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云序客户|华南农业大学余义勋课题组揭示植物RNA m1A修饰调控机制
日期:2020年06月02日    来源:
导读
RNA甲基化修饰在调控生物生长发育的过程中起重要作用,m6A和m5C在植物体内的产生机制和生物学功能已有较多研究论文发表,然而RNA m1A(N1-甲基腺嘌呤)修饰在植物中的研究还非常少
近日,Plant Physiology 在线发表了华南农业大学余义勋课题组题为“The N1-methyladenosine methylome of petunia messenger RNA” 的研究论文。研究结果显示RNA m1A修饰在植物生长发育中起着重要作用。
矮牵牛RNA m1A修饰促进生长发育
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发表期刊:Plant Physiology
影响因子:6.305
发表时间:2020.05.27
实验方法:  m1A-seq, RNA-seq(云序提供)
此研究由云序生物合作客户华南农业大学余义勋课题组完成的,该课题组利用m1A-seq & RNA-seq(本实验云序提供)技术对矮牵牛花瓣中含m1A修饰的RNA进行全转录组分析,发现乙烯处理降低了花瓣mRNA m1A峰的水平。另外还发现矮牵牛tRNA特异性甲基转移酶61A (PhTRMT61A)的沉默降低了体内和体外mRNA的m1A水平,定位于细胞核内的PhTRMT61A被抑制会导致叶片发育异常。这些研究结果显示RNA m1A修饰可以作为表观转录组调控机制并在植物生长发育中起着重要作用。
矮牵牛m1A峰的motif序列和结构特征
矮牵牛m1A峰的motif序列和结构特征
 云序生物热门RNA修饰—m5C甲基化
1、NSUN2转移酶调控HEK293细胞mRNA m5C修饰
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发表期刊:Epigenomics
影响因子:4.404
发表日期:2019.02.01
实验方法:m5C-SeqRNA-seq(云序提供)
云序客户扬州大学单位在Epigenomics 杂志利用CRISP/Cas9技术构建NSUN2-/-HEK293细胞系,并利用m5C-SeqRNA-seq(本实验云序提供)检测mRNA中m5C的修饰水平和基因表达水平。该研究一共检测到1185个修饰和790个表达发生改变的基因。进一步生信分析揭示:发生m5C甲基化修饰能够调节基因表达,并且这些差异表达基因能够显著富集到与细胞增殖相关的信号通路上。同时作者还发现,下调NSUN2能够显著抑制HEK293细胞的增殖和迁移,其中GRB2和CD44可能是NSUN2调节细胞增殖的关键调节因子。该研究阐述了NSUN2调控HEK293细胞增殖和迁移等生物学功能的分子机制,并揭示了m5C甲基化转移酶NSUN2对RNA修饰和表达的调控机理。
NSUN2对mRNA的表达水平的影响
NSUN2对mRNA的表达水平的影响
云序生物热门RNA修饰—m6A甲基化
1. m6A 甲基化参与非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的发生发展
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发表期刊:Hepatology
影响因子:14.971
发表日期:2020.03.09
验方法:m6A-seqRNA-seqMeRIP-PCRRIP等(云序提供)
Hepatology杂志(IF=14.971)于2020年3月9日在线发表一重要发现:RNA甲基化参与非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的发生发展。该论文的第一作者为复旦大学附属中山医院内分泌科周冰博士,主要研究内容由周冰博士在中山医院内分泌团队及华东师范大学马欣然组的共同指导下完成。在本研究中,作者发现m6A RNA修饰在肥胖相关NAFLD进展中的作用,通过m6A-seqRNA-seq(本实验云序提供),发现在瘦素受体缺陷型小鼠的肝脏组织中,甘油三酯合成相关基因的m6A修饰和mRNA表达均明显增加, 而m6A阅读器蛋白YTHDC2的表达明显下调。抑制正常小鼠肝脏中YTHDC2表达后,导致甘油三酯(TG)的沉积;而在肥胖小鼠肝脏中过表达YTHDC2基因后,则改善了肝脏甘油三酯沉积和胰岛素抵抗。因此,本研究表明以m6A为代表的RNA新型修饰,在NAFLD相关肝脏疾病中发挥重要作用,从而为这类疾病的研究提供了新的方向。
m6A - seq和RNA- seq联合分析锁定靶分子
m6A - seq和RNA- seq联合分析锁定靶分子
2. m6A甲基转移酶METTL3的泛素化调节其功能
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发表期刊:Nucleic Acids Research
影响因子:11.147
发表日期:2018.06.01
实验方法: m6A-seqRNA-seqMeRIP-PCRRIP等(云序提供)  
上海交通大学医学院余健秀组在著名期刊《核酸研究》发表了m6A修饰酶蛋白催化修饰相关研究,首次揭示SUMO(泛素化)化修饰调控m6A RNA甲基化酶METTL3 及其催化功能的一种全新分子机制。此次余健秀课题组鉴定了METTL3的SUMO化修饰及其调控功能。他们发现,在细胞中敲低SUMO特异性蛋白酶SENP1可明显降低细胞内RNA的m6A修饰水平。这一修饰并未影响该蛋白的稳定性及其在细胞中的定位,也未改变该蛋白和METTL14及WTAP之间的相互作用。通过体内及体外实验,他们发现METTL3的SUMO化修饰可显著抑制其m6A甲基化转移酶的活性、促进特异癌细胞的克隆形成及肿瘤生成。稳定敲除METTL3后,结合m6A-seqRNA-seq(本实验云序提供),m6A RNA甲基化修饰图谱及下游mRNA表达图谱均发生显著改变。这项研究表明m6A RNA甲基化修饰催化酶存在蛋白质修饰,这也为RNA修饰调控机制探讨提供更多的方向。
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METTL3 SUMO化对mRNA m6A修饰水平和表达水平的影响
3. m6A调控胃癌细胞EMT过程
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发表期刊:Molecular Cancer
影响因子:10.679
发表日期:  2019.10.13
实验方法:m6A-seqRNA-seqMeRIP-qPCRCo-IP(云序提供) 
上海交大附属仁济医院胃肠外科赵刚课题组在Molecular Cancer杂志(影响因子=10.679)发表胃癌细胞的上皮细胞间充质转化(EMT)过程揭示RNA m6A修饰的调控意义。同样本文利用m6A-seqRNA-seq(本实验云序提供)技术检测到METTL3敲低后发生差异甲基化和差异表达的基因,并通过联合分析850个甲基化水平下调的甲基化基因和798个下调的靶基因确定ZMYM1作为下游靶标,靶分子上两个甲基化修饰位点都存在于终止密码子附近,并通过MeRIP-qPCR(云序可提供此服务证实了靶分子ZMYM1存在m6A甲基化位点。研究还发现METTL3对ZMYM1的影响是通过m6A修饰从而结合HuR蛋白来进行的,而且免疫共沉淀Co-IP实验(云序可提供此服务)证实了ZYMY1与CtBP/LSD1/CoREST复合物结合的存在形式,而这种复合物的存在可以有效的靶向抑制E-cadherin的转录。直接对ZMYM1的过表达或者敲除实验也证明ZMYM1能够改变胃癌细胞的迁移与侵袭行为,这些结果显示METTL3正是通过调控m6A影响HuR蛋白结合的方式来改变METTL3的表达量,进而促进胃癌细胞的EMT过程。
差异甲基化和差异表达RNA的联合分析
差异甲基化和差异表达RNA的联合分析
4. m6A修饰促进肝母细胞癌的发生发展
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发表期刊:Molecular Cancer
影响因子:10.679
发表日期:2019.12.23
实验方法:m6A-seqmRNA-seqMeRIP-PCR整体m6A修饰水平等(云序提供)
云序客户上海市第十人民医院&上海儿童医学中心关于m6A在肝母细胞癌中的分子机制研究发表在Molecular Cancer杂志(影响因子=10.679)上,在本研究中作者通过对肝母细胞癌(HB)组织和癌旁组织进行m6A-seqRNA-seq(本实验云序提供,发现m6A主要富集在终止密码子和CDS区,且锁定发生m6A修饰的靶分子mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路,该信号通路中CTNNB1的m6A丰度是最显著的,而且MeRIP-PCR(云序可提供此项服务)结果显示,下调METTL3后m6A修饰水平降低会导致CTNNB1表达和稳定性下降。本篇文章表明 mRNA发生m6A修饰是HB的一种致癌机制,并鉴定CTNNB1是HB中METTL3介导的m6A修饰的靶点基因,为HB的诊断治疗提供了新的方法。
m6A调控CTNNB1的活化
m6A调控CTNNB1的活化

5. m6A修饰调控新生小鼠β细胞的成熟

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发表期刊:Diabetes
影响因子:7.2
发表日期:2020.05.13

实验方法:m6A-seqmRNA-seqMeRIP-PCR整体m6A修饰水平等(云序提供)

近期Diabetes杂志(IF=7.2)发表了m6A修饰调控新生小鼠β细胞的成熟机制相关研究,该成果是由云序客户上海市瑞金医院内分泌科团队完成的,本实验通过构建小鼠内分泌祖细胞RNA甲基化转移酶Mettl3/14敲除(Mettl3/Mettl14 nKO)导致高血糖和低胰岛素血症模型小鼠。实验表明Mettl3/14有调节新生小鼠β细胞的成熟和增殖的功能,进一步通过m6A-seqmRNA-seq(本实验云序提供)分析证实了m6A依赖调节新生小鼠β细胞的识别,胰岛素的分泌和扩散的机制;实验表明Mettl3/14不影响β细胞的分化,但是通过调节转录因子MafA的表达从而调控mRNA的稳定性和m6A修饰水平,进而调控β细胞功能的成熟。而且在糖尿病db/db小鼠和2型糖尿病患者β细胞中都观察到Mettl3/14表达明显下调,这些研究结果表明Mettl3/14促进了新生小鼠β细胞发展和功能的成熟,从而调控成人体重和血糖水平,为血糖相关疾病治疗提供了新的治疗靶点和理论基础。

m6A-seq& mRNA-seq联合分析
m6A-seq& mRNA-seq联合分析
总结:
通过上面云序客户关于RNA修饰研究成果的展示,相信这份答卷已经很好的诠释了何谓“您身边的RNA修饰测序专家”,云序从m1A,m5C,到m6A RNA修饰,我们都有着高质量的成果产出,云序特色就是为您打造多种RNA修饰全覆盖,多种分子全覆盖一站式服务平台,从此让RNA修饰研究不再是难题,轻松高效完成RNA修饰谱学研究和机制探讨。云序生物一直走在表观转录组最前沿,多种RNA修饰研究探讨迅速成为当下研究热点,相信m7G,还有ac4C乙酰化和2'-O-甲基化等研究也会成为接下来的焦点。我们为您准备了云序生物RNA修饰研究的重磅利器。
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云序生物RNA修饰特色
    云序生物作为国内最早做m6A的科研平台,至今用户已发表15+篇m6A相关文章,其中多篇影响因子超过10分,成为国内m6A测序最专业的服务平台。云序生物RNA修饰高通量测序产品覆盖面广,包括编码mRNA和非编码lncRNA,circRNA,microRNA等分子。云序生物既提供针对单个分子的m6A测序,也提供一次检测多种RNA分子m6A修饰的全转录组测序,此外公司长期致力于提供优质前沿表观研究测序产品,结合最新科研热点继m6A、m5C、m1A之后,隆重推出多款RNA新修饰,不仅有m7G测序,还包括m3C测序、ac4C乙酰化测序和2'-O-甲基化测序,打造了全修饰和全分子覆盖的研究平台。如今云序用户m6A,m5C、m1A文章接连发表,期待云序用户其他RNA修饰研究的发表! 
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云序生物国内独家提供RNA修饰测序一站式服务
云序生物提供比色法检测整体m6A修饰水平RNA修饰测序MeRIP-qPCR验证RIPRNA pull-down机制等研究服务。2016年至今,检测样本数量累积超过5000+,MeRIP富集成功率高达98%以上。为解决客户样本量少的问题,云序早已经推出超微量MeRIP测序技术,500ng总RNA即可完成测序。特殊样本如血清,血浆,外泌体和石蜡等也可进行RNA修饰测序。 
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云序生物RNA修饰测序文章列表
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