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- 单碱基m6A RNA修饰测序（GLORI）
- 单碱基m5C RNA修饰测序（Bis-Seq）
- 单碱基m1A RNA修饰测序（m1A-MAP-Seq）
- 单碱基ac4C RNA修饰测序（Reda C:T-Seq）
- 单碱基m7G RNA修饰测序（Alkaniline-Seq）
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- 单碱基O8G RNA修饰测序（O8G miSeq）
- 单碱基假尿嘧啶RNA修饰测序（BID-Seq）
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单碱基m7G RNA修饰测序（Alkaniline-Seq）技术
m7G/m3C AlkAniline-Seq 产品列表：
RNA表观遗传修饰在转录后水平调控基因表达，显著影响RNA的性质。迄今为止，已经鉴定了150多种不同的RNA修饰，其中最常见的是N1 -甲基腺苷( m1A )、3 -甲基胞苷( m3C )、5 -甲基胞嘧啶( m5C )、N6 -甲基腺苷( m6A )和N7 -甲基鸟苷( m7G )修饰。
m7G修饰是RNA鸟苷酸第七位N上的甲基化修饰，广泛存在于mRNA、rRNA、tRNA、sRNA、微小RNA ( miRNA )和长链非编码RNA ( lncRNA )中。对维持RNA的加工代谢、稳定、出核以及蛋白质翻译具有重要作用。
m3C RNA甲基化是在RNA胞嘧啶（C）的第3位N上发生甲基化的一种修饰（3-methylcytidine，m3C）。目前研究发现，m3C RNA修饰存在于mRNA、tRNA、rRNA中，但是对m3C的形成机制和功能仍然知之甚少。
云序生物m7G/m3C RNA甲基化测序服务(AlkAniline-Seq)，可同时对m7G和m3C修饰进行高通量检测和单碱基定位。
技术简介：
AlkAniline-Seq的发现首先源于诱导含有m7G RNA切割的传统化学方法。该方法包括以下三个步骤：
1.碱水解使RNA片段化。
m7G甲基化在碱性条件下，会受到氢氧根离子的亲核攻击，最终会导致开环、碱基消除和碱性位点的产生；用于input对照样品在进行随机片段化后，直接加接头，建库测序。
2.碱性磷酸酶去除磷酸基团，将所有的片段末端转换为羟基。
碱性磷酸酶用来修复RNA片段末端，以去除RNA中预先存在的5’-磷酸集团和碱性水解产生的所有形式的3 ' -磷酸集团，这使得处理获得的所有DNA片段都含有5’-和3’-OH末端
3.苯胺裂解RNA链
在对RNA片段进行广泛的去磷酸化处理后，苯胺通过m7G裂解产生的碱性位点水解RNA，通过苯胺裂解过程中产生的5’-磷酸作为筛选文库制备的关键因素，从而达到特定位点富集的目的。
4.加接头，构建cDNA文库并测序，进行生物信息学分析，鉴定修饰位点
实验流程图如下：
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案例分析
案例1：哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱
原文：Transcriptome-wide Mapping of Internal N7-Methylguanosine Methylome in Mammalian mRNA
期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25
由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA，为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况，何川团队利用m7G自带正电荷的特征，开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点，并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征，同时还发现METTL1是一种甲基转移酶，它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰，并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。
(A) Hela和HepG2细胞进行m7G单碱基深度测序：10个代 表性的mRNA内m7G修饰结果展示。
(C) 801个m7G位点的mRNA特征。（E）前7个mRNA内 m7G motif在mRNA中的分布百分比。
案例2: METTL1通过m7G甲基化促进let-7 MicroRNA的加工
原文：METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation
期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25
剑桥大学戈登研究所和病理学系中心，借助m7G RNA甲基化测序技术，识别了A549细胞中miRNA具有m7G甲基化修饰。该研究发现Mettl1调控的pri-let7 m7G修饰通过改变pri-let7中G-四重结构，进一步调控pre-let7和let7的表达，影响肺ai细胞迁移。该研究揭示了Mettl1依赖的m7G甲基化修饰可以作为调控miRNA结构、生物发生和细胞迁移的一种新的RNA修饰。
图注：m7G在miRNA生物发生中的作用
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云序技术优势：
单碱基分辨：
与传统的RNA-seq方法不同，AlkAniline - Seq为高通量深度检测RNA修饰提供了新的思路：特定的化学反应使得RNA片段在修饰位点N+1处发生断裂，从而导致N+1处RNA片段的产生，并且这些片段被选择性的转化为测序文库，大大提高了方法的特异性与敏感性。
假阳性低：
研究人员采用AlkAniline-Seq对大肠杆菌tRNA的应用成功地检测到所有已知的m7G位置，没有任何假阳性命中，表明了AlkAniline-Seq的低假阳性。
可实现低丰度RNA检测甲基化修饰位点：
研究人员进一步将AlkAniline-Seq 应用于人细胞质和线粒体rRNAs和tRNAs。以总RNA为起始材料，研究人员建立了这些RNA分子中m7G、m3C和D位点的完整图谱。因为一些低丰度的RNA仅以pg的数量存在，这一全面检测更加说明了该方法的异常敏感性。
一次测序，两种修饰（同时检测m7G与m3C位点）：
通过对人类细胞质和线粒体tRNA的分析显示，可以同时检测到m7G位点、m3C位点和以及D位点，由于这些修饰的核苷酸来自不同的亲本，因此当reads对齐时，很容易区分开，实现一次检测，即可获得至少两种修饰结果。
全分子覆盖：
AlkAniline-seq依赖于基于化学的正富集结果文库中的reads，避开了RNA传统化学测序方法的缺点，降低了背景噪音以及信号错误率，具有较高的信噪比，可实现低丰度、全分子测序。
服务优势
单碱基分辨
可同时对m7G和m3C甲基化修饰进行单碱基精确定位。
高通量检测
可对全转录组范围内的m7G和m3C位点进行高通量地平行检测。
全分子覆盖
可全面地对mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G和m3C位点进行检测。
一站式服务
客户仅需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。
专业的生物信息学分析
专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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