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体液样品eccDNA甲基化测序技术
技术简介：
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为eccDNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但**的研究表明：无论是在正常体细胞还是*细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在**中，主要的*基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的*基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动**异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进**细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不**可以作为一种新型特异的**标志物，还在**发**展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA，而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
环状DNA连登《Nature》《Cell》等**期刊，彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知，成为了**潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法，用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构，并在DN**段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法，将未甲基化的胞嘧啶（C）高效地转化为尿嘧啶（U），后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA，双端测序，上机测序数据量24G。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。
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案例分析
案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是：呈甲基化状态以及被清除
原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance
期刊：Clinical Chemistry 影响因子：8.322
近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外**效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速**。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。
图1：母体和胎儿来源的环状DNA长度和甲基化分析
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云序技术优势：
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适用于微量体液样品：
客户只需提供血清、血浆、尿液、脑脊液等体液，云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。 -
一箭双雕的结果：
同时检测环状DNA及其甲基化状况，节约样品，性价比高。 -
专业的生物信息学分析：
专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法，且能单碱基分辨甲基化修饰位点，满足客户的各类深入数据分析需求。
数据分析（仅供展示 详见demo报告）
1.环状DNA的识别及甲基化水平
2.环状DNA的基因注释
3.环状DNA长度分布图
4.环状DNA甲基化水平统计
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技术服务
Technical Service
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RNA修饰组测序
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云序生物聚焦科研前沿领域，是国内率先开展RNA修饰，转录组及eccDNA研究的创新性企业，提供各类RNA修饰，各类RNA分子，各类测序技术及eccDNA系统性解决方案，参与的研究成果在各大国际顶级期刊发表数百篇，影响因子累积10000+。
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