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云序客户发表首篇直肠癌转移肝癌环状RNA文章,影响因子高达7.8分!
日期:2019年01月30日    来源:云序生物
文章导读:
在非编码RNA的大家族中,环状RNA是近年来继microRNA和lncRNA之后又一个明星成员。因其3’-5’端成环,所以在生物体中具有稳定性高,不易被降解的特性。大部分环状RNA通过直接或间接调控miRNA和靶基因参与海绵机制,现已有多篇文章报道该机制在疾病的发生发展过程中起至关重要的作用。另外,环状RNA在疾病组织中通常差异性表达,因此,十分适合做为癌症的分子标志物来研究。目前关于直肠癌转移肝癌领域还没有相关报道。本文通过环状RNA测序手段,对比直肠癌患者(CRC)与直肠癌转移为肝癌患者(CRC-m)组织样本,成功构建了国内首个直肠癌转移为肝癌的环状RNA表达谱。通过扩大样本量,证实两个差异上调的环状RNA,分别为circRNA_0001178和circRNA_0000826,它们具备作为分子标志物研究的临床价值。最后,分别构建了环状RNA-miRNA-mRNA网络图,直观的展示了三者间潜在的关系。


相关信息:
期刊:Molecular Cancer
影响因子:7.8
服务内容:环状RNA测序云序生物提供
发表时间:2019年1月
测序样本:1. 直肠癌患者(CRC)和直肠癌转移为肝癌患者(CRC-m)癌组织,样本量:3 vs 3
验证样本:2. 直肠癌患者(CRC)和直肠癌转移为肝癌患者(CRC-m)癌组织,样本量:24 vs 16


文章内容:
1. 全转录组测序构建环状RNA表达谱
作者通过高通量测序技术,分别检测了CRC和CRC-m患者癌组织中环状RNA的表达,共检测到66,855个环状RNA(差异倍数≥2倍,P值≤0.05),其中92个环状RNA差异上调,21个环状RNA差异下调。差异表达的环状RNA,大多是外显子成环的且可能具备编码蛋白的能力。同时,它们除了在Y染色体上不分布以外,在其他染色体上都有分布。



2. 环状RNA定量PCR验证表达量
作者选取前4名差异上调的环状RNA,扩大样本至40例,进行环状RNA定量PCR云序生物提供),验证结果与测序结果的趋势一致,说明测序结果真实可靠。其中,2个环状:circRNA_0001178和circRNA_0000826为差异高表达。ROC曲线证实这2个环状的表达情况与临床诊断结果关系密切,具有作为直肠癌转移肝癌临床诊断的潜力。



3. 构建环状RNA-miRNA-mRNA网络图
通过Cytoscape软件,作者对这两个环状分别构建了ceRNA网络图。首先,确定与circRNA_0001178或circRNA_0000826结合力最强的5个miRNA,接着预测与miRNA结合的靶基因,最后构建成ceRNA网络图。


总结:
总的来说,本篇文章首先对直肠癌转移肝癌与直肠癌样本进行测序,构建环状RNA表达谱。从测序结果中筛选到4条表达差异最明显的环状RNA。通过对临床样本的低通量验证,得到2条差异高表达的环状RNA。最后,预测能够与其结合的miRNA和靶基因,构建环状RNA-miRNA-mRNA网络图。
全文链接:
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0932-8


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