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小RNA研究
miRNA PCR芯片
日期:2019年01月23日    来源:云序生物
技术简介

miRNA PCR芯片专注于血清血浆miRNA或与特定疾病相关的miRNA,采用表达分析的“金标准”—实时定量PCR技术对miRNA表达水平进行检测,具有针对性强,灵敏度高,检测速度快,准确度高等优势,无需后续低通量的qPCR验证,帮助客户快速寻找特定疾病的miRNA分子标志物或解析miRNA功能。云序生物能为您提供一站式的miRNA PCR芯片技术服务,您只需提供保存完好的RNA,组织或细胞样品,我们就可为您完成所有实验操作和数据分析。

云序优势

样品类型或疾病特异性:

聚焦于血清血浆miRNA或疾病相关的miRNA。

重复性好:

采用成熟、稳定的实时定量PCR技术进行检测,技术重复性好 (R2>0.99)。

高特异性:

精心优化的PCR体系,避免了非特异性扩增现象。

线性动态范围广:

线性范围高达106,可同时检测表达水平差异大的miRNA。

样本要求

样品类型:

细胞、新鲜组织、体液或RNA样品。其他类型样品请致电详询。

样品量:

a)细胞:5×106

b)组织:50 mg

c)体液:2-3 ml(全血、血清、血浆、尿液等)

d)总RNA:4μg(OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;RNA 无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾)。

样品保存:

将收集的各类样品用冻存管或离心管装好,保存在低温冰箱或者液氮中。

所使用的1.5mL冻存管或离心管、枪头等须高温灭菌处理, 如处理 RNA 样品,还需做去 RNA 酶处理,装好样品后管口需要以封口膜封好。

注意已保存的样品不要反复冻融。

样品运输:

1. 干冰运输

根据干冰量准备大小适当的泡沫盒子,在盒子里面放入干冰(需要10公斤,至少为8公斤)和标本(用塑料袋或者塑胶手套装好),盒子内的空隙用旧报纸塞满,以防干冰挥发后有液体流出。泡沫箱须选择壁较厚的,以免在运输过程中破碎导致样品丢失分别用封箱带(透明胶带)密封。最后在外面套上一个纸盒子,也要用胶带密封。

2. 液氮运输

冻存组织须干冰或液氮运输。液氮无法快递, 仅适用于市内运输。

3. 常温运输

本市内细胞样品也可以直接常温运送,运送时在培养瓶中装满培养液并以封口膜封口。

4. 样品运输注意事项

打包好的样品交给快递公司时只需说明是物品,请不要提到有干冰、冰、液体等,以免拒收。快递寄出后,请将快递单号告知销售,以便云序跟踪快递进程。

数据分析

1、基因表达数据列表


2、基因表达散点图

3、火山图

4、基因网络分析

      

案例解析

案例1. miR-15b-5p靶基因OIP5通过AKT/mTORC1和β-catenin通路调控肝癌细胞增殖和转移

在人多种癌细胞中,OIP5表达上调,但是其在肝癌中具体的生物学功能尚未见报道。本文中研究人员利用修饰蛋白质组学分析OIP5下游信号通路,同时利用miRNA PCR array实验筛选调控OIP5的miRNA。实验发现,OIP5在前期肝癌细胞中大量表达,将OIP5表达水平敲低之后,肝癌细胞的增殖和转移有明显的降低。另外,OIP5通过AKT/mTORC1和β-catenin来调控细胞的增殖,而miR-15b-5p可以抑制这种作用。本文发现了miR-15b-5p可以通过抑制OIP5的作用来调控肝癌细胞的增殖和转移。


图1. miR-15b-5p靶基因OIP5通过AKT/mTORC1和β-catenin信号通路发挥作用


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