• 长链糖基化RNA测序(Long GlycoRNA-Seq)技术

     

     

     

    长链糖基化RNA测序(Long GlycoRNA-Seq )产品列表:

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    产品概述:

     

    1.糖基化RNA(GlycoRNA)研究进展:

    糖基化RNA(GlycoRNA)自 2021 年首次被报道以来,逐渐成为 RNA 修饰领域的重要研究方向。最早的研究表明,GlycoRNA主要来源于小型非编码RNA,如tRNA、snRNA、snoRNA及Y RNA。质谱分析进一步确认,RNA上附着的为复杂N-糖链结构,并通过acp3U等修饰核苷与RNA共价连接。

    在结构层面,研究团队通过rPAL标记GlycoRNA以及SWATH-MS采集全扫描质谱数据,提供了RNA N-糖基化的直接化学证据。质谱技术在这一阶段发挥了决定性作用——只有通过LC-MS/MS的精确质量检测与碎片分析,才能区分糖链结构异构体并获得可靠的结构确证。

    随后研究进一步提示,GlycoRNA可能参与免疫识别、炎症调控及细胞外囊泡摄取等生物学过程,显示其在细胞通讯与免疫稳态中具有潜在功能意义。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

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    GlycoRNA研究进展的时间表

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    2.长链糖基化RNA测序技术(Long GlycoRNA-Seq)介绍:

    最新发表的《Transcriptome-wide identification of glycoRNAs by Clier-seq pipeline》表明,糖基化修饰并不仅存在于小 RNA 分子中,mRNA、lncRNA及其他长链转录本中同样可以检测到稳定的GlycoRNA 信号。这一发现提示,GlycoRNA的存在范围较早期认知更为广泛,研究重点正从“小RNA现象”逐步拓展至更大分子量RNA类别的系统探索阶段。

    在此基础上,云序生物对长链 GlycoRNA 的存在进行了系统性实验复现与方法学优化,建立了专门针对 >200 nt GlycoRNA 的富集与测序流程,并首次推出长链糖基化RNA测序(Long GlycoRNA-Seq)技术!该技术将 GlycoRNA 的研究范围拓展至:

    ·mRNA

    ·lncRNA

    ·长snoRNA

    ·mtRNA

    同时,结合转录本组装分析,可挖掘未注释的新转录本,进一步拓展对 GlycoRNA 分布与特征的认知。

    长链糖基化RNA测序(Long GlycoRNA-Seq)实现了从“小 RNA 糖基化现象研究”向“转录组尺度系统解析”的拓展,为系统探索糖基化修饰在转录组层面的分布特征及其潜在生物学功能提供了新的研究工具。

     

    实验原理

    在GlycoRNA研究中,测序的核心任务并非简单“检测RNA表达”,而是解决两个关键问题: 如何特异性捕获糖基化RNA? 如何在不同长度与结构背景下实现高保真建库? 因此,长链GlycoRNA测序(Long GlycoRNA-Seq)的实验设计围绕标记策略选择与实验建库优化体系两个维度展开

    1. 标记策略选择

    长链GlycoRNA检测的前提,是对糖链进行特异性标记与富集。云序生物测序平台提供“叠氮化物(AC4ManNAz)代谢标记与rPAL法标记”双标记策略支持,研究者可根据实验目的自由选择,精准定制科研方案。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

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    2. 实验建库流程

    针对长链GlycoRNA结构复杂、表达丰度跨度大、转录本多样性高等特点,云序生物在长链糖基化RNA测序(Long GlycoRNA-seq)的实验建库流程上进行了系统优化。实验流程如下:

    样本总 RNA采用 Trizol 法提取后,回收长度 >200 nt 的 RNA片段,并分为两部分处理:一部分直接用于构建 Input RNA 文库;另一部分采用 rPAL 法进行高碘酸盐氧化及生物素标记,以捕获GlycoRNA,随后通过链霉亲和素磁珠进行富集。Input RNA与富集获得的GlycoRNA分别构建RNA文库,质量控制合格后,进行高通量测序。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    Long GlycoRNA-Seq实验原理图

     

     

    云序优势

    1. 链特异性建库策略

    采用链特异性文库构建流程,确保准确区分正负链转录本,提高长链RNA定位与注释准确度,尤其适用于lncRNA与重叠基因区域分析。

    2. UMI去重设计

    在文库构建阶段引入UMI标签,有效降低PCR扩增偏倚,提升低丰度GlycoRNA分子的检测准确性,使不同样本间比较更加可靠。

    3. 新转录本组装与报告支持

    完整报告中提供未注释GlycoRNA候选分子的分布统计与表达定量信息,这一模块可辅助发现潜在新型GlycoRNA分子,扩展研究边界。

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    相关产品:

    一、测序 · 糖基化RNA筛选

    GlycoRNA Pandora-Seq:对糖基化小RNA进行定性和定量检测,全面涵盖rsRNA,tsRNA,Y RNA,miRNA,piRNA等各种小RNA。

    Long GlycoRNA-Seq:对200nt以上的长链糖基化RNA进行定性和定量检测,全面涵盖mRNA、LncRNA等各类长链RNA。

    二、质谱 · 糖基化定性与定量

    RNA N糖质谱分析:检测样本中N-糖基化修饰的种类及丰度。

    RNA O糖质谱分析:检测样本中O-糖基化修饰的种类及丰度。

    RNA N+O糖质谱分析:同时检测样本中N/O-糖基化修饰的种类与丰度。

    GlycoRNA修饰质谱分析:探究GlycoRNA上是否共存其它RNA修饰类型。

    多类RNA修饰质谱分析:检测60+种不同的RNA修饰类型,包含决定N糖附着的acp3U修饰。

    三、验证 · 糖基化RNA靶向验证

    GlycoRNA-qPCR:针对目标GlycoRNA设计特异性引物,快速验证测序结果的准确性与糖基化修饰的动态变化。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

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    案例1:通过Clier-seq流程进行转录组范围内的糖RNA鉴定

    原文:Transcriptome-wide identification of glycoRNAs by Clier-seq pipeline

    发表时间:2024/2/15

    发表期刊:Science China-life Sciences

    影响因子:9.5

    发表单位:中山大学

    RNA分子可经N-糖基化修饰后呈现在细胞表面。然而,近期研究主要聚焦于长度小于200nt的小RNA的N-糖基化修饰,而转录组范围内的糖基化RNA(glycoRNA)亚型仍缺乏充分表征。由于glycoRNA仅占转录组总量的极小部分,目前尚未建立其精确分析的验证体系。中山大学曾木圣和钟茜教授团队通过代谢标记与密度梯度离心技术,研究发现上皮细胞和B细胞中糖基化RNA主要集中在2000 nt以下。随后开发了Clier-seq技术,以最大化覆盖50-2000 nt范围的糖基化RNA,并采用HISAT-StringTie-Ballgown分析流程预测新糖基化RNA亚型。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    图 糖基化RNA的鉴定

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

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    数据分析(仅供展示 详见demo报告)

     一.分析项目

    1.原始数据质控(去接头,去低质量reads),数据产出统计

    2.GlycoRNA的识别与注释

    3.GlycoRNA的分类饼图

    4.差异GlycoRNA的识别与注释

    5.聚类图

    6.散点图

    7.火山图

    8.差异Glyco mRNA靶基因GO功能富集分析

    9.差异Glyco mRNA靶基因KEGG富集分析

    10.差异Glyco lncRNA临近基因GO功能富集分析

    11.差异Glyco lncRNA临近基因KEGG富集分析

     

    二.部分数据分析结果示例

    1.GlycoRNA的识别与注释

    对每个样品的去接头 reads 进行分级比对,依次比对至线粒体基因组、参考基因组及snoRNA数据库,以实现对已知RNA类型的注释。无法注释到已知转录本的reads进一步进行转录本组装,获得潜在的新转录本(novel RNA),并对其在各样本中的表达量进行定量。最终,结合 GlycoRNA 富集文库与 Input 文库的比较结果,汇总生成GlycoRNA识别与注释表。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    2.GlycoRNA的分类饼图

    针对不同样本检测出的GlycoRNA类别数量,通过颜色标注不同种类的RNA类别。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    3.聚类图

    分层聚类揭示了每个样本中不同glycoRNA表达谱,可以用于衡量不同样本或之间glycoRNA富集程度的相似性。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    4.火山图

    快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的glycoRNA,同时显示各类上下调差异glycoRNA的变化倍数和差异的显著程度。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

  • 样本要求:

    样品类型:

    血清、血浆、细胞、组织、总RNA、其他类型请电询。

    样品量:

    a) 细胞:> 1×10^7,如果选择叠氮化物标记法,请提供> 1×10^7的Ac4ManNAz标记后的细胞;

    b) 组织:> 200 mg

    c) 全血> 20 ml (推荐用紫色盖EDTA抗凝采血管,不可用绿色盖肝素抗凝管)

    d) RNA:总量 > 25 µg

    样品运输与保存: 样品运输:样品置于1.5 mL管或冻存管中,封口膜封好,干冰运输。

    样品保存:

    a)细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮速冻后-80℃保存;

    b)全血样品采集后,转移至冻存管中,-80℃保存,避免反复冻融;

    c)RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中,-80℃保存,避免反复冻融。

    注:具体请联系销售或后台工作人员,查看《云序生物样品采集保存及运输指南》。

技术服务

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