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rRNA研究
rRNA 2’-O-甲基化测序
日期:2019年07月15日    来源:云序生物
技术简介
2’-O-RNA甲基化是一种受RNA甲基化酶或纤维蛋白酶作用下,核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。在哺乳动物、酵母、植物、病毒等物种中普遍存在。已有研究表明,2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。从结构上,2’-O-RNA甲基化通过提高核苷酸的疏水性,从而增强其稳定性。已有研究表明,2’-O-RNA甲基化影响mRNA与蛋白的结合、调控rRNA翻译效率、参与tRNA识别等生物过程。近年来,2’-O-RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化,高分文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。
云序生物2’-O-RNA甲基化测序服务(NM-seq),可对2’-O-RNA修饰进行高通量检测和单碱基定位。此外,云序生物针对2’-O-RNA甲基化开发了多款产品,可实现对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化修饰水平的全面检测。

云序优势 
单碱基分辨
可对2’-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。
高通量检测
可对全转录组范围内的2’-O-RNA位点进行高通量地平行检测。
全分子覆盖
可全面地对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化位点进行检测。
一站式服务
客户仅需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。
专业的生物信息学分析
专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。

案件分析
案例1:人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱
原文:Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 
期刊:Nature Methods 影响因子:26.9
美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段,检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比,2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区,其中近一半在剪接位点附近,相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性,并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是,2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说,该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。
     
图1. 人类Hela细胞mRNA分子上2’-O-RNA甲基化位点的特征

案例2:2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病毒逃避宿主细胞免疫识别机制
原文:FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing
期刊:Nature  影响因子:41.6
外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合,形成复合物,因此推测,FTSJ3是一种2'-O-甲基化转移酶。接着,体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段,证实在HIV病毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2'-O-甲基化修饰。综上,该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病毒RNA发生2'-O-甲基化从而解释了HIV病毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。
       
图2. TRBP蛋白在不依赖于DICER酶情况下与FTSJ3结合;HIV病毒RNA上存在多处2’-O-RNA甲基化位点

样本要求
样品类型 
细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 
样品量
a) 细胞:1×10
b) 组织:500 mg - 5g
c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA无明显降解) 

样品运输及保存
样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 
样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。


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