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转录组测序
tiRNA测序

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技术简介
tiRNA和tRF是近期发现的一类来源于tRNA的新型小RNA,长度在16-50 nt。tiRNA是来源于成熟tRNA的半分子,血管生成素会在压力应激下介导tRNA切割成5’-和3’-tRNA半分子,长度约30-35nt。tRFs是来源于成熟tRNA或前体tRNA的小片段,根据其在tRNA上对应的位置可进一步分为tRF-5,tRF-3, tRF-1和i-tRF等,长度约为15-30nt。据报道,tiRNA和tRF可以microRNA的方式参与RNA干扰,另外可结合诸如YBX1蛋白因子调控靶mRNA的稳定性。tiRNA和tRF不仅可作为疾病诊断的生物标志物,还具有治疗潜能。云序生物tiRNA测序采用独有的﹑全面的tiRNA和tRF数据库进行分析,并额外附送miRNA表达谱分析。
云序优势

超高性价比: 

一举三得,同时检测和分析tiRNA和tRF,以及miRNA。 

全面检测: 

权威的tiRNA和tRF数据库,提供全面的tiRNA和tRF表达谱分析。 

高检测效率: 

性能优化的测序方法与严格的质控过程,高检测效率。

一站式服务: 

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业的生物信息学分析: 

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。 

样本要求 

样品类型: 

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。 

样品量: 

a)细胞:2×107 

b)组织:100 mg 

c) 体液:全血、血清、血浆2-3 ml 

尿液:50 ml 

脑脊液:5 ml 

d)总RNA:2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7) 

样品运输及保存: 

样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。 

样品保存:细胞样品或新鲜组织块,可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。

数据分析

1、tRF散点图



2、tRF聚类分析



3、5’-tRNA片段富集分析



4、Venn图



5、可视化



案例解析
案例1:tRF抑制乳腺癌转移

原文:Endogenous tRNA-derived fragments suppress breast cancer progression via YBX1 displacement

期刊:Cell 影响因子:31.29

本研究通过小RNA测序发现低转移性乳腺癌细胞系MDA中Glu/Asp/Gly/Tyr的tRNAs在缺氧条件下可生成一系列的tRFs表达增加,这些tRFs可与致癌基因的3’UTR竞争性结合YBX1蛋白,从而降低多个乳腺癌致癌转录本的稳定性。这种转录后的沉默模式具序列特异性,这些片段有共同序列区域与YBX1识别序列相结合。通过功能性实验验证tRFs可抑制乳腺癌细胞的增殖和侵袭。YBX1本身的功能是使致癌转录本的稳定性增加,癌症基因蛋白表达水平增强。这种tRFs产生的竞争性置换抑制致癌基因转录本的稳定性和表达,也就抑制了癌症转移。



图1. 小RNA测序发现低氧诱导乳腺癌细胞系MDA中tRFs含量增加,且共同序列明显富集,例如tRNA Glu明显上调



图2. RNA pull down验证tRFs与YBX1结合

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