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外泌体转录组学
外泌体mRNA测序

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技术简介

外泌体(Exosomes)是一种直径在40100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并广泛分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNAmiRNA) 、长链非编码RNAmRNA、环状RNAcircular RNAcircRNA)。外泌体所携带的这些 RNA 统称为外泌体来源 RNA,具有完整的序列结构和生物活性。

云序生物mRNA测序服务针对不同样品类型采用差异化的技术策略,不仅能够检测常规样品,还能够检测降解样品和微量样品。客户可以根据样品情况,灵活选择。此外,云序生物还拥有独特的疾病和基因功能数据库,可以深入分析与特定疾病或信号通路相关的基因的表达、可变剪切以及突变等,从而帮助客户从海量数据中快速找到与自身研究背景相关的候选基因。

云序优势

 

套餐1

套餐2

套餐3

适用范围

>1 μg完整RNA

>1 μg部分降解RNA

低至10 pg(单细胞)的微量样品

适用于降解样品:
大部分公司采用低成本Oligo d(T)法富集mRNA,由于降解样品中的mRNA会丢失Poly(A)尾巴,因而无法被检测到。套餐2采用特有的,适用于降解样品的去rRNA试剂盒,能够最大程度地保留降解样品中的mRNA信息,尤其适合于临床样品的mRNA检测
适用于微量样品:
套餐3采用商业化单细胞试剂盒,可以检测低至单细胞量(~10 pg RNA)样品中的mRNA
独特的疾病和信号通路数据库:
收集了与癌症、糖尿病、心血管疾病、神经退行性疾病等人类重大疾病相关的基因,并详细注释了这些基因参与的信号通路,可以根据客户的研究领域,对mRNA测序数据进行更加个性化的整合和筛选
一站式服务:
客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析的整套服务流程
专业的生物信息学分析:
云序生物拥有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求
样本要求
样品类型:
细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量:
a)细胞:2×107

b) 组织:100 mg

c) 体液:全血、血清、血浆 5 mL
       脑脊液 10 mL
       尿液  100 mL 
d) 总RNA 2 μg OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。

数据分析
1、差异mRNA筛选与聚类
筛选(Fold Change≥ 2,  P值≤ 0.05)两组或多组样品间差异表达的mRNA倍数变化。

注:Fold Change代表差异倍数,P值代表差异显著性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

2、特定疾病或通路的个性化筛选
整合mRNA测序数据与云序生物特有的疾病和信号通路数据库,发现与特定疾病或通路相关的差异mRNA、可变剪切或cSNP。


Entrez ID 

183

3630

1636

5972

1906

3952

4846

Gene

AGT

INS

ACE

REN

EDN1

LEP

NOS3





3、差异mRNA的GO和信号通路分析
进行差异基因GO功能富集分析,以推断差异基因参与的生物学功能



4、基因富集分析(GSEA)
寻找与样品表型相关的功能基因集合(gene set,包括信号通路或其他基因集合)


5、基因共表达网络分析
根据基因间的表达相关性,构建共表达网络,以推断未知的基因功能。

6、基因互作网络分析
确定差异基因间的相互作用关系,筛选起关键作用的核心基因及其相应的靶基因

7、基因表达水平累积曲线
展示每个样本不同表达强度的基因数目,揭示表型对基因表达的整体影响

案例解析
案例1:肪来源的干细胞分泌外泌体可减轻脂肪炎症和肥胖现象

期刊:Diabetes 影响因子:7.27

原文:Exosomes From Adipose-Derived Stem Cells Attenuate Adipose Inflammation and Obesity Through Polarizing M2 Macrophages and Beiging in White Adipose Tissues

在这项研究中,来自山东大学基础医学院的研究人员利用外泌体mRNA测序技术,研究来自WATADSCs分泌外泌体使巨噬细胞向表达高水平的Arg-1IL-10M2极化,该过程主要依赖外泌体转移活性STAT3来实现的。值得注意的是,ADSC衍生的外泌体处理的肥胖小鼠后表现出WAT炎症的减少,改善的代谢稳态和延缓肥胖进展。ADSC衍生的外泌体在WAT中驱动M2巨噬细胞的极化,进一步促进了WAT的作用,从而产生了上述有益的效果。本文阐述了一种全新的外泌体介导的ADSCs巨噬细胞级联干扰机制,促进 WAT 通路免疫反应及代谢稳态,从而为肥胖和糖尿病患者提供潜在的治疗方案。



图 1. ADSC衍生的外泌体可改善高脂饮食喂养小鼠的WAT动态平衡



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