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做了环状RNA,还愁5分文章不好发?丨云序客户环状RNA成果揭秘
日期:2019年07月04日    来源:云序生物
桥本甲状腺炎是一种甲状腺组织免疫能力受损而引起的自身免疫疾病。已有多篇研究发现,环状RNA在自身免疫性疾病中发挥重要作用,但目前还没有关于环状RNA参与甲状腺炎的文章报道。
在本研究中,作者通过云序生物全转录组测序技术,以5名桥本甲状腺炎患者和5名健康人的外周血单核细胞为样品,快速筛选到多个在患病组中高表达的环状RNA。其中,hsa_circ_0089172与临床应用关系密切并与传统分子标志物的表达水平正相关。同时,还筛选到一个与miR-125a-3p结合并能够负调控其表达量的环状RNA。总的来说,本文通过高通量测序手段,成功找到一个有可能作为桥本甲状腺炎的潜在诊断标志物和一个可能通过海绵机制吸附miRNA发挥重要关键作用的环状RNA。


论文标题:桥本甲状腺炎环状RNA表达谱和hsa_circ_0089172可能通过吸附miR125a-3p参与海绵机制
发表期刊:Mol Ther Nucleic Acids
影响因子:5.92
技术手段:云序生物全转录组测序
实验样本:桥本甲状腺炎和正常人外周血单核细胞

实验结果
1.云序生物全转录组高通量测序快速协助客户找到组间差异环状RNA
在桥本甲状腺炎和正常组间,作者在环状RNA测序结果中,将阈值定在变化倍数≥2,p值≤0.05,检测到627个差异表达环状RNA,上调的有370条,下调的有257条;有189条环状从未被报道过。对环状RNA基因组来源进行分析,发现环状RNA可分为5类,其中外显子区产生的环状RNA占大多数。

2.预测与差异表达环状RNA结合的miRNA
已有研究表明,环状RNA可通过吸附miRNA调节基因功能。因此,本研究预测了差异表达环状可能结合的miRNA,一共459,846个。在本文中,展示了15条感兴趣环状RNA(圆圈)和有可能结合的前5个miRNA(小三角)。

3.差异表达环状RNA功能预测
通过在疾病组差异上调环状RNA来源基因进行功能预测,在分子生物学(MF)方面具备核质转运体活性,pre-mRNA 结合和FAD结合等功能;在生物学过程(BP)方面具备调控RNA出核,高尔基体内吞转运和负调控DNA复制过程;在细胞组分(CC)方面具备树突细胞质等潜在功能。主要参与的信号通路包括MAPK,HIF-1和趋化因子,三者共同调控NF-kB通路。

4.环状RNA表达量验证
在30个桥本甲状腺炎和30个健康组外周血单核细胞为样本,选取了在实验组中差异上调的6个环状RNA进行PCR验证实验,结果发现其中有4个与测序结果一致。

5.借助ROC曲线深入分析环状与临床关系
ROC曲线是用于评估分子是否适合作为潜在临床诊断标志物的评估手段。ROC曲线显示,环状hsa_circ_0000075具备作为临床标志物的潜力,hsa_circ_0012152和hsa_circ_0089172其次。

6.hsa_circ_0089172与疾病传统分子标志物关系
hsa_circ_0089172与疾病传统分子标志物TPOAb相关,然而与TGAb 不相关。

7.hsa_circ_0089172和miR-125a-3p之间关系
已有研究证实,miR-125a-3p在疾病组中低表达,并主要调控靶基因IL-3R表达。该miRNA还与本次测序结果中的hsa_circ_0089172碱基互补配对。借助定量PCR,作者在测序样本中同样证实该miRNA在疾病组中是差异性低表达的。

8.hsa_circ_0089172,miR-125a-3p,IL-23R表达量关联分析
为研究hsa_circ_0089172,miR-125a-3p,IL-23R mRNA表达量,作者首先构建了hsa_circ_0089172敲降细胞,验证发现环状表达量的确下调了。接着,在环状RNA敲降细胞中验证发现miR-125a-3p上调和IL-23R mRNA下调的表达趋势。


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