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案例：全基因组分析揭示了TET和TDG依赖的5-甲基胞嘧啶氧化动态变化

原文：Genome-wide analysis reveals TET- and TDG-dependent 5-methylcytosine oxidation dynamics

发表时间：2013/4/25

发表期刊：Cell

影响因子：42.5

发表单位：哈佛医学院

 

该研究通过全基因组分析揭示了TET双加氧酶在哺乳动物基因组中逐步氧化5-甲基胞嘧啶（5mC）生成5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）、5-甲酰基胞嘧啶（5fC）和5-羧基胞嘧啶（5caC）的动态过程。该研究利用5hmC DIP-Seq、5fC DIP-Seq、5caC DIP-Seq，在野生型和Tdg缺陷型小鼠胚胎干细胞（ESCs）中生成了5hmC、5fC、5caC的全基因组分布图。结果显示，在野生型小鼠ESCs中，5fC和5caC主要在主要卫星重复序列中积累至可检测水平，但在非重复序列中几乎检测不到。相比之下，Tdg的缺失会导致小鼠ESCs中大量近端和远端基因调控元件处5fC和5caC的显著积累。这一结果不仅揭示了5mC氧化的全基因组动态图景，还表明TET和TDG依赖的主动DNA去甲基化过程在哺乳动物基因组中广泛存在。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1. Tdg缺陷型小鼠胚胎干细胞中非重复区域的5fC和5caC积累情况

 

 

 

云序技术优势：

1.一站式服务：

客户只需要提供细胞、组织或者样本的基因组DNA，云序生物为您完成从修饰DNA片段富集、文库构建、上机测序、数据分析等整套服务流程。

2.优化的实验流程：

DNA免疫共沉淀实验的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物5caC DIP实验采用特异性强的5caC抗体和精心优化的实验流程，因此具有极高的效率和特异性。

3.严格的质控：

云序生物对DNA免疫共沉淀的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优质的数据。

4.专业的生物信息学分析：

云序生物具有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

 

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

1.修饰峰的识别与注释

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.差异修饰峰的识别和注释

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.差异修饰基因GO、KEGG分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4.修饰峰在基因组上的分布

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5.修饰峰长度分布直方图

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6.修饰峰在染色体上分布密度图

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7.MOTIF分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

8.韦恩图、散点图

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

9.启动子区修饰峰分布

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

10.修饰峰可视化

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样本要求：

样品类型： 细胞、组织、体液、gDNA、IP富集的DNA。

样品量：

a）细胞≥2×10^7

b）组织≥400 mg

c）gDNA≥10 μg

d）IP富集的DNA≥4 ng

e）全血≥20 mL (推荐用EDTA抗凝采血管，不可用肝素抗凝管)

样品运输及保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，DNA可使用冰袋运输。

样品保存：细胞样本或新鲜组织切块，液氮冻存后-80℃保存。DNA样品短期内可-20℃保存，避免反复冻融。