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小RNA研究
miRNA测序
日期:2018年06月08日    来源:
技术简介
microRNA是一类广泛存在于真核生物中的,长度为~22nt的单链小分子RNA。miRNA通过与靶mRNA的结合,促使mRNA降解或是阻碍其翻译,从而抑制靶基因的表达。miRNA参与细胞增殖、凋亡、分化、代谢、发育等各种生物学过程,并可以作为生物标志物或疾病调控因子发挥作用。云序生物的miRNA测序服务配合强大的生信分析实力,我们可提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。
云序优势
一站式服务:
客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析的整套服务流程。
特异性富集miRNA片段:
特异性富集和检测miRNA,miRNA有效数据比例高于其它公司提供的常规small RNA测序服务。
专业的生物信息学分析:
云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。
样本要求
样品类型:
组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量:

a) 细胞:2×107

b) 组织:100 mg

c) 体液:全血、血清、血浆2-3 ml

脑脊液:5 ml

尿液:50 ml

d) 总RNA:2μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾)

样品运输及保存: 

样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成5-10 mg的小块),可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。

数据分析

1、差异miRNA筛选与聚类筛选 

两组或多组样品间的差异表达miRNA(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)。

注:Fold Change代表差异程度,P值代表差异的显著性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整 。


2、miRNA靶基因预测

云序生物整合了TargetScan、mirBase、miRanda等权威miRNA靶基因预测软件,提供最严谨可靠的靶基因预测数据,通过软件预测miRNA的靶基因,从而推测miRNA的生物学功能。



3、miRNA靶基因网络

构建miRNA靶基因网络。



4、miRNA靶基因GO和信号通路分析

对miRNA的靶基因进行GO和信号通路分析,从而帮助推断miRNA的生物学功能。




5、miRNA-靶基因GO或靶基因通路网络分析 

利用miRNA靶基因及靶基因GO或信号通路分析,构建网络图,通过网络图可发现核心miRNA以及miRNA调控的核心基因功能


 


6、miRNA上游转录因子分析 

预测特定miRNA上游的转录因子结合位点,帮助推断该miRNA的调控机制。



7、新miRNA预测(脊椎动物) 

预测尚未被发现的新miRNA。



案例解析
案例1:通过血清中特定microRNA的表达特征预测非小细胞肺癌患者生存期长短

原文:Serum microRNA signatures identified in a genome-wide serum microRNA expression profiling predict survival of non-small-cell lung cancer

期刊:Journal Of Clinical Oncology 影响因子:26.30
作者通过microRNA高通量测序对两组生存期不同的非小细胞肺癌患者的血清样品进行检测,发现了11个差异表达的microRNA。通过实时定量PCR进一步验证,找出了4个与生存期长短相关的microRNA。通过生物信息学分析,根据这4个microRNA在训练样品组中的表达情况构建了一个预测模型。基于这个模型,只需检测血清中这4个microRNA的表达值,就可以推断出罹患非小细胞肺癌的风险,并预测生存期长短。

图1. 303个早期非小细胞肺癌患者的风险值分析

(A)风险值分布;(B)患者的生存状况和生存时间;(C)4个关键microRNA在非小细胞癌患者中的表达情况

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