案例分析

案例1：hMeDIP-seq揭示了心机细胞发育与肥大过程中的基因表达与5hmC有关

原文：DNA hydroxymethylation controls cardiomyocyte gene expression in development and hypertrophy

期刊：Nature Communications             影响因子：14.7

5-hmC（DNA羟甲基化）在基因体上富集能够激 活基因的转录调控，但对启动子和远端调节区的功能不太清楚。本文主要是以不同发育时间点和心肌肥大的心肌细胞为实验载体，主要剖析5-hmC在心肌细胞（CMC）基因组中的分布，并揭示了5-hmC在心脏发育和疾病中的作用机制。1）通过DNA羟甲基化测序，作者发现在心脏发育过程中，CMCs中的5-hmC在基因间区域逐渐减少，并向GB上富集（图1）。2）通过DNA羟甲基化和转录组关联分析，作者得出5-hmC是CMCs发育和肥大过程中的重要调控因子（图2）。

图1、不同类型心肌细胞中5hmC的表达谱

图2、5hmC与基因表达相关

云序技术优势：

一站式服务：

客户只需提供细胞、组织或基因组DNA，云序生物为您完成从hMeDIP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

优化的实验流程：
hMeDIP的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物hMeDIP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有极高的效率和特异性。

严格的质控：

云序生物对hMeDIP实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优 质的数据。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

1、DNA羟甲基化富集峰的识别

通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p <= 1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的甲基化区。

注：：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率

2、DNA羟甲基化区域富集峰的注释

富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

3、DNA羟甲基化富集峰区域的在基因中的分布

4、差异DNA羟甲基化区域的鉴定（DMRs）与注释

云序生物使用diffReps软件进行差异甲基化区（differentially methylated regions，DMRs）鉴定。默认p-value<0.0001，fold change >=2作为差异甲基化区的阈值。

5、差异DNA羟甲基化区的GO（Gene Ontology）与信号通路分析
 

目的：对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目

6、DNA羟甲基化可视化