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eccDNA(环状DNA)测序
血清血浆环状DNA甲基化测序技术

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环状DNA简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为eccDNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但最新的研究表明:无论是在正常体细胞还是癌细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。近日,Nature杂志上发表了颠覆性研究成果:在肿瘤中,主要的癌基因转录本是直接来自于环状DNA的,而环状DNA的染色质是高度开放的,环状DNA的癌基因能够大量表达,同时缺乏丝粒,导致不遵照孟德尔定律进行遗传,这种特性使得环状DNA是驱动肿瘤异质性的重要机制。由此可见,由于其结构和表达的特异性,环状DNA可以影响细胞生命活动,促进肿瘤细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前,环状DNA不仅仅可以作为一种新型特异的肿瘤标志物,还在肿瘤发生发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是,环状DNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来革命性影响。

技术简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA,而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
环状DNA连登《Nature》《Cell》等顶级期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知,成为了最具潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法,用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构,并在DNA片段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法,将未甲基化的胞嘧啶(C)高效地转化为尿嘧啶(U),后续进行文库构建与高通量测序,从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态,为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

血清血浆环状DNA甲基化测序
技术优势
一站式服务:
客户只需提供血清血浆,云序生物为您完成环状DNA富集,甲基化位点转化,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
一箭双雕的结果:
同时检测环状DNA及其甲基化状况,节约样品,性价比高。
专业的生物信息学分析:
专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,且能单碱基分辨甲基化修饰位点,满足客户的各类深入数据分析需求。

样本要求
样品类型:
血清血浆或其它体液样品
样品量:
血清血浆:>5 mL
样品运输及保存:
EDTA抗凝,样品干冰运输。勿用肝素管取样(绿色盖子抗凝管)。

数据分析
1.环状DNA的识别及甲基化水平
环状DNA的识别及甲基化水平

2.环状DNA的基因注释
环状DNA的基因注释

3.环状DNA长度分布图
环状DNA长度分布图

4.环状DNA甲基化水平统计
环状DNA甲基化水平统计

案例解析
案例1:孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是:呈甲基化状态以及被清除
原文:Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance
期刊:Clinical Chemistry 影响因子:8.322
近期,NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案,通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估,研究了胎儿环状DNA的体外清除效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外,和胎儿线性DNA类似,胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速清除。总之,该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术,并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况,为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。
母体和胎儿来源的环状DNA长度和甲基化分析
图1:母体和胎儿来源的环状DNA长度和甲基化分析

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