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全转录组测序一箭三雕怎么玩?
日期:2019年12月26日    来源:云序生物

全转录组测序“一站式”服务一直以来是云序生物的热点产品,2015年云序生物就提出了全转录组测序服务,成为国内早期的拥有全转录组测序服务的公司,严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项转录组研究文章,受到了广大客户的一致好评。迄今为止,云序已经积累了超过10000例的全转录组测序的经验,样本覆盖20多个物种以及50多种疾病,“云序制造”越来越多的出现在科研论文当中。

云序生物全转录组测序特色在于一次测序可以同时涵盖对circRNA,lncRNA,mRNA的检测,一次测序三套RNA数据,性价比相当高,在之前的公众号上面我们多次跟大家分享过云序的客户仅仅利用一次全转录组数据,发表了多篇5分左右的表达谱文章,做到真正的一箭多雕。今天,小编汇总了近期一些云序客户的文章,仅仅利用了全转录组测序,快速发表的表达谱类的文章汇总,其中案例2和案例3就是利用同一套全转录组数据发表了2篇表达谱文章的典范,接下来就让小编带着大家一起来解读这几篇19年新的转录组表达谱文章。
1. 文章主题:环状RNA通过靶向miRNA调控的信号传导促进结直肠癌的转移

发表期刊:Journal of pathology

影响因子:5.942

发表时间:201906

实验方法:全转录组测序

实验样本:结直肠癌组织

肝转移是结直肠癌(CRC)患者的主要死亡原因。作者使用全转录组测序在CRC肝转移的小鼠模型中搜索CRC转移相关的环状RNA。确定了一种新颖的环状RNA--circ-NSD2,能够启动CRC转移。Circ-NSD2表达在CRC组织中升高,并在CRC患者的晚期或转移性肿瘤中明显增加。敲除和过表实验证明,circ-NSD2在体外和体内均可促进CRC的迁移和转移。从机制上讲,circ-NSD2充当了抑癌基因miR-199b-5p的海绵,并激活了与CRC转移相关的基因DDR1和JAG1。综上所述,我们的发现了一种新型致癌环状RNA--circ-NSD2,并揭示了circ-NSD2 / miR-199b-5p / DDR1 / JAG1轴在CRC转移中的关键机制,可作为CRC患者抗转移治疗的预后因素和治疗目标。


图1. circ-NSD2 / miR-199b-5p / DDR1 / JAG1轴在结直肠癌转移中的作用模式图

2. 文章主题:电离辐射后293T细胞中lncRNA和mRNA表达变化

发表期刊:International Journal of Molecular Sciences

影响因子:4.183

发表时间:20190618

实验方法:全转录组测序

实验样本:293T细胞

电离辐射引起的组织和细胞损伤通常具有很高的遗传毒性。快速修复DNA损伤对于维持基因组稳定性和正常细胞健康至关重要。据报道,lncRNA在细胞的许多生理和病理过程中起着重要作用。该旨在分析lncRNA在辐射诱导的DNA损伤中的潜在作用。作者使用全转录组测序技术检查了293T细胞辐射前后的lncRNA和mRNA的表达谱。所有样品中共检测到18,990个lncRNA和16,080个mRNA。照射后24h,照射组与对照组差异表达49个lncRNA和323个mRNA。使用qPCR验证了六个lncRNA的表达变化。GO和KEGG分析表明,预测的基因主要参与组蛋白的mRNA代谢过程和Wnt信号通路。这项研究可能为lncRNAs辐射诱导的DNA损伤的研究提供新的见解。

图2. 辐射后lncRNA和mRNA的表达谱变化

3. 文章主题:电离辐射后293T细胞中circRNA表达谱

发表期刊:Dose-Response

影响因子:2.451

发表时间:20190422

实验方法:全转录组测序

实验样本:293T细胞

放射疗法是常见的癌症疗法之一。重要的是要了解细胞如何响应电离辐射(IR)以提高治疗效果。近期发现环状RNA可调节多种细胞过程。然而,在红外照射细胞后对环状的鉴定和表达模式研究很少。作者利用上面的全转录组测序数据,分析辐射前后环状RNA的表达情况。总共鉴定了5592个circRNA,发现了1038个新的circRNA。其中158个circRNA在IR暴露后具有明显的差异表达。包括61个上调的circRNA和97个下调的circRNA。GO和KEGG以及circRNA-microRNA Messenger RNA网络分析,我们发现差异表达的circRNA可能参与了氧化磷酸化、上皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂耐药性的信号通路和雷帕霉素(mTOR)信号转导。 

图2. 辐射后lncRNA和mRNA的表达谱变化

4. 文章主题:环状RNA在颞下颌骨关节炎滑膜组织中的表达谱

发表期刊:Nature structural & molecular biology

影响因子:3.266

发表时间:20190930

实验方法:全转录组测序

实验样本:颞下颌关节滑膜组织

环状RNA作为骨关节炎发生和发展的重要参与者,近年来已逐渐受到关注。然而,它们在颞下颌关节骨关节炎(TMJOA)中的作用目前尚不清楚。作者通过全转录组测序分析circRNA在TMJ滑膜组织中的表达,,共鉴定了58个差异表达的circRNA,并挑选了4个进行体外实验鉴定。并且发现高度上调的hsa_circ_0000448通过ceRNA机制靶向相关microRNA参与TNF-α信号通路,促进滑膜的TNF-α分泌。该研究证明TMJ滑膜组织中的circRNA参与了TMJOA的发展,可能成为潜在的治疗靶点。

图3. 差异下调的环状参与的GO和KEGG通路

5. 文章主题:环状RNA靶向miRNA抑制人脂肪干细胞的成骨分化

发表期刊:Nature structural & molecular biology

影响因子:3.266

发表时间:20190830

实验方法:全转录组测序

实验样本:人类脂肪干细胞

环状RNA是具有特殊环状结构的新型内源非编码RNA,已发现在组织和疾病的各种发展中起关键作用。但是,很少有研究集中于circRNA在人类脂肪干细胞(hASCs)成骨中的功能和机制。作者利用全转录组测序研究成骨分化过程中hASCs的表达情况。发现有150个上调的circRNA和60个下调的circRNA差异表达。其中,在hASCs成骨过程中,circPOMT1和circMCM3AP的表达下调。,已知hsa-miR-6881-3p可以促进hASC的成骨分化,而circPOMT1和circMCM3AP的表达与之负相关。Bmads信号通路的关键抑制剂Smad6和Chordin被预测为hsa-miR-6881-3p的靶标。因此,circPOMT1和circ MCM3AP可能通过BMPs信号通路靶向hsa-miR-6881-3p,从而影响hASC的成骨分化。因此,CircPOMT1和circMCM3AP可能是修复骨缺损的潜在新靶标。


图4. 差异表达环状的ceRNA网络图

6. 文章主题:白内障中上调的环状RNA具有miR-204-5p海绵功能

发表期刊:Gene

影响因子:2.5

发表时间:20190528

实验方法:全转录组测序

实验样本:白内障角膜组织

环状RNA是一类新发现的内源性RNA,通过海绵化microRNA(miRNA)参与了各种疾病的病理过程,但是circRNA在糖尿病性白内障(DC)中的作用尚不清楚。作者以前的研究表明与正常对照相比,miR-204-5p在DC中的表达量更低,但是否与circRNA的海绵功能相关尚不清楚。这项研究旨在鉴定DC组织中差异表达的circRNA,并研究circRNA与miR-204-5p在白内障发展中的相互作用。作者通过对DC晶状体组织和透明晶状体组织进行全转录组测序,发现与正常对照组相比,DC组中有1063个circRNA表达差异明显(p≤0.05,倍数变化≥2.0)。通过GO和KEGG分析来预测这些差异表达的circRNA的功能,并注释了前十个富集的GO条目和KEGG途径。通过qRT-PCR验证了与miR-204-5p相互作用的两个候选circRNA的表达水平,表明这些circRNA的变化方向与RNA测序数据一致。此外,与正常组织相比,circKMT2E在DC晶状体组织中被上调了两倍以上,表现出与miR-204-5p相反的表达趋势。生物信息学分析表明,hsa-miR-204-5p上共有circKMT2E的四个种子序列。因此,我们推测circKMT2E可能充当miR-204-5p的海绵分子,并在DC的发病机制中起作用,这可以为DC的非手术治疗提供新的靶点。


图6. 筛选miR-204-5p结合的circRNA,并通过qRT-PCR验证circRNA的表达

7. 文章主题:电针对糖尿病小鼠血浆外泌体中环状表达的影响

发表期刊:Dose-Response

影响因子:1.98

发表时间:20190924

实验方法:外泌体全转录组测序

实验样本:糖尿病小鼠血浆外泌体

电针(EA)是一种有效的糖尿病治疗策略,circRNA参与糖尿病的发病机制。然而,目前尚不清楚EA对糖尿病的作用机制是否与circRNA的改变有关。这项研究的目的是揭示EA对2型糖尿病(T2DM)小鼠血浆外泌体中circRNA表达的影响以及潜在的信号传导途径。EA处理降低了空腹血糖含量,保留了胰岛结构,并降低了T2DM小鼠的胰岛β细胞凋亡率。作者通过血浆外泌体全转录组测序,发现EA处理后,有165个差异表达的circRNA。GO和KEGG分析显示,EA处理能促进甲状腺激素信号。circRNA / miRNA相互作用分析显示mmu-mir-7092-3p与circINPP4B密切相关,表明磷脂酰肌醇信号通路可能受EA影响。qPCR证实12个circRNA具有显着差异。这些发现表明,EA干预可能可以通过调节甲状腺激素和磷脂酰肌醇信号传导来明显保护胰岛功能并改善T2DM中的空腹血糖含量水平。


图7. circRNA-miRNA互作网络图

总结:

云序全转录组测序“一站式”服务,从筛选全转录组测序到验证qPCR再到机制研究RIPRNA pull-down以及上游表观调控m6A甲基化m5C甲基化m1A甲基化m7G甲基化ac4c乙酰化测序2’-O-RNA甲基化测序,为您全方位的覆盖差异RNA上下游分子机制验证的重要研究环节。除了组织和细胞的转录组测序之外,我们还提供体液外泌体转录组测序。回首过去,从表观遗传学到表观转录组学,从基因组到蛋白质组,从细胞内到外泌体,云序生物依托于高通量测序技术为越来越多的临床与基础生物研究者提供了高质量的科研服务。在我们的共同努力下,相信云序客户会发表更多的高分文章。


云序全转录组测序“一站式”服务

云序全生物转录组测序技术服务:

云序生物具有成熟的RNA-seq实验平台以及丰富的转录组测序经验,产品线丰富,可以满足客户对不同样本、不同类型RNA测序的各类要求。


RNA-seq测序流程图

云序优势:

适用于降解样品

全分子覆盖 (circRNA/lncRNA/mRNA)

全物种覆盖(动物、植物全覆盖)

“一站式”服务(筛选、验证、机制)

云序生物转录组下游机制研究技术服务:


RNA-seq测序流程图

RIP测序这种技术运用目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。

作用:寻找与目标蛋白结合的RNA


RNA pull-down流程图

RNA pull-down利用生物素标记的RNA探针,与细胞提取液孵育,形成复合物,通过磁珠把目的RNA拉下来,检测与之结合的RNA或蛋白质。
作用:寻找与目标RNA结合的RNA或蛋白
云序生物转录组上游甲基化研究技术服务:

甲基化测序:利用多种方式,研究各类分子上甲基化修饰,寻找甲基化调控的分子,探究其在疾病和生物发生和发展中的调控作用。

作用:探究RNA分子的上游甲基化调控

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