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又传喜讯!云序客户一次测序,两项成果,影响因子合计10分!
日期:2019年01月03日    来源:云序生物
感恩有你,一路同行,新年快乐!
感恩有你,一路同行!2019年伊始,云序生物携全体员工对一直以来关心和支持公司发展的广大新老客户致以最诚挚的问候!一元复始,万象更新!转眼间我们迎来了2019年,站在新时代新的历史起点,回望刚刚过去的2018年,不断创新收获硕果丰盈;展望2019,任重道远却信心倍增!



前言

又传喜讯!近日,云序客户中国医学科学院放射医学研究所的刘强团队研究揭示了lncRNAs在小鼠空肠辐射后表达的变化,为研究lncRNAs在辐射致肠损伤中的作用提供了靶分子。该研究成果以“Analysis of changes to lncRNAs and their target mRNAs in murine jejunum after radiation treatment”为题发表在《J Cell Mol Med》(IF: 4.302)。如果您刚巧看过这篇文章,并且关注了我们前期公众号的话,您一定会有种似曾相识的感觉,没错!前不久,该研究团队就通过同样的测序数据发表circRNAs表达谱的文章(Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After RadiationIF:5.5),同样出自刘强研究团队,两篇文章中的lncRNA和circRNA数据均出自云序生物提供的全转录组测序服务。真正体现了一次测序三套数据(circRNA lncRNA和mRNA),多项成果,超高性价比,短平快发表高分文章。

那么接下来,就让我们通过两篇文章的内容来看下全转录组测序的巧妙之处吧!


文章1:小鼠空肠辐射后lncRNA表达谱研究(IF 4.302)


研究内容:
1.辐射组和对照组lncRNA和mRNA表达谱变化,聚类图显示了组间和组内上下调的变化,维恩图展示了辐照组和对照组lncRNA和mRNA重叠数量,火山图显示差异表达情况。


2.与对照组相比,辐照小鼠中lncRNA和mRNA的相对数量。直方图显示受辐射小鼠lncRNA和mRNA上调和下调数量,维恩图则展示了lncRNA的靶基因预测,从而对lncRNA的功能进行定义。


3.差异lncRNA分子的qPCR验证,对于一篇做谱的文章,差异lncRNA的结果验证只需做到qPCR即可。


4.差异表达的lncRNA分子功能预测,GO和KEGG通路分析表明,预测的基因主要参与VEGF信号通路。


5.lncRNA-miRNA-mRNA调控网络分析,找到发挥海绵机制作用的lncRNA,以及它所调控的靶基因。


文章2:小鼠空肠辐射后circRNA表达谱研究(IF 5.5)

研究内容:

1. 环状RNA表达如何?差异表达的有哪些呢?

高质量的测序服务,专业的生信分析,云序生物让环状研究变得容易,这是一条广告。高质量的测序技术对每一个环状的表达都做到精准检测,生信分析可视化从宏观角度(染色体分布、成环位置)给出了所有对于放射处理后在小鼠空肠组织当中环状RNA分子的表达情况。

在此基础上,哪些环状RNA分子发生了差异表达?在这里火山图、Venn图应有尽有。



2.差异环状RNA分子的qPCR验证,同上一篇一样,qPCR验证必不可少。

3.差异表达的环状RNA分子功能预测,GO分析和Pathway分析作为功能预测当中必不可少的一部分也被涵盖在本研究当中,包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关(Cacna1e、Mras、Prkcb、Ptpn7),要知道最近的报道显示EGF介导的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信号通路活化与肠道干细胞增值相关。

4.海绵机制预测ceRNA网络图。按照海绵机制的反式调控方式,该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子,以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。

总结

通过对两篇文章的对比,大家可以发现在新的领域,借助于新分子的高通量测序,是一个高效快速发文章的手段。作为转录组领域的新分子lncRNA和环状RNA这两年仍然是科研界文章和基金的宠儿。刘强老师团队通过云序生物的全转录组测序真正实现了一次测序两篇文章,累积影响因子约10分,实现了超高的性价比!看到这样经济实惠且无比高效的发文章策略,您是不是也心动了?那还不抓紧时间与我们联系。

2019年的国自然申请在即,小编认为去年我们总结的3大热点(RNA甲基化、外泌体、环状RNA)仍然会是2019年的重磅热点项目。感兴趣的可以参考:

2018国自然研究热点一:环状RNA研究深度剖析

2018国自然研究热点二:RNA甲基化研究深度剖析

2018国自然研究热点三:外泌体研究深度剖析


全文链接

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6237565/ 

https://www.karger.com/Article/FullText/491652

封面素材来源:素材中国 

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