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rRNA研究
ac4C rRNA测序
日期:2019年07月29日    来源:云序生物
技术简介
ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰(N4-acetylcytidine)。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上,导致Watson-Crick碱基热稳定性增加,调控蛋白合成中的编码准确性;近期研究发现ac4C分布在人类转录组中,大多数位点出现在编码序列(CDS)内,并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前,ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股”!
云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下: 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。
云序优势
一站式服务
客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA,云序生物为您完成从ac4C RNA富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
抗体富集效率高

acRIP-seq的富集效率是决定数据质量的关键,云序生物acRIP-seq实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。

分子全覆盖
可全面检测mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多类RNA分子ac4C乙酰化位点。

严格的质控
云序生物对acRIP-seq实验每一步骤均设有关键质控,全程监控实验质量,保证客户得到优质数据。
专业的生物信息学分析
云序生物拥有专业的生物信息分析团队,帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
RNA甲基化测序与转录组联合应用

可整合RNA乙酰化数据和转录组数据进行生物信息学关联分析,揭示RNA乙酰化对基因表达调控的影响,深入挖掘RNA乙酰化的功能。 

案例解析
案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化促进其翻译效率
原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency 
期刊:Cell      影响因子:36.22 
美国癌症研究所(NCI)和弗雷德里克实验室,发现下调NAT10(RNA乙酰化酶)能够抑制Hela细胞的行为;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修饰,下调NAT10后,ac4C的总体水平下降;为了进一步探究ac4C的功能,作者对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA测序,发现ac4C 的peak主要富集在mRNA的CDS区,同时下调NAT10能够降低ac4C在mRNA中的定点表达,并与靶mRNA的下调有很大关系;作者又进一步发现ac4C乙酰化修饰能够通过延长mRNA的半衰期并促进mRNA的稳定性,同时也能够通过ac4C peak中的密码子偏好性表达,决定并影响mRNA的解码效率,促进底物翻译。这些发现不仅扩大了mRNA修饰范围(包括乙酰化残基),也确立了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。

图注:ac4C的结构及Ac4C peak在mRNA中的特征分布情况



图注:ac4C延长mRNA的半衰期,提高其稳定性



图注:ac4C促进mRNA的翻译效率

样品要求
样品类型
细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。
样品量
a)细胞:≥2×107
b)组织:100mg - 1g
c)  RNA:30μg - 300μg 
d) 超微量满足500ng - 30μg

样品运输与保存
样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
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