案例分析

案例1：tRF抑 制乳腺癌转移

原文：Endogenous tRNA-derived fragments suppress breast cancer progression via YBX1 displacement

期刊：Cell                                                   影响因子：31.29

本研究通过小RNA测序发现低转移性乳腺癌细胞系MDA中Glu/Asp/Gly/Tyr的tRNAs在缺氧条件下可生成一系列的tRFs表达增加，这些tRFs可与致癌基因的3’UTR竞争性结合YBX1蛋白，从而降低多个乳腺癌致癌转录本的稳定性。这种转录后的沉默模式具序列特异性，这些片段有共同序列区域与YBX1识别序列相结合。通过功能性实验验证tRFs可抑 制乳腺癌细胞的增殖和侵袭。YBX1本身的功能是使致癌转录本的稳定性增加，癌症基因蛋白表达水平增强。这种tRFs产生的竞争性置换抑 制致ai基因转录本的稳定性和表达，也就抑制了癌症转移。

图1. 小RNA测序发现低氧诱导乳腺ai细胞系MDA中tRFs含量增加，且共同序列明显富集，例如tRNA Glu明显上调

图2. RNA pull down验证tRFs与YBX1结合

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数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1、tRF散点图

2、tRF聚类分析

3、5’-tRNA片段富集分析

4、Venn图

5、可视化