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原核转录组测序
细菌sRNA测序

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技术简介
细菌小RNA(sRNA)是一类长度在50-300 nt的调控RNA, 与细菌生长,代谢,应激反应,致病性等密切相关。细菌sRNA多通过与靶mRNA配对, 在转录后水平影响目的mRNA翻译或稳定性,对基因的表达进行调节, 进而影响细胞的多种生理功能。云序生物为客户提供一站式的细菌小RNA测序服务,能够帮助客户识别新的细菌小RNA,解析细菌小RNA表达谱,预测细菌小RNA的靶基因,从而促进其功能和机制研究。
云序优势
适用的细菌种类全面:
rRNA约占细菌RNA总量的95%以上,为了有效的检测调控RNA分子,需要通过预处理去除掉rRNA。云序生物拥有市面上最全的去rRNA试剂盒,能够去除各类细菌样品中的rRNA,高效的检测小RNA分子。
特异性富集小RNA:
特异性的富集50-300 nt的小RNA片段,sRNA有效数据比例高。
链特异性检测:
很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的sRNA,常规的建库方法无法区分这些反义RNA,而云序生物采用链特异性的建库方法,可以准确检测反义sRNA。
一站式服务:
客户只需提供细菌或总RNA,云序生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
专业化的生物信息分析:
云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。
样本要求
样品类型:
菌体或总RNA。其它类型样品请详询。
样品量:
a)菌体数量:2×107
b)总RNA:2 μg (OD260/280:1.6-2.3;浓度≥500ng/μl;RNA无明显降解28S:18S≥1.5或者RIN≥7)
样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
数据分析
1、细菌sRNA的识别与注释

通过细菌sRNA高通量测序,采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定细菌sRNA,并根据数据库中来源进行注释。



2、差异细菌sRNA的筛选
筛选(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)两组或多组样品间的差异表达sRNA。
注:Fold Change代表差异程度,P值代表差异的显著性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

3、差异细菌sRNA的聚类
4、差异细菌sRNA的可视化

sRNA测序读数可以映射到参考基因组,任何感兴趣的基因可以在IGV(Integrative Genomics Viewer)。


案例分析
案例1. 鉴定新的sRNA
原文:Deep sequencing-based identification of small regulatory RNAs in Synechocystis sp. PCC 6803

期刊:PLoS One
本文通过细菌小RNA测序在细菌Synechocystis sp. PCC 6803中鉴定出5211个小RNA,并利用sRNA-PCR验证了其中的27个。通过进一步的sRNA靶基因预测发现:这些sRNA广泛参与糖酵解、三羧酸循环、脂肪酸代谢等基础代谢通路,表明sRNA调控网络在细菌代谢过程中发挥着重要的作用。

图1. sRNA的靶基因GO分析

案例2. sRNA功能研究
原文:Differential RNA-seq of Vibrio cholerae identifies the VqmR small RNA as a regulator of biofilm formation

期刊:Proc Natl Acad Sci USA 影响因子:11.56
本文通过sRNA测序检测了野生型霍乱弧菌和群体感应缺陷霍乱弧菌中的sRNA表达谱,发现了107个非编码小RNA。其中,一个被称为VqmR的sRNA位于蛋白质编码基因vqmA上游。vqmA基因编码转录因子,激活VqmR表达。进一步的细菌sRNA靶基因预测发现VqmR至少靶向8个靶基因。其中,靶基因vpsT调控菌膜形成。后续实验证实:sRNA VqmR通过抑制靶基因vpsT表达阻碍细菌菌膜形成。

图2. VqmR和靶基因vpsT的结合情况

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