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真核转录组测序
sdRNA测序

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技术简介

sdRNA是核仁小RNA(snoRNAs)加工产生的的单链非编码RNA,长度约15-30nt。最新研究表明:sdRNAs在肿瘤组织中异常表达,在血液、尿液中稳定表达等特征使其成为潜在的肿瘤标志物;另外,sdRNAs可与靶基因3’-UTR结合,发挥类似miRNA的作用,还可调节mRNA的翻译和稳定性,与基因沉默相关。云序生物提供的sdRNAs测序可全面检测sdRNA谱,还可以发现新的sdRNA,并额外附送miRNA表达谱分析。

不同类型sdRNA长度分布


云序优势

超高性价比:

一举两得,同时检测和分析sdRNA和miRNA。

单碱基分辨:

单碱基分辨,可精确检测细微差异的sdRNA。

全物种覆盖:

适用于几乎任何物种,无需参照sdRNA,可发现新的sdRNA。

一站式服务:

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业的生物信息学分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。

样本要求

样品类型:

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量:

a)细胞:2×107

b)组织:100 mg

c)体液:全血、血清、血浆2-3 ml

尿液:50 ml

脑脊液:5 ml

d)总RNA:2μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

样品运输及保存:

样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块,可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。

数据分析

1、sdRNA统计


2、sdRNA长度统计


3、sdRNA散点图


4、snoRNA二级结构图


5、snoRNA(HBII-180C)和其产生的sdRNA序列比对


案例解析

案例1:sdRNA促进乳腺癌细胞侵袭能力

原文:Human snoRNA-93 is processed into a microRNA-like RNA that promotes breast cancer cell invasion

期刊:Npj Breast Cancer 

本研究通过对比较两株乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231的snoRNA源小RNA测序数据,鉴定到这些小RNA来自于13个snoRNA过表达的MDA-MB231细胞。研究还发现sdRNA-93是其中变化最大的小RNA,并且功能实验表明sdRNA-9可促进肿瘤侵袭能力。据文献记载肌氨酸代谢相关蛋白Pipox与乳腺癌不同分子亚型相关,而sdRNA-93可通过结合Pipox的3’-UTR区域调控其表达,即sdRNA-93与Pipox表达呈负相关。因此,本研究揭示sdRNA-93可通过microRNA样作用调控乳腺癌恶性表型。

图1. snoRNA二级结构及其产生的sdRNA(绿色)


图2. sdRNA-93与靶基因pipox结合位点及荧光素报告实验验证


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