差异TE基因分布情况。
散点图（例子）
10、差异TE基因 GO功能富集分析
11、差异TE基因KEGG通路分析
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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