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原核转录组测序
细菌dRNA测序

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技术简介
dRNA测序是原核生物转录组解析利器,云序独家提供dRNA测序服务,采用5’单磷酸依赖的外切酶,可以特异性地降解加工过的转录本,从而使初始转录本得到富集,从而可以区分初始转录本和加工后转录本,dRNA测序 已被广泛应用到原核生物转录起始位点分析、sRNA鉴定、启动子及操纵子等研究中。


 dRNA测序流程图

云序优势
sRNA检测利器:
准确识别﹑检测新sRNA,并对其序列进行全长鉴定。
精确区分原始转录本和成熟转录本:
可精确区分初始转录本和加工后转录本。
全面的TSS分析:
提供全面﹑精确的转录起始位点分析。
可靠的启动子/操纵子注释和分析:
提供可靠,准确的启动子和操纵子鉴定﹑注释和分析。
全面覆盖:
可对几乎所有的原核生物进行转录本分析。
样品要求
样品类型:
细菌或RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量:
a)细菌:5×107
b)总RNA大于2 μg(OD260/280:1.6-2.3;浓度≥500ng/μl;RNA无明显降解28S:18S≥1.5或者RIN≥7)
样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细菌样品可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
数据分析
1、dRNA可视化图


2、TSS分类


3、操纵子转录模式


4、启动子motif分析


案例解析
案例一:dRNA测序在全基因组水平上鉴定初始转录本
原文:The primary transcriptome of Neisseria meningitidis and its interaction with the RNA chaperone Hfq

期刊:Nucleic Acids Research 影响因子:11.56
本研究通过对脑膜炎双球菌8013(N. meningitidis strain 8013.)的初始转录本进行dRNA测序。在全基因组水平上绘制了1625个TSS,大多数可编码蛋白,同时也发现少量σ70型启动子,这表明这一激活因子的存在弥补了-35共有序列缺失的影响。转录组水平也发现65个候选sRNAs,其中1/3已验证。



图1.TSS分类

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