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DNA修饰分析
ctDNA羟甲基化测序

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新型肿瘤标志物筛选利器-----ctDNA羟甲基化测序

cfDNA(Cell free DNA)是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段,是一种新型的分子标记物。ctDNA(Circulating tumor DNA)特指来源于肿瘤细胞的cfDNA,是液体活检主流方向。
最新的报道表明:ctDNA羟甲基化不仅可以作为肿瘤分子标志物,还可用于追溯肿瘤细胞的组织来源。在精准医疗大趋势下,ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值,又具备推进精准医疗临床实践的巨大潜能,为实现肿瘤临床治疗的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序,仅凭一管液体就可以进行肿瘤诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等,是里程碑式的新型液体活检技术。
云序生物率先推出ctDNA羟甲基化测序服务,最低仅需1ng ctDNA既可进行测序。客户仅需提供血浆,血清或体液样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。


图1. ctDNA羟甲基化来源
具临床应用前景的分子标志物-----ctDNA羟甲基化
图2. ctDNA羟甲基化研究应用范围
1.癌症早筛利器:ctDNA羟甲基化在癌症早筛领域具有重大研究前景。
2.鉴定癌症有效手段:ctDNA羟甲基化可区分癌症,疾病和正常组间存在显著差异。
    
3.助力药物或其他手段治疗效果评估:在治疗过程中,ctDNA羟甲基化水平与癌细胞数量呈正比,可用于协助评估用药疗效、复发及治疗后期转移动态的监测。
 
高分文章利器-----ctDNA羟甲基化
图3. 近年来已发表期刊(部分)
图4. 高分期刊评语(ctDNA羟甲基化适用于分子标志物)
技术优势
一站式服务:客户只需提供样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
特异性富集ctDNA片段:云序生物具有丰富样本处理经验,采用最新ctDNA提取试剂盒,富集效率高。
严格质控流程:云序生物质控流程严格,层层把关,为客户提供高准确度的结果。
专业化生物信息分析:云序生物强大生物信息团队,满足客户个性化数据分析要求。

样本要求
1)样品类型:血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。
2)样品量:
血清,血浆:≥5 mL;
体液:请详询。
3)样品保存:
血清、血浆、体液样品,可用液氮速冻后-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。
4)样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。
案例解析
案例1:ctDNA羟甲基化可作为人类癌症诊断的分子标志物
原文:5-Hydroxymethylcytosine signatures in circulating cell-free DNA as diagnostic biomarkers for human cancers
期刊:Cell Research 影响因子:15
本篇文章的作者是复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作通过检测不同癌症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术,在全基因组范围内,检测癌症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的癌症类型包括肠癌,胃癌,胰腺癌,肝癌,甲状腺癌,检测组织类型包括癌症及癌旁组织,血浆和白血球。结果发现,5hmC主要分布在基因组的转录活性区,可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时,5hmC对特定癌症类型高敏感,如肠癌和胃癌。总的来说,ctDNA羟甲基化检测为日后仅通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。

图1. 不同类型疾病中,ctDNA羟甲基化可用于分子标志物研究

图2. ctDNA羟甲基化可区分组织类型   

图3. 在肠癌和健康组中,单个基因羟甲基化水平的一致性很高

图4. 肠癌的不同分期中,ctDNA羟甲基化水平不同
图5. 胃癌及肠癌的ctDNA羟甲基化检出率很高


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