欢迎进入上海云序生物科技有限公司官方网站!   生物在线    丁香通

服务热线 021-64878766

首页 > 科研服务 > LncRNA研究

LncRNA研究
lncRNA PCR 芯片
日期:2018年06月08日    来源:
技术简介

绝大部分LncRNA的功能和作用机制未知,很难进行后续研究。LncRNA PCR芯片聚焦于已报道过的特定信号通路或疾病相关的LncRNA,能帮助客户快速发现和解析与研究方向相关的LncRNA分子。此外,由于采用了高灵敏度的荧光定量PCR技术,云序生物LncRNA PCR芯片技术服务还具有灵敏度高,检测速度快,准确度高等优势,无需后续qPCR验证。

云序生物LncRNA PCR array种类如下:

云序优势

通路特异性:

聚焦于特定信号通路或疾病相关的LncRNA;

无需qPCR验证:

采用高灵敏度的定量PCR技术进行检测,无需后续进一步qPCR验证;

特异性好:

预验证过的PCR引物,特异性检测目标LncRNA;

灵敏度高:

样品的使用量低,每张芯片使用的总RNA最少可为25ng;

样本要求

样品类型:

细胞、新鲜组织、体液或RNA样品。其他类型样品请致电详询。

样品量:

a)细胞:5×106

b)组织:50mg

c)体液:2-3mL(全血、血清、血浆、尿液等)

d)总RNA:4μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;RNA 无明显降解 ,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾)

样品保存:

将收集的各类样品用冻存管或离心管装好,保存在低温冰箱或者液氮中。所使用的1.5ml冻存管或离心管、枪头等须高温灭菌处理,如处理 RNA 样品,还需做去 RNA 酶处理,装好样品后管口需要以封口膜封好。注意已保存的样品不要反复冻融。

样品运输:

1. 干冰运输

根据干冰量准备大小适当的泡沫盒子,在盒子里面放入干冰(需要10公斤,至少为8公斤)和标本(用塑料袋或者塑胶手套装好),盒子内的空隙用旧报纸塞满,以防干冰挥发后有液体流出。泡沫箱须选择壁较厚的,以免在运输过程中破碎导致样品丢失分别用封箱带(透明胶带)密封。最后在外面套上一个纸盒子,也要用胶带密封。

2. 液氮运输

冻存组织须干冰或液氮运输。液氮无法快递, 仅适用于市内运输。

3. 常温运输

本市内细胞样品也可以直接常温运送,运送时在培养瓶中装满培养液并以封口膜封口。

ü  样品运输注意事项

打包好的样品交给快递公司时只需说明是物品,请不要提到有干冰、冰、液体等,以免拒收。

数据分析

1. 基因表达数据列表


2. 基因表达散点图


3. 火山图


4. 基因网络分析

案例解析

案例1. 长链非编码RNA在丙肝病毒复制过程中的作用

长链非编码RNA在多种生物学进程中发挥着重要作用。在之前的研究中,利用高通量测序等技术手段,研究人员发现了很多病毒感染相关的lncRNA,然而,lncRNA和HCV复制的相关性尚未见报道。已有研究表明信号传导和转录激活因子(STAT3)被HCV激活,以此促进HCV的复制,其中具体的分子机制没有被深入研究过。本文利用人lncRNA PCR array实验,发现STAT3能够促进lnc‑IGF2‑AS, lnc‑7SK, lnc‑SChLAP1和lnc‑SRA1的表达。在这四种lncRNA中,只有lnc‑IGF2‑As和 lnc‑7SK参与HCV的复制。将lnc‑IGF2‑As和 lnc‑7SK表达水平敲低之后会抑制HCV的复制,并且HCV复制相关蛋白PI4P表达下降。总体来说,本文发现STAT3调控的两种lncRNA通过调控PIP4参与HCV的复制过程。


图1. STAT3刺激后细胞中lncRNA的差异表达

EXOFMH5/I9DGtjiH9+EHm4g+oI4b0q944OBNIdkpjVTn68rv4GlyhffzCJpI46mdDrkcvYSGkDUhEst5qpmoNCEfY3rC5w6ZTXDreTu/j4TzYLmu8nfh8FfNA5Y/ft1p