欢迎进入上海云序生物科技有限公司官方网站!   生物在线    丁香通

服务热线 021-64878766

首页 > 新闻动态 > 公司新闻

热烈祝贺云序生物客户发表首篇吉西他滨耐药胰腺导管癌环状RNA文章
日期:2019年01月16日    来源:云序生物
文章导读:
本篇文章主要研究的药物是吉西他滨,其主要应用于晚期胰腺癌病人的治疗,可是若病人对此类药物产生了耐药反应,那势必会影响患者的生活质量,甚至生命。目前,对于吉西他滨对胰腺癌耐药机制研究尚不明朗。作者首先构建了对吉西他滨耐药细胞系,并通过全转录组测序比较了耐药与正常细胞系之间环状RNA的表达谱。通过生信分析,快速找到10条感兴趣且差异表达的环状RNA,验证结果与测序结果一致。选取两条在吉西他滨耐药患者中明显高表达的环状RNA,在40例临床血浆样本中进行验证,发现两者表达模式不变。环状RNA和miRNA网络图显示两者可能结合的miRNA。沉默及过表达实验证实这些环状RNA可能影响吉西他滨耐药细胞系的功能。总的来说,本篇文章提供了一种研究吉西他滨耐药新的分子标志物。


期刊:frontiers in Pharmacology

影响因子:3.8

服务内容:全转录组测序(云序生物提供)

样本:1. 吉西他滨耐药胰腺癌细胞系和未做处理胰腺癌细胞系,样本量:3 vs 3

2. 耐药病人血浆和健康人血浆,样本量:20 vs 20

发表时间:2018年6月
文章内容:

1. 构建吉西他滨耐药的PANC-1细胞株
首先,作者通过MTT法检测不同浓度吉西他滨处理细胞株细胞的活性,确定了半抑制浓度后,借助增殖曲线证实此种药物能够抑制细胞增殖。此外,作者还检测了在大多耐药细胞株中普遍高表达的标志物MDR1基因的表达量,发现其的确在耐药PANC-1细胞系中高表达。以上结果都证实,耐药细胞株构建成功。

2. 全转录组测序构建环状RNA表达谱
作者通过高通量测序技术,分别检测了耐药细胞株和正常细胞株中环状RNA的差异,共检测到126个环状RNA(差异倍数≥2倍,P值≤0.05),其中68个环状RNA差异上调,58个环状RNA差异下调。对差异环状RNA的来源基因进行GO和KEGG通路预测,发现了与免疫相关的GO条目和信号通路。


3. 环状RNA定量PCR验证表达量
作者选取差异表达前10的环状RNA进行环状RNA定量PCR(云序生物提供),验证结果为7个在耐药细胞株中高表达,3个低表达与测序结果一致,准确性高,说明测序结果是真实可靠的。


4. 环状RNA定量PCR验证表达量
作者选取了其中差异高表达的2条环状RNA(上图标*的),以一条差异不明显的环状RNA为对照组,临床样本扩大至20例临床耐药和20例不耐药进行定量PCR,发现与测序结果一致。

5. 环状RNA-miRNA网络图和miRNA定量PCR验证表达量
作者通过TargetScan软件对这两个环状可能吸附的miRNA进行预测,挑选结合力较强的miRNA进行miRNA定量PCR(云序生物提供)实验,发现miR19a-3p,miR138-5p和miR145-5p在临床样本耐药组中低表达。

6. 环状RNA抑制耐药胰腺癌细胞对药物的敏感性和促进对照组胰腺癌细胞的耐药性

为研究前面筛选到的环状,作者分别构建siRNA,在耐药细胞系中进行干扰实验,发现环状能够促进耐药细胞系对药物的敏感性,并影响凋亡的能力。过表达实验证实两个环状在对照组癌细胞中影响了细胞的耐药性。



总结:
总的来说,本篇文章首先验证了吉西他滨在胰腺癌细胞中的功能,接着构建耐药与正常胰腺癌细胞株进行全转录组测序,从测序结果中筛选到10条差异表达较明显的环状RNA。通过对临床样本的低通量验证,得到2条在耐药细胞系中高表达的环状RNA,预测其结合的miRNA。分别敲降和过表达这两个环状,证实两者都参与了细胞耐药的过程。

全文链接:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5996282/


云序相关产品推荐

全转录组测序

环状RNA测序

LncRNA测序
mRNA测序

环状RNA定量PCR

miRNA定量PCR

m6A RNA全转录组甲基化测序

m5C RNA全转录组甲基化测序

m1A RNA全转录组甲基化测序

RNA pull down

RIP测序


往期回顾

云序生物--环状RNA研究领跑者!

Nature子刊 | circRNA_104075海绵吸附靶向抑制YAP表达的miR-582-3p从而促进肝癌的发生和进展

环状RNA让你如何快速发表5分以上文章------套路在这里!

环状RNA结合功能蛋白!找对方向20分文章水到渠成

环状RAN机制研究,“一站”到底!

云序客户发表首篇红斑狼疮性肾炎环状RNA文章!

再添新喜!云序客户发表世界首篇非洲爪蟾环状RNA研究成果!

云序客户发表首篇脑创伤外泌体环状RNA文章!教你如何快速玩转5分文章!

2018国自然研究热点一:环状RNA研究深度剖析

Nature Communications:环状RNA 参与干细胞分化

花式虐狗:CircRNA和m6A相爱了!

什么鬼?我的环状RNA不是miRNA海绵!

震惊!环状RNA携海绵机制竟能登Science

国自然热点的全面解析

环状RNA研究宝典

(原创)环状RNAs解密薛甄珠之死!

环状RNA与多形性胶质母细胞瘤的预后相关

捷报频传,全世界首篇鸡的环状RNA研究成果问世

热烈祝贺云序客户发表全世界首篇小麦环状RNA研究成果

热烈祝贺云序客户发表全世界首篇斑马鱼环状RNA研究成果


上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址:上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼
电话:021-64878766
传真:021-64878766
网址:
www.cloud-seq.com.cn
邮箱:market@cloud-seq.com.cn



3r2OatGP/6C125j1bY35eYg+oI4b0q944OBNIdkpjVRWPkBwznGp84FaRie+1ZcAJHyDicb4f5esbC8EfN5zApW7lchXs53FDG3naElOOQhnGd0A8++mwv612/XkxIZD