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超微量RNA甲基化测序
超微量RNA甲基化测序

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技术简介

云序生物超微量RNA甲基化测序(超微量MeRIP-seq)对免疫共沉淀和高通量测序步骤进行优化,克服常规抗体富集至少需要100μg总RNA的难题,最低仅需500ng总RNA既可实验。并适用于检测微量样本如血清、血浆和外泌体。

技术优势

适用范围广:检测m6A修饰,同时可检测m5C和m1A修饰;

适用分子广:mRNA,环状RNA,LncRNA,pri-miRNA和tRNA;

适用样本类型多:血清、血浆、细胞、组织、外泌体、富集后的总RNA石蜡切片,其他类型请电询;

物种:人、大鼠、小鼠、猪、牛、兔、羊、狗等哺乳动物

云序生物超微量RNA甲基化测序服务列表


   云序生物(m6A)RNA甲基化测序流程

云序优势

一站式服务:

客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。

优化的实验流程:

MeRIP的富集效率是决定数据质量的关键,云序生物MeRIP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。

严格的质控:

云序生物对MeRIP实验的各个关键步骤进行严格的质控,全程监控实验质量,确保客户得到优质的数据。

专业的生物信息学分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。

特异性高:

通过抗体特异性富集发生甲基化修饰的RNA片段,以较低的成本实现转录组范围的RNA甲基化研究。

样品运输及保存:

样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。

数据分析

1.识别甲基化富集峰

通过高通量测序和生物信息分析,识别(p <10-5)甲基化富集的基因组区域。

             

注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率


2. RNA甲基富集峰注释

通过生物信息分析利用最邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

             


3. RNA甲基化富集峰区域的在基因组中的分布

根据注释信息,绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。


          


4. RNA甲基化位点Motif分析

RNA上甲基化的位点,可能包含某种序列motif。RNA甲基化酶可能正是通过识别这些motif特异性进行甲基化修饰,从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的RNA上的甲基化位点后,获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些motif,从而揭示RNA甲基化修饰的机制。

5. 差异RNA甲基化区域的识别与聚类

云序生物使用 diffReps 软件进行差异甲基化位点的识别。默认筛选标准为 FDR<=0.05,具体以报告为准。识别样本间的差异甲基化区,发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域。

6. 差异甲基化区的GO与信号通路分析

对差异甲基化基因进行功能分类,并发现显著性富集的功能条目。


7. Reads 的分布

使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS, genebody, TES 等位点的分布情况,可以用来观察 RNA 甲基化对TSS 等位点是否有偏好。





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