欢迎进入上海云序生物科技有限公司官方网站!   生物在线    丁香通

服务热线 021-64878766

首页 > 新闻动态 > 行业新闻

环状RNA与多形性胶质母细胞瘤的预后相关
日期:2017年08月31日    来源:云序生物

题目: Differential Expression of Circular RNAs in Glioblastoma Multiforme and Its Correlationwith Prognosis

杂志:Translational Oncology       IF3.025

摘要:在众人“谈瘤色变”的今天,大家不禁要问,胶质瘤是什么呢?神经胶质瘤简称胶质瘤,是发生于神经外胚层的肿瘤,目前临床上IV型神经胶质瘤是恶性程度较高的脑部肿瘤,至今无法治愈,且诊断十分困难。虽然胶质瘤很恐怖,好在众多生命科学工作者们从未放弃,不断钻研,让我们不断看到战胜胶质瘤的希望。

今年四月份,临床类杂志《Translational Oncology》刊登了上海第二军医大学人体胶质瘤环状RNA(circRNA)表达谱文章(云序生物提供全套环状RNA高通量测序服务),揭示了疾病发生过程中环状RNA的动态变化。环状RNA是近年来发现的一类全新RNA分子,它特殊的环状结构使科学家们对其趋之若鹜、竞相展开研究。下面就让小编带大家看看明星RNA分子在胶质瘤中发挥着怎样的作用。

技术路线

文章选取5例正常脑组织样品以及5例胶质瘤患者脑组织样品,通过高通量测序手段找到其中差异表达的环状RNAs。后续通过qPCR手段验证了这些环状RNAs的表达量。结合高通量数据分析手段,进行了差异环状RNA来源基因的GO分析,Pathway分析以及CNC互作分析。作者特异性找到circBRAF,发现其不只在疾病、非疾病组织中差异表达,在不同胶质瘤病程患者组织中也呈现出差异表达的趋势。

1.高通量测序解密胶质瘤相关的环状RNAs

作者对5例正常脑组织以及5例胶质瘤患者脑组织进行circRNA高通量测序,共发现1411个差异表达的环状RNA (fold change≥2,p-value<0.05,FDR<0.05)。聚类热图显示样品生物学重复情况良好。火山图标注了206个差异上调的环状RNA以及1205个差异下调的环状RNA。点状图揭示了样品疾病组、非疾病组分组情况良好。

图注:差异环状RNA表达

2.环状RNA定量PCR验证

作者通过环状RNA测序在5例正常脑组织以及5例胶质瘤患者脑组织中找到大量差异表达的环状RNA,后续作者选取了其中倍数变化大、表达倍数高的12个差异环状RNA进行了低通量的qPCR进行表达量验证。

图注:差异环状RNA qPCR验证

3.生物信息学预测环状RNA功能

作者得到差异环状RNA大数据后,分别对上调及下调的基因进行了GO分析,Pathway分析,胶质瘤样品中差异表达环状RNAs功能富集于蛋白质结合,转运酶活性以及蛋白质修饰等功能;其下调基因信号通路主要聚集于ErbB及Neurotrophin信号通路。作者通过cirRNA-miRNA相互作用网络的构建,指出了环状RNA可能发挥海绵机制的靶miRNA分子。


图注:差异环状RNA GO分析、Pathway分析及与miRNA互作分析

4.circBRAF序列验证及生物标志物分析

与线性RNA相比,环状RNA分子是通过一种特殊的反式剪切方式形成的,因此该位点序列可以作为环状RNAs的身份证明。作者选取胶质瘤样品中表达量明显下降的circBRAF,通过Sanger一代测序,验证了其特异性反式剪切位点的存在。之后检测了不同病程胶质瘤样本中circBRAF的表达量,发现其表达量与疾病严重程度成反比,疾病越重,表达量越低。通过KM曲线绘制,证明circBRAF可以作为分子标志物指示胶质瘤的严重程度。


图注:circBRAF分子标志物分析


参考文献:

Circular RNA expression alteration in exosomes from the brain extracellular space after traumatic brain injury in mice

云序相关推荐:

全转录组测序

环状RNA测序

RIP 环状RNA测序

m6A 环状RNA甲基化测序

m5c 环状RNA甲基化测序


上海云序生物科技有限公司

Shanghai Cloud-seq Biotech Co.,Ltd

地址:上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼

电话:021-64878766             

网站:www.cloud-seq.com.cn

邮箱:market@cloud-seq.com.cn

+zFk69PKWgrb/mBhinWy2og+oI4b0q944OBNIdkpjVRWPkBwznGp84FaRie+1ZcAJHyDicb4f5esbC8EfN5zApW7lchXs53FDG3naElOOQhnGd0A8++mwv612/XkxIZD