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转录组测序
原核mRNA测序

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技术简介
mRNA测序是研究原生生物转录组的有效手段,可以直接对特定样品在某一状态下产生的所有mRNA进行高通量测序,在获得基因表达信息的同时,推测mRNA的表达量,对基因进行注释等,从而获得全面且有意义的转录组信息。

云序优势
云序生物采用特有的去rRNA试剂盒,最大程度地保留细菌及降解样本中mRNA信息。
一站式服务:
客户只需提供菌液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析的整套服务流程。
专业的生物信息学分析:
云序生物拥有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。
样本要求
样品类型:
菌液沉淀或总RNA。其它类型样品请详询。
样品量:
a)细菌:2×107

b) 总RNA:2 μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 )
样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
数据分析
1、差异mRNA筛选与聚类
筛选(Fold Change≥ 2,  P值≤ 0.05)两组或多组样品间差异表达的mRNA倍数变化。
注:Fold Change代表差异倍数,P值代表差异显著性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

2、差异mRNA的GO和信号通路分析

进行差异基因GO功能富集分析,以推断差异基因参与的生物学功能。



3、基因富集分析(GSEA)
寻找与样品表型相关的功能基因集合(gene set,包括信号通路或其他基因集合)。



4、基因共表达网络分析
根据基因间的表达相关性,构建共表达网络,以推断未知的基因功能。



5、基因互作网络分析
确定差异基因间的相互作用关系,筛选起关键作用的核心基因及其相应的靶基因。



6、基因表达水平累积曲线
展示每个样本不同表达强度的基因数目,揭示表型对基因表达的整体影响。



案例解析
案例分析:通过mRNA测序解析处于半衰期芽孢杆菌的分子特征
原文:Global mRNA decay analysis at single nucleotide resolution reveals segmental and positional degradation patterns in a Gram-positive bacterium

期刊:Genome Biology 影响因子:13.21


本文通过原核生物mRNA测序对处于半衰期芽孢杆菌样品和正常芽孢杆菌样品的转录组进行了深入的分析。与正常细菌相比,处于半衰期的细菌有上千个基因发生了差异表达从高通量数据中筛选出差异表达最大的基因,通过低通量手段验证它们的表达量和序列,发现结果大致相同,说明高通量测序数据可用。此研究突出mRNA测序在检测细菌半衰期方面的应用。



图1. 测序分析芽孢杆菌中ATCC 10987基因操纵子区在不同时间的表达量


图2. 测序及荧光定量验证差异基因的表达量

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